约翰·拉贝1882年11月23日出生在德国汉堡。父亲是船长。早年丧父。初中毕业后，曾在一家出口商行当伙计，后前往非洲东南部的葡萄牙殖民地莫桑比克的一家享有盛名的英国公司工作数年。
1908年，受西门子中国公司之聘，开始在中国沈阳、北京、天津、上海、南京等地经商。
1931年，拉贝任德国纳粹党南京分部副部长，开始书写《拉贝日记》。
1937年11月，侵华日军开始袭击南京时，他在南京的住所(同时也是办公地)南京市广州路小粉桥1号，作为南京安全区收容难民的25个国际安全区之一，保护了600多位难民。作为南京国际安全区主席的拉贝和其他国际友人一同，协同南京安全区国际委员会在其负责的不足4平方公里安全区内，拯救了超过25万中国人的生命。
1937年日军向南京进攻前夕，他从北戴河赶回南京，被一些外国人推为南京安全区主席。安全区内设有25个难民收容所，聚集了近30万难民。其中“西门子”难民收容所为拉贝租住的院子。“西门子”难民收容所收留了600多个附近的居民，12月13日，日军攻战南京，进行了令人发指的血腥屠杀。金陵古城陷入黑色的恐怖大海。拉贝利用自己的纳粹身份，在自己的住宅收容了600多名中国难民，在他负责的不足4平方公里的安全区内，他和他领导的十多位外国人，与日军斗智斗勇，与日本领事馆反复交涉、抗议，阻止日军的恣意侵犯和屠杀。不仅拯救了25万中国人的生命，而且捍卫了人类的真理和尊严。他在他租住的小粉桥1号院子内，写下了著名的《拉贝日记》，记录了日军暴行的500多个惨案;他带领他的委员们寻求国际援助，募集资金，购买粮食和药品，特别是历尽艰辛，从上海搞来了能预防脚气漫延的蚕豆。难民们对他顶礼膜拜，称他为活菩萨。为表达对拉贝的敬意，麦卡勒姆牧师专门谱写了一首《南京难民合唱曲》，歌词幽默中隐匿着辛酸：我们要蚕豆做早饭，我们要蚕豆做午饭……开始，难民们都不知道他是拉贝，都称他爱得培先生，他尽自己的所有能力保护了25万难民，供他们吃喝住。他对妇女儿童非常关爱，对敌人却相反。 一次，难民区围墙翻进一个身配刺刀的日本兵，难民们大惊，急忙呼喊拉贝，拉贝急忙赶来，对日本兵大加斥责，日本兵连连认错，准备从大门出去，拉贝命令他重新翻围墙出去。难民们得到他的关怀，还经常得到食物 ;孩子们常常得到礼品。
1938年的新年，难民收容所的难民们在约翰·拉贝宅邸的院子里排队向拉贝三鞠躬，献给他一块写着“您是几十万人的活菩萨”的大红绸布。同年2月拉贝离开南京，南京安全区国际委员会对拉贝给予了高度评价，中国国民政府授予拉贝三色彩玉勋章。
1938年回到德国，6月8日写信给希特勒，提交关于南京大屠杀的报告，但报告当时没有公开(一般认为，由于德日为盟国，故德国当局禁止他发表在南京的所见所闻)。之后，他甚至一度被盖世太保逮捕。
1945年第二次世界大战结束后，拉贝因曾是纳粹党员而先后被苏联和英国逮捕。
1946年六月最后法庭判定，虽然他曾经加入过纳粹，但鉴于他在中国的人道主义工作，被判无罪释放。他终于洗脱了纳粹罪名。
可这迟来的胜利带来的是他的一贫如洗。拉贝全家在战后德国极端困难的社会里艰难度日，饥寒交迫。为了生存，拉贝不得不卖掉自己真爱的中国艺术品。生活的极端艰也严重损害了他的健康。在日记中他说：在南京，对成千上万的中国人来说我是活菩萨，而在德国我却成了一个”贱民“，一个被社会抛弃的人。
1948年，拉贝艰难的处境传到了南京。
南京市政府向市民宣布，拉贝先生生活困苦，需要帮助。几天之内，南京市民为拉贝捐赠了2000美元——这在当时可是一笔巨款。同年3月，南京市长携款抵达瑞士，买了大量的食品和营养品寄给拉贝。
以后每个月，南京市民都会为拉贝寄去一包食物，一直到解放军占领南京。国民政府甚至表示，如果拉贝先生愿意到中国居住，中国会为拉贝先生提供无偿住房和终身的养老金。
拉贝一家因为南京市民的馈赠，生活得以好转。拉贝给南京市民写了数封感谢信。这些信件至今保存在档案馆中。
1950年，拉贝死于中风。在去世前，拉贝系统整理了关于南京暴行的多达2000页的珍贵的资料。毫无疑问，他认识到了这些资料的价值。他想让它们留存下来，公之于世。
最后向拉贝先生致敬。
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