645年，李世民亲率六军攻打高句丽，此战取得了胜利，攻占了数座城池，杀死高句丽人数万人，但唯一遗憾的是没有攻灭高句丽，长距离作战导致的粮草难继和当地气候问题成了阻挠李世民取胜的关键因素。之后李世民班师回朝。不无伤感的表示要是魏征在就好了，也许就没有这一场仗了。
太宗早年患有“气疾”，但是对健康影响不大，从他经常外出田猎这一点可以证明。贞观十七年(643)，太子李承乾与魏王李泰之间的政争对他精神上的打击很大。征伐高丽的失败使这位战无不胜的皇帝大丢面子，思想负担很重，郁郁寡欢，回国后大病一场。
回长安后因病未痊愈，需要继续疗养，遂命太子李治处决军国机务。从此以后太宗的健康每况愈下，关于他患病的记载接连出现。在这种情况下，太宗可能便逐渐由不相信转为迷信金石丹药之类，希望真的有灵丹妙药能够发挥奇效，使自已长生不老。
史籍中有太宗在此之后直到贞观二十三年丧命为止连续不断的患病记载，这和他服食丹药有极大的关系。这样做不仅没有恢复他的健康，反而使病情更加恶化，最终因此而丧命。
贞观二十一年(647)正月，高士廉病逝，太宗欲亲往哭祭，长孙无忌劝谏说：“陛下饵金石，于方不得临丧，奈何不为宗庙苍生自重!”(《资治通鉴》卷198)可见太宗在此之前已经开始服食方士丹药了。
同时，他的儿子一个个互相使心计想争夺储君之位，让他很伤心。玄武门事件在他年轻的时候做了感觉没什么，但是随着时间的流逝，他年纪大了，儿子又出现同样的问题，他就觉得是报应，甚至睡觉都不安神，需要信任的武将给看门。可见心理多么痛苦。
他杀了第五子，废了太子，流放了第四子，不得不选一个不满意的第九子做继承人，心中的痛苦可想而知。在这种情绪下，他身体日渐衰落。如果是普通疾病，可说是因为抑郁情绪摧毁了他的健康，最终受伤，服丹药，因此过世。
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