大观园之谜——
大观园是《红楼梦》人物活动的主要场所，仿佛是一座迷人的世外桃源。然而红学家对这块乐土位于何方，也有几种针锋相对的意见：一种认为大观园“明北实南”，也就是说作者写的是北京，而他心里要写的是金陵（南京）。并且具体指出大观园就是现在的南京利济巷大街的原清朝江宁织造署衙门遗址。另一种认为大观园“北主南从”，主要写北京，间接描写了一些江南的景观。有人甚至明确指出大观园就是北京什刹海李广桥附近的旧恭王府。近年来又有人考证，说大观园是以圆明园为蓝本写成的。但作者到底以何处景致为原型而写，也成为无解之谜。
脂评作者之谜——
在《红楼梦》之中，有很多眉批、夹批、回前回后批，这些批语的批者署名多为脂砚斋等。这位脂砚斋是何许人也？红学家对此各持己见。有人认为是曹雪芹之叔父曹顤。有人认为是曹雪芹的堂兄弟，有人认为是曹雪芹本人，自己边写边批，有人认为是曹雪芹的好友敦诚和敦敏，还有人说是曹雪芹的续妻，即《红楼梦》中的史湘云。诸如此类，难以说得明白。时至今日仍有研究者，在不断研究探索。
人物数量之谜——
《红楼梦》中到底写了多少人物，众说纷纭，至今也没有一个确切的数字。从清嘉庆年间开始，就有人做过统计，但公布的数目不一。近年来还有人动用电脑进行统计，可统计出的数字也不一致。比较被人认可的统计是975人，其中有姓名称谓的732人，无姓名有称谓的243人。
主人公命运之谜——
高鹗的续书最后写贾宝玉悬崖撒手，出家当了和尚，但有人认为这不是曹雪芹所描写的结局。有人认为贾宝玉翻然悔悟，重新做人；有人认为贾宝玉最后潦倒而死；有人认为贾宝玉经过寒窗之后，金榜题名；有人认为贾宝玉路遇高人，随行而去。至于民间所流传的“版本”就更多了，这也成为《红楼梦》的谜团之一。
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