在磉墩底部，居然还有地基——两层排木，下层南北向铺、上层东西向铺。根据实验室初步分析，承台用材有云杉、落叶松两种。承台下部连同周围夯筑厚0.6至0.9米的碎砖，成为极其坚实致密的加固层。“电钻打上去，就是一个白点。”故宫考古研究所徐华峰博士介绍，在这个碎砖层上由黄土、碎砖逐层交替夯成地基。
梳理一下，建筑大殿的顺序是先砌筑砖墩台(磉墩)，再在周边逐层交替夯筑黄土与碎砖地基。
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不仅建造过程繁杂，而且对施工区域南部的发掘表明，该区域南、北建筑地基的夯法不同，效果也不同，说明即便在同一宫殿区内，地基的处理方法也可能是因地制宜，各有不同。“这座宫殿在建筑时的设计年限就是现在所谓的‘百年大计’。”
从已经揭露的现象来看，夯土地基的建筑工艺是由碎砖、黄土交替铺筑并夯实，碎砖间可能使用黏接剂。“砖石间可以看到有一些发米黄色的黏合剂。”王光尧说，“我们也怀疑这是不是就是传闻中的糯米浆。”拿到实验室初测，基本排除了这个可能。不过到底是什么?仍有待研究。
从故宫中轴线逛下来，观众大多会觉得钦安殿个儿太矮。其实，不是古人有意为之，而是因为这座宫殿是少见的明代建筑，而三大殿均为清代遗存，朝代变更，宫廷里的“水平面”也不一样了。
在南三所东南电力增容管线电井工地发掘过程中，考古工作者通过发现的明代散水和被城墙包砖叠压土衬石，确认了故宫东城墙墙体的原始露明部分开始于现代地面以下约0.9米深处。换句话说，现在故宫的地面比明代的时候长高了大约90厘米。
经过考古发现，故宫墙体基础与故宫内早期建筑黄土与碎砖交替逐层夯筑的地下基础做法相同，厚约2.4米。
排水沟与城墙同方向、相距约3米，断面呈长方形，用砖砌成，上盖石板，宽0.6米、深1.2米。故宫考古研究所的冀洛源博士说：“城墙与排水沟之间是铺砌规整的砖墁散水。这些遗迹表明，故宫建筑群在始建时，从地上建筑到地下排水具有统一的规划布局。”这也是为何故宫逢雨无积水的原因，虽然目前尚无宫内的古老排水沟分布图，但是可以想象就在砖石下大约十多厘米处，纵横的排水沟系统相互交织，数百年来发挥着作用。
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