在中国历史上，有一个缠绕了几千年的大难题，那就是中原王朝经常会受到北方游牧民族的侵袭。其中，在南宋末年，北方的蒙古迅速崛起。1279年，蒙古大军在广东崖山打败了南宋势力，占领了中国全境。这也是中国历史上第一次彻底被外来民族所占领。
1368年，朱元璋建立了大明王朝，并将蒙古统治者赶回了草原。之后，曾经雄霸一时的蒙古帝国就日渐衰落。可是，明朝虽然打败了蒙古，却始终无法将其彻底降服。在明朝正统十四年(1449年)的时候，明英宗朱祁镇率50万大军御驾亲征瓦剌(蒙古的一个分支)，结果在土木堡(今河北怀来)吃了大败仗，明英宗本人也成了瓦剌的俘虏。
后来，蒙古各部之间矛盾激化，相互征战，所以明朝北部的边患问题暂时缓解。明朝政府还通过贸易控制等手段，让一些蒙古部落对明朝称臣。但从始至终也无法彻底搞定蒙古问题。
后金(清朝的前身)在东北兴起后，对明朝和蒙古各部都形成了威胁。察哈尔部的林丹汗(蒙古帝国第35任大汗)采取了联合明朝共同抗金的策略，不过并未奏效。在不到二十年的时间里，后金横扫蒙古各部。1636年，后金大汗皇太极被奉为蒙古大汗。同年，皇太极改国号为大清，即后来的清朝。
此时，蒙古虽然已经被征服，但这种征服是靠强大的武力实现的。一旦清朝实力不济，对蒙古的控制势必无法持续。为此，清廷采取了一些非常有效的控制手段。
首先是分旗制度。从前蒙古各部可以比较自由的放牧，但清朝给蒙古的王公都按旗划分了固定的牧区，各旗只能在自己的牧区放牧，这样就割断了各部之间的传统联系。更重要的是，从前从属于一位首领的大部落，被划分为好几个旗，每个旗都有各自的札萨克(执政官)，直接向清政府负责，这样就大大削弱了原来那些大部落首领的实力。
旗的上级单位是盟，合数旗而成，最高长官叫盟长。盟受清政府的严密控制，每三年聚会一次，主要就是调解各旗之间的纠纷，没有什么特别的权力。
清朝采取第二个控制蒙古人的办法就是利用宗教的影响力。蒙古人信奉西藏的黄教，即格鲁派。清廷就利用这一点笼络蒙古各部的宗教势力，但同时清政府又极力阻止蒙古发展一个统一的宗教领袖。哲布尊丹巴呼图克图是一位在蒙古人心中拥有很高声望的活佛。清廷为了抵消他的影响力，又特意扶持了另一位宗教领袖章嘉呼图克图，来牵制哲布尊丹巴的影响。为了防止贵族同宗教领袖结盟，清朝还规定不许从贵族家庭中寻觅转世活佛。
清朝对蒙古采取的控制手段虽然挺高明，但这些是在“术”的层面。还有一个让蒙古彻底臣服的重要原因是因为清朝赶上了好时候。
从十六世纪开始，来自欧洲东部的沙皇俄国开始不断向远东地区扩张。这就直接导致了蒙古人的生存空间越来越小。到了清朝初期，此时还处于独立状态的喀尔喀蒙古(漠北蒙古族诸部的统称)就面临很尴尬的境地，一边是强大的沙皇俄国，另一边是强大的大清帝国。以当时的形势而言，喀尔喀蒙古被吞并只是时间问题。最终，喀尔喀蒙古选择举旗投向和自己信奉同一宗教的清朝。
此外，随着武器技术的发展，火器应用越来越广泛。过去所向无敌的蒙古骑兵在火器面前全部成了活靶子。所以，蒙古的实力就越来越弱，自然也就没能力搞事情了。
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