早于现有南三所建筑群的建筑遗址与地面此次被发掘出来。从地层关系看，改建于乾隆时期、东西三路布局的南三所建筑群，是有规划地拆除早期建筑、统一平整地面之后起建的。
网络配图
根据文献、图样资料记录，该区域在康熙以前是中轴对称、中路设主殿的布局方式。有推测认为乾隆时期的改建显示了从设立太子到不设太子时代宫廷政治与皇子地位的变化。
这些新发现为研究明清两代紫禁城内宫殿重建、改建的规划方式与工程做法，以及背后所体现的宫廷历史，提供了新的实物资料。据故宫博物院宫廷部王子林研究员介绍，“有文献记载，严嵩曾经跟工匠说，地基很好，重修宫殿时不用动。康熙也曾有过类似的批示。如今，这些史料上的文字记录找到了最有效的历史证据。”看来，不少紫禁城里的宫殿在修复过程中都是“循环再利用”的。
在对南三所门前的地基发掘过程中，考古工作者发现每一层夯土层表面都有一层红色的物质，很像是人工添加剂，而且经过处理非常坚硬。经过实验室的检测，这些物质为赤铁矿，含量远远大于一般土壤的含量，应为后来添加的。但是这些物质到底起什么作用，史料中没有明确的记载。
在库房外地面以下垫土层中，出土了大量的玉石器残件、玉石器碴头，水晶料，骨蚌器残器、砗磲料和嘎巴拉碗残件。
嘎巴拉碗内壁多有朱砂书写的梵文和藏文咒语。这些新发现是研究清代内务府玉石器等工艺品生产情况的一手资料。
嘎巴拉碗的发现，补充了档案对于嘎巴拉碗破损后处理方法记录的不足。从出土情况看，它们与玉石水晶砗磲料及各种质地的残器一起，原本应是堆在库房内，逐渐成批次处理的。处理方法，就是在库房区域内就地掘坑掩埋。结合以往的零星发现可以看出，这种在宫内挖坑掩埋的方式，是当时处理各种废料以免流失出宫的主要方法之一。
在中国古代，房屋一般会高于路面。但是随着时间延续，道路重修时或者一些仪式时，路面会重新铺黄土。经年累月，路面会逐渐高过房屋地面。
在故宫，除了这个原因，路面长高还因为地下埋了不少东西。在南大库消防管道改线工程工地发掘过程中，一处打破库房室外原始地面的瓷片堆积坑就出现了。坑内集中出土大量从洪武到光绪时期的御窑瓷器残片。
这已明确曾经由皇家使用过的瓷器在破碎后均依规矩集中掩埋，不可随便处理，和民窑瓷器的随便处置明显不同，充分显示了御用瓷器所含的皇权威严。这一现象，与在景德镇御窑遗址发现的御用瓷器落选品或废品打碎瘗埋坑的性质相同，后者是皇帝对御用瓷器垄断以及维护皇家特权的措施。二者相互对应，正表明御用瓷器从生产、甄选、运输、入宫、使用、残破销毁的全部管理制度，即从生产初端到使用末端都处于严苛的管控之下，补证了相关文献记录的缺失。
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