藤原高子出生于承和9年(842年)，为家中次女。父为时任从四位下藏人头的藤原长良，母为藤原乙春。出生的同年朝廷发生了被称为“承和之变”的政变，高子出身的藤原氏在这次政变中成为最大赢家，为将来开创摄关政治打下基础。
高子的父亲长良虽然是其父亲藤原冬嗣的长子，但在兄弟之中仕途最顺的是二叔藤原良房。藤原良房只有一位妻子源洁姬，与妻子之间也只生有一个女儿藤原明子(染殿后)，因此高子的同母兄长藤原基经成为了二叔的养嗣子。
清和天皇尚在东宫时，高子以女官的身份出仕于皇太后藤原顺子(五条后)的宅邸。贞观元年(859年)9岁的清和天皇即位，在一代天皇只举行一次的大尝祭上，高子被选为五节舞的舞姬，并叙从五位下。之后高子可能转而出侍清和天皇之母侍奉染殿后藤原明子，因此得以经常出入宫廷，是以在清和天皇元服两年后于贞观8年(866年)入内，当时高子24岁，清和天皇16岁。贞观8年(866年)12月，高子获封女御，九年，晋位正五位下。与清和天皇之间生有贞明亲王(阳成天皇)、贞保亲王、敦子内亲王等二男一女。贞观11年(869年)，晋从四位下 ，贞观13年(871年)，又晋从三位。
清和天皇的后妃很多，其中“有专房宠”的是和高子差不多同时入宫的堂姐妹藤原多美子，她是高子的三叔藤原良相的女儿。高子的哥哥藤原基经也将两个非嫡出的女儿赖子、佳珠子送入了清和天皇的后宫，其他还有很多皇族的女王和源氏出身的女御、更衣等。值得一提的是在原业平的侄女在原文子也是清和天皇的后宫之一。
贞观18年11月29日(876年12月18日)，清和天皇让位于年仅9岁的皇太子贞明亲王，高子由此成为天皇之母，封皇太夫人，称中宫。
成为国母时，儿子阳成天皇尚年幼，政权由高子与清和太上皇、摄政藤原基经共同辅佐。不久后清和太上皇于元庆4年12月4日(881年1月7日)驾崩，高子与兄长藤原基经之间渐生嫌隙。清和天皇去世后不久是高子的四十大寿，但因天皇驾崩，因此推移到了第二年即元庆六年(882年)三月举办。阳成天皇设宴清凉殿，王公贵族皆列席，更衣在原文子所生皇子贞数亲王献上了兰陵王之舞，高子通过重用在原文子母子，表达了亲近在原氏的态度。
同元庆六年(882年)，阳成天皇加封母亲高子为皇太后。按照日本的礼法，非前任天皇正配的天皇之母只能封为皇太夫人而非皇太后。但孝子之心、外戚势力的膨胀以及仁明、文德、清和三天皇都未正式册立皇后，使这一礼法未能严格遵守。因此文德天皇的母亲藤原顺子、清和天皇的母亲藤原明子都在册立皇太夫人不久后，又晋皇太后，高子也不例外。
元庆7年(883年)11月，据《日本三代实录》记载，阳成天皇在宫中杀害了自己的乳母纪全子的儿子源溢。前所未闻的天皇在宫内杀人事件成为藤原基经逼迫阳成天皇退位的理由，因此，阳成天皇自称生病于元庆8年2月4日(884年3月4日)下诏退位，时年仅15岁。阳成天皇成为太上皇后，高子仍称皇太后。母子二人被迫远离政治，皇统改由阳成天皇的叔公、仁明天皇次子时康亲王继承，是为光孝天皇。
宽平八年(896年)，54岁的藤原髙子因为被怀疑与自己创建的东光寺的座主善祐私通而被废除了皇太后的地位。但是4天后，朝廷又给了她四百户的封户。这是光孝天皇的儿子宇多天皇时代的事。宇多天皇退位由其子醍醐天皇即位后，高子在延喜10年3月24日(910年5月6日)薨，享年68岁 。
天庆6年5月27日(943年7月2日)，在高子已死去33年、皇位已轮到醍醐天皇的儿子朱雀天皇继承时，高子的皇太后称号终得恢复。
恢复皇后的诏书，由菅原文时所作，《本朝文粹》收录，全文如下：
诏。朕以菲虚，忝嗣鸿业。思施德义之政，以致治理之风。元庆皇太后，在昔停徽号，称前皇太后。椒庭之月长闲，芝砌之霜多改。未及涣汗，早断德音。往事在耳，朕犹恸焉。故追复本号，以慰芳魂。青苔故宫，纵无增光於雨露之影，白杨荒隧，庶更变风於山陵之声。普告天下，俾知朕意。主者施行。
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