《太祖秘史》中的舒尔哈齐与努尔哈赤并肩作战
舒尔哈齐成为了兄长努尔哈赤的得力助手和主要战将。舒尔哈齐帮助努尔哈赤不但灭掉了杀父仇人、图伦城主尼堪外兰的势力，还征服了浑河部、董鄂部、苏克素浒部、哲陈部、完颜部、朱舍里部、讷殷部，统一了建州女真。
难兄难弟，情意甚笃。各部贝勒拜见他们时，两兄弟同时受贺，分南北落座。金梁《满洲秘档·太祖责弟》曰：“太祖弟舒尔哈齐贝勒为太祖同母弟也，笃念手足之情，待遇优厚，服御玩好，悉拟宸居。”
《满洲秘档·太祖责弟》继续说：“然尤不自厌足，临阵退缩，
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时有怨言。上乃责之曰：弟之所以资生，一丝一缕，罔不出自国人，即罔不出自我，而弟反有怨我之意何也？舒尔哈齐终不悟，出语人曰：大丈夫岂惜一死，而以资生所出羁束我哉？遂出奔他部居焉。”
在长期的征战中，舒尔哈齐的军功越来越多，声望越来越高，成为了威望和受礼与努尔哈赤不分伯仲的二号人物。但，他和努尔哈赤的关系也越来越微妙。原来兄弟俩平起平坐，后来君臣有别。尤其舒尔哈齐两次代表努尔哈赤进京朝贡、述职，大开眼界，故而生出了取代努尔哈赤、成为女真之主的野心。
明王朝统治者似乎看中了舒尔哈齐的野心，也不停地抬高他的地位。明政府先是给他都指挥使的正二品武职，与努尔哈赤的都督品级相等。后来明辽东左都督李成梁又让儿子李如柏娶舒尔哈齐的女儿为妾，在当时有歌谣“奴酋女婿作镇守，未知辽东落谁手”。
舒尔哈齐主动进行部落之间的政治联姻。万历二十四年，他娶了乌喇部贝勒布占泰的妹妹为福晋，第二年他又将自己12岁的长女额实泰嫁给了舅哥布占泰。
万历三十五年三月，蜚悠城一小部落，不堪临近的乌喇部的奴役，想依附努尔哈赤。努尔哈赤派舒尔哈齐为统帅，领兵三千，前往蜚悠城收编该部。舒尔哈齐行至半途，借口要退兵，遭随行的褚英、代善反对才作罢。收编成功，归途遭布占泰率万众大军拦截，两军在乌碣岩对阵，舒尔哈齐率本部退在一边观战，留下褚英、代善等英勇奋战，打败了乌喇骑兵。归来，努尔哈赤准备将舒尔哈齐手下二将常书、纳齐布以临阵脱逃的罪名处死，舒尔哈齐不但不认错，反而说：“诛二臣与杀我同。”最后，努尔哈赤为避免公开冲突，做出让步，只罚了常书一百两黄金，夺了纳齐布所属人马，并且剥夺了舒尔哈齐的兵权，不再派他领兵外征。
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