但是武器都是人运用的，武器操作人的水平是极为关键的，而操作火炮的竟然都是一批师从葡萄牙的明朝军官，他们曾经在京城和登州跟随葡萄牙军人、传教士系统学习了操炮技术，中国传统的操炮术，毫无技术含量，全凭着炮手个人的感觉和经验，而西方在文艺复兴中发展起来的现代数学、几何学、物理学，运用于军事上，形成了一门新的军事科学---弹道学，进而演变成了火炮的瞄准技术，炮手开炮前，运用千里镜(望远镜)、矩度和铳规，可对射击目标进行精确的距离测量和角度定位，迅速实测敌人阵地的远近高低，可以打得准，且打得狠。
西方先进的军事科技的运用，当时著名的科学家、政治家徐光启功不可没，海纳认为，徐光启才是中国真正意义上“睁眼看世界的第一人”，无论从对西学的研究、传播，还是对西方的认识、态度，他远比后世的林则徐要高明的许多。
他坚持不懈向皇帝进谏、乃至自费购买火器捐赠前线部队，并以天主教徒的身份恳求邀请西方的技术军人来华传授火炮技术，使得明朝辽东前线的武器装备、军队的素质开始发生变化，而在辽东前线，他的门生孙元化就是他的代言人，帮助前线指挥官切实贯彻、实践他以火器取胜的战略思想。
不久，刚继承汗位的皇太极，带着复仇的口号卷土重来，在宁远和锦州被明军再次以凭城用炮的战术打退。袁崇焕也因此宁锦大捷之功，受到了明朝新继位的崇祯皇帝的赏识，受命以兵部尚书的身份全权经略节制整个辽东战事。同时，徐光启的门生孙元化，在战斗中调度、指挥炮火得力，凭此战功也受到了嘉奖。
与此同时，在几年前援辽被打散的一支军队，在其总兵毛文龙的带领下，团结辽东的原住汉人和朝鲜国，以中朝边境的铁山和鸭绿江口的皮岛为敌后根据地，成立东江镇，不仅凭借海军打退了后金的进剿，而且不断的攻袭骚扰后金的侧翼，并促使大批辽人在辽东起义抗击后金，还收复金州，打通了登州与辽东前线的水路通道，取得一系列的胜利。自此，正面防御战场的胜利和敌后根据地的开辟与稳固，使明朝的辽东战局为之一振。
然而，好景不长，袁崇焕想独揽辽东指挥大权，可毛文龙不听指挥不受节制，袁崇焕便以通敌的罪名，设计将其斩杀，因为毛文龙经营东江镇多年，门生部旧众多，尤其是他曾亲自招募了大批辽人为部众。
为了能使部下在复杂的敌后形势下忠心于己，毛文龙以拜干亲的形式，将一批强悍的部将收为义子，这其中以号称“山东三矿徒”的尚可喜、耿仲明、孔有德三个亡命徒最为出名(前两人正是本文的主角)，因为这些人只听毛文龙的号令，唯其马首是瞻，所以毛文龙一死，敌后东江镇出现了树倒猢狲散的局面，新任总兵黄龙根本无法控制部下，原毛文龙的部将不是已经叛乱哗变，就是在准备叛乱哗变。
袁崇焕杀毛文龙是先斩后奏，而毛文龙也曾极受崇祯皇帝的倚重，崇祯帝闻听此事后，先是惊愕，但木已成舟他也不得不接受这个事实，由于袁崇焕提出了五年平辽的战略口号，崇祯帝出于用人不疑的思路，承认了袁崇焕杀毛文龙的正确性，但崇祯帝对袁崇焕的怨恨也由此结下了。
而皇太极此时一定大喜过望，令他寝食难安的东江镇肘腋之患，竟然被明朝自己的内乱消除了。几个月后，皇太极亲率十万八旗劲旅，绕过袁崇焕的宁锦防线，借道蒙古，从长城最薄弱命门--喜峰口攻入关内，兵临北京城下，袁崇焕率九千关宁铁骑回师救驾勤王，皇太极施展“反间计”，使积怨以久的崇祯皇帝将袁崇焕处以极刑“凌迟”。
自此，袁崇焕擅杀毛文龙，无意中帮助了敌人，削弱了自己，并使皇帝生怨,从而为自己留下了祸根，而崇祯帝自毁长城杀袁崇焕，亲手砍掉了将自己腐朽的王朝的最后一根栋梁。
而此时有一个人却似乎十分春风得意，这个人就是孙元化，他已被任命为登莱巡抚，此时的登莱两州不仅下辖辽东的锦州等地，还担负着光复辽东的重任，同时也是辽东前线的后勤、练兵基地，巡抚一职非出类拔萃的人不能担任。
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