满清入关后，为了对付李自成的农民军和南方的南明政权不得不借助明朝降将的力量。因此，清朝初年就封了三位汉族藩王，他们分别是平西王吴三桂，平南王尚可喜和靖南王耿精忠。但是到了康熙朝的时候，三藩已经成为清廷不可小视的一股力量。
在康熙智擒鳌拜亲政之后，康熙皇帝雄心万丈，想成为流传千古的有为之君。于是康熙就矛头对准了当时势力不断膨胀的三藩，因为此时的三藩已经对朝廷构成巨大的威胁。
三藩之乱的导火索是：平南王尚可喜上疏请归老辽东，让其子尚之信继续镇守广东。但是经户、兵两部和议政王贝勒大 臣集议后，认为如果尚之信拥兵留镇广东，跋扈难制，于是康熙帝在朝廷没有完全准备好的情况下贸然下诏令尽撤全藩。吴三桂和耿精忠得知后不能自安，于是先后上疏请求撤兵，以此来试探朝廷，希望朝廷能够撤回撤藩的命令。但是朝廷非但没有撤回命令，还顺水推舟地批准了吴三桂和耿精忠的上疏，并要求三藩所属人员全部搬迁至山海关之外。
在得知朝廷坚决撤藩的消息后，吴三桂迅速联系平南、靖南二藩及各地故旧将吏，并移会台湾郑经，邀约响应，一起起兵攻打清廷。吴三桂起兵后，打出了“兴明讨虏”的旗号，于是赢得不少汉人和对满清朝廷心怀不满的人支持，在极短的时间内就席卷长江以南的地区。此时的三藩与清廷形成了南北对峙的局面，三藩大有越过长江攻打北京之势。
此时，如果吴军渡过长江，战略的主动权就会落到吴三桂的手中。没有了长江天险作为依托，清军就会完全丧失了优势，沦为吴军刀下待宰的羔羊。可是就在此时，奇怪的事情发生了，吴三桂在长江边突然停止了进军，这一停就是三个多月。
正是这三个多月，让清廷得到了喘息的机会，并迅速从各地调遣精兵前往长江前线。在清廷准备妥当之后，清军集中优势兵力进攻长沙、岳州，吴三桂聚众固守。两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。清军将帅每多观望，旷日糜饷，在军事上仍处于相持阶段。
康熙十七年(1673年)，年纪已经七十四岁的吴三桂居然破天荒地衡州称帝了，国号为大周。这一称帝，就使得吴三桂起兵“兴明讨虏”的旗号不复存在，也失去明朝旧地臣民的支持。同年秋，吴三桂病逝，形势陡变。叛军无首，军心开始瓦解。
于是清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军攻陷。康熙二十年底，清军围困昆民，吴三桂孙子吴世潘势穷自杀，其部下出城投降清军。这时候，历时八年之久的三藩之乱，终于平定。
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