出生
1563年，玉子在越前国(今福井市)出生，父亲是战国有名的武将明智光秀，母亲为妻木熙子，父母感情极为融洽，在父亲早年为生计奔波时，母亲曾偷偷剪下长发将其卖掉以补贴家用。
1578年，经由父亲的主君织田信长做主，玉子嫁与细川藤孝嫡子细川忠兴做正室，细川家与明智家是旧识，藤孝与光秀曾一起攻打纪州，且细川家与朝廷和各路大名都关系良好。这之后几年，玉子和忠兴在龙胜寺城过着幸福的日子，长女於长与嫡子忠隆相继出生。
本能寺之变
1582年，父亲明智光秀于京都附近的桂川叛变，讨伐位于本能寺的主君织田信长及其后继者织田信忠，逼使两人先后自杀。信长手下另一大将羽柴秀吉接到信长的噩耗后，匆忙与毛利求和，撤军后率军折回，与织田氏其他武将会师进军京都，在山崎战役中击败明智光秀。光秀败走后，在逃往近江途中，于小栗栖(京都市伏见区)被附近农民杀死(另说是自尽身亡)。明智秀满在光秀失败后，于坂本城自尽。明智家的势力至此完全败亡。
自此玉子背负逆臣之子的罪名，细川忠兴本应杀死玉子，向秀吉和死去的主公表达忠心，但忠兴不忍下手，于是把她幽禁在丹后的深山里。两年后，经过秀吉的同意，二人正式恢复夫妻关系。在幽禁期间玉子信奉了基督教，并在秀吉下令禁教时也不肯弃教，因此与丈夫发生矛盾。
关原之战
1600年，关原合战一触即发，丈夫忠兴随东军德川家康赴关东。当时大部分东军将领的家属都还在大坂城，石田三成遂命令把居住在大坂城下町的东军各大名眷属都集中起来，以作要挟，瓦解东军军心。玉子尚在大坂城内，因此被西军统帅石田三成挟持，企图胁迫忠兴改投西军，但是玉子拒绝成为人质，决定以死来抗争，天主教徒不能自杀，于是由家臣小笠原少斋将玉子刺死，然后放火焚毁屋敷。玉子留下一首辞世诗“散りぬべき 时知りてこそ 世の中の 花も花なれ 人も人なれ“
在玉子死后包括小笠原少斋在内的好几个家臣也随后自杀，有一位名叫稻富一梦斋的家臣在玉子被杀之后没有自杀反而逃跑。据说事后细川忠兴追杀这个家臣足足有十余年之久。
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