万历十一年(1583)，建州右卫的王杲和儿子阿台反叛明朝，明辽东总兵李成梁围剿古勒寨，把努尔哈赤的祖父觉昌安和父亲塔克世父子给误杀了。努尔哈赤异常愤怒。虽然明朝给了他30匹马，30道敕书，并让努尔哈赤承袭建州左卫都指挥使一职。但是，这些终难平复他心中的怒火，努尔哈赤用他祖父留下的十三副兵甲，拉起了一支队伍，在赫图阿拉起兵。
一天，努尔哈赤经过叶赫寨，叶赫的首领扬吉努提出，要把自己的小女儿嫁给他，努尔哈赤答应了。不久，扬吉努兄弟因触犯明朝，被朝廷设计诱杀。他们的儿子布斋和纳林布禄分别继为贝勒。万历十六年(1588)，扬吉努的儿子纳林布禄实践其父生前许下的婚约，把14岁的妹妹送给努尔哈赤为妻。扬吉努的小女儿就是叶赫纳拉氏，名孟古姐姐。据说，孟古姐姐面如满月，丰姿妍丽，庄敬聪惠，词气婉顺，得誉不喜，闻恶言愉悦不改其常，不好谄谀，不信谗言，耳无妄听，口无妄言，不预外事，殚诚毕虑侍奉努尔哈赤。这可能有溢美之辞，但是至少说明孟古姐姐确实端庄、贤惠，要不然她也不可能得到努尔哈赤那样多的宠爱。她生下了皇太极，皇太极继位后被追谥为孝慈高皇后。 叶赫与建州联姻时，尽管可能有些私心，但至少表明那个时候两个部落、两个家族的关系还是融洽的。
努尔哈赤起兵以后，一路胜利进军，势力逐渐壮大。叶赫感到自己的优势受到了威胁。再者，明代与女真的贸易往来频繁，以开原为贸易基地，女真各部的马匹、貂皮、参、松、榛、蘑菇等重要物产，关内各省的手工业产品都在这里交易，沿途的乌拉、辉发等部就可以凭借地理优势从中取利。尤其是叶赫、哈达两部，叶赫市在镇北关，称北关，哈达市在开原的广顺关，称为南关，一北一南，稳享开原贸易之利。努尔哈赤起兵以后，掐断开原与北方各部的通道，这给南北两关的经济都造成了严重影响，两地萧条了下去。
但是此时在叶赫首领看来，努尔哈赤还羽翼未丰，势力不够强大，扼制其势头还是可以做到的。于是派了两个使者去跟努尔哈赤说，你的地多，我的地少，你把额尔敏、扎库木两个地方任选一处分给我们吧。一路凯歌高唱的努尔哈赤哪里受得了这样的待遇，火冒三丈，下令驱逐了两个使者。
叶赫觉得凭借自己一部的力量太单薄，不能压服努尔哈赤，于是联合哈达和辉发，共同遣使去向努尔哈赤施加压力。尽管叶赫是努尔哈赤妻子的娘家，但是努尔哈赤丝毫没有屈从，不屑地说，我的父祖被明朝杀了，他们不但将我父祖的遗体还给我，还给我敕书、马匹，又授予我左卫都督，不久又授予我龙虎将军，每年给我金币。你们的父亲也被明朝杀了，可是你们收了他的遗骸吗?努尔哈赤说得慷慨激昂，并将这个意思写成书信，派人去当着纳林布禄兄弟的面宣读。这下，叶赫知道劝说是根本没有用的。
于是，万历二十一年(1593)，叶赫派兵袭击建州的村寨。但努尔哈赤没有退缩，他率军进攻了哈达部的富尔佳齐寨，并且大获全胜。同年九月，叶赫又纠结了哈达、乌拉、辉发、朱舍里、纳殷、科尔沁、锡伯、封尔察，一共九部，兵力多达三万，兵分三路，向建州的古勒寨挺进。行军到达古勒山，努尔哈赤用计诱敌，击败了叶赫九部联军，大获全胜。叶赫首领之一的布斋被杀。纳林布禄见其兄被杀，吓得跌下马来，被手下救了回去。有人说，后来纳林布禄向努尔哈赤要布斋的尸体，努尔哈赤仇恨已极，亲自将布斋的尸体割下一半，给了纳林布禄。纳林布禄受了这等侮辱，日夜啼哭，不久就抑郁而死了。从此，叶赫与建州结下了不共戴天的仇恨。
经过这次战争，努尔哈赤杀敌4000人，缴获战马3000匹，铠甲1000副，增强了自己的实力。叶赫部的布斋和纳林布禄死后，布斋的儿子布扬古、纳林布禄的弟弟金台石继为贝勒。
万历二十五年(1597)，布扬古表示愿意将他的妹妹嫁给努尔哈赤为妻，金台石也表示愿意将女儿嫁给努尔哈赤的儿子代善为妻。叶赫想通过再次结为姻亲，改善与建州的关系。但是，仇恨实在太深了，以至于连表面上的妥协都很难做到。金台石回想起两个哥哥的惨死，就没有办法打开心中的结，最后将许给代善的女儿嫁给了蒙古喀尔喀部贝勒介寨，违背了盟约。
万历三十一年(1603)九月，因心爱的妻子孟古姐姐，也就是皇太极的母亲病危，想见自己的母亲，努尔哈赤特遣使到叶赫迎接岳母。金台石不允许，只派了孟古姐姐乳母的丈夫南太前往探视。努尔哈赤非常气愤，斥责叶赫：无故抢掠属于我的布察寨，又率九姓之国，合兵进攻我。兵败之后你们自认伏输，杀牛马祭天地，欲结为婚姻。但是却背弃盟约，将许给我国的女儿嫁给了蒙古。现在我的大妃生了病，想和自己的母亲见最后一面，你们竟然不许!连这么一点点关系也要断绝吗?并宣布从此我们两国又是仇国了，他将向叶赫兴师问罪，抢夺城池。孟古姐姐不久去世，努尔哈赤极度悲伤，三年之后才下葬，葬于尼雅山岗。建州与叶赫的仇恨又增加了一层。
万历三十二年(1604)，孟古姐姐去世后的第二年，努尔哈赤出兵攻打叶赫，拿下了两个城池、七个村寨，俘获了2000多人。万历四十一年(1613)正月，努尔哈赤消灭了乌拉，乌拉贝勒布占泰逃往叶赫。努尔哈赤多次索取，叶赫置之不理。九月，努尔哈赤率军四万进攻叶赫，攻下了大小城池、村寨19处，全胜而归。
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