黄尊素，字真长，余姚人。万历四十四年进士。除宁国推官，精敏强执。天启二年，擢御史，谒假归。明 年冬还朝，疏请召还余懋衡、曹于汴、刘宗周、周洪谟、王纪、邹元标、冯从吾，而劾尚书赵秉忠、侍郎牛应元、通政丁启睿顽钝。秉忠、应元俱引去。山东妖贼既平，余党复煽，巡抚王惟俭不能抚驭，尊素疏论之，因言：“巡抚本内外兼用，今尽用京卿，不若扬历外服者之练习。”又数陈边事，力诋大将马世龙，忤枢辅孙承宗意。时帝在位数年，未尝一召见大臣。尊素请复便殿召对故事，面决大政，否则讲筵之暇，令大臣面商可否。帝不能用。
四年二月，大风扬沙，昼晦，天鼓鸣，如是者十日。三月朔，京师地震三，乾清宫尤甚。适帝体违和，人情惶惧。尊素力陈时政十失，末言：“陛下厌薄言官，人怀忌讳，遂有剽窃皮毛，莫犯中扃者。今阿保重于赵娆，禁旅近于唐末，萧墙之忧惨于敌国。廷无谋幄，边无折冲，当国者昧安危之机，误国者护耻败之局。不于此进贤退不肖，而疾刚方正直之士如仇仇，陛下独不为社稷计乎?”疏入，魏忠贤大怒，谋廷杖之。韩爌力救，乃夺俸一年。
既而杨涟劾忠贤，被旨谯让。尊素愤，抗疏继之，略言：“天下有政归近幸，威福旁移，而世界清明者乎?天下有中外汹汹，无不欲食其肉，而可置之左右者乎?陛下必以为曲谨可用，不知不小曲谨，不大无忌;必以为惟吾驾驭，不知不可驾驭，则不可收拾矣。陛下登极以来，公卿台谏累累罢归，致在位者无固志。不于此称孤立，乃以去一近侍为孤立耶?今忠贤不法状，廷臣已发露无余，陛下若不早断，彼形见势穷，复何顾忌。忠贤必不肯收其已纵之缰，而净涤其肠胃;忠贤之私人，必不肯回其已往之棹，而默消其冰山。始犹与士大夫为仇，继将以至尊为注。柴栅既固，毒螫谁何?不惟台谏折之不足，即干戈取之亦难矣。”忠贤得疏愈恨。
万燝既廷杖，又欲杖御史林汝翥，诸言官诣阁争之。小珰数百人拥入阁中，攘臂肆骂，诸阁臣俯首不敢语。尊素厉声曰：“内阁丝纶地，即司礼非奉诏不敢至，若辈无礼至此!”乃稍稍散去。无何，燝以创重卒。尊素上言：“律例，非叛逆十恶无死法。今以披肝沥胆之忠臣，竟殒于磨牙砺齿之凶竖。此辈必欣欣相告，吾侪借天子威柄，可鞭笞百僚。后世有秉董狐笔，继朱子《纲目》者，书曰‘某月某日，郎中万燝以言事廷杖死’，岂不上累圣德哉!进廷杖之说者，必曰祖制，不知二正之世，王振、刘瑾为之;世祖、神宗之朝，张璁、严嵩、张居正为之。奸人欲有所逞，惮忠臣义士掣其肘，必借廷杖以快其私，使人主蒙拒谏之名，己受乘权之实，而仁贤且有抱蔓之形。于是乎为所欲为，莫有顾忌，而祸即移之国家。燝今已矣，辱士杀士，渐不可开。乞复故官，破格赐恤，俾遗孤得扶榇还乡，燝死且不朽。”疏入，益忤忠贤意。
八月，河南进玉玺。忠贤欲侈其事，命由大明门进，行受玺礼，百僚表贺。尊素上言：“昔宋哲宗得玺，蔡确等竞言祥瑞，改年元符，宋祚卒不竞。本朝弘治时，陕西献玉玺，止令取进，给赏五金。此祖宗故事，宜从。”事获中止。五年春，遣视陕西茶马。甫出都，逆党曹钦程劾其专击善类，助高攀龙、魏大中虐焰，遂削籍。
尊素謇谔敢言，尤有深识远虑。初入台，邹元标实援之，即进规曰：“都门非讲学地，徐文贞已丛议于前矣。”元标不能用。杨涟将击忠贤，魏大中以告，尊素曰：“除君侧者，必有内援。杨公有之乎?一不中，吾侪无噍类矣。”万燝死，尊素讽涟去，涟不从，卒及于祸。大中将劾魏广微，尊素曰：“广微，小人之包羞者也，攻之急，则铤而走险矣。”大中不从，广微益合于忠贤，以兴大难。
是时，东林盈朝，自以乡里分朋党。江西章允儒、陈良训与大中有隙，而大中欲驳尚书南师仲恤典，秦人亦多不悦。尊素急言于大中，止之。最后，山西尹同皋、潘云翼欲用其座主郭尚友为山西巡抚，大中以尚友数问遗朝贵，执不可。尊素引杜征南数遗洛中贵要为言，大中卒不可，议用谢应祥，难端遂作。
汪文言初下狱，忠贤即欲罗织诸人。已，知为尊素所解，恨甚。其党亦以尊素多智虑，欲杀之。会吴中讹言尊素欲效杨一清诛刘瑾，用李实为张永，授以秘计。忠贤大惧，遣刺事者至吴中凡四辈。侍郎乌程沈演家居，奏记忠贤曰：“事有迹矣。”于是日遣使谯诃实，取其空印白疏，入尊素等七人姓名，遂被逮。使者至苏州，适城中击杀逮周顺昌旗尉，其城外人并击逮尊素者。逮者失驾帖，不敢至。尊素闻，即囚服诣吏，自投诏狱。许显纯、崔应元搒掠备至，勒赃二千八百，五日一追比。已，知狱卒将害己，叩首谢君父，赋诗一章，遂死，时六年闰六月朔日也，年四十三。崇祯初，赠太仆卿，任一子。福王时，追谥忠端。
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