皇太极于天聪三年始置文馆，对外是掌翻译汉文书籍并记注政事，而实际上是作为汗权系统的决策参议机构。
这是大汗办公室，肩负着特殊的政治使命。
此时的皇太极，还只是后金名义上的共主、最高领导人，而朝政还得由他和代善、阿敏、莽古尔泰商定后，才能正式发出。这是努尔哈赤死前就已推行的八和硕贝勒共治国政的政治体制延续，只因努尔哈赤死后的汗位之争，而导致最初的八王共治改为了四大贝勒联合执政。
雄才大略亦工于心计的皇太极，自然不愿意将此四主共存的局面延续下去。所以，他在精心培育以多尔衮为首的少壮派贝勒群体崛起的同时，迅速打着谈经论史的旗帜，组建特殊机构文馆，为自己的独专出谋划策。
英勇善战的阿敏、莽古尔泰，先后被冠以阴谋自立、谋上之罪，被夺爵圈禁。老成谋国的代善，也被皇太极多次威逼谴责，最后以处死他们的姐妹莽古济作为严厉的警告。
无情的革命，成就了皇太极在天聪六年元月废除与三大贝勒、俱南面坐、共理朝政的旧制，实现自己南面独坐、汗王独尊。文馆儒臣们无疑是献策不少的。
从明朝过来的儒臣们，自然想到了如何扩大皇太极的帝王事业，于是建议仿明制，设内三院、六部，终止亲王贝勒主管部院事务，将军政与民政大权悉数集中到皇太极手中。多尔衮日后统摄六部之首的吏部，帮助皇太极改革政府机构推行八衙官制，继而统辖六部，他也有执行权，真正的决定权还是由皇太极独主。
与此同时，皇太极建起了都察院和理藩院，进一步集中了汗权，加强了专制统治。
天聪六年十一月，皇太极询问鲍承先等诸位文馆大臣，如何考察各部职官启心郎的政绩好坏，作为升降的标准。
鲍承先与宁完我、范文程疏言：“当察其建言，或实心为国，或巧言塞责，以为去留。”(《清史稿·鲍承先传》)降臣履新，倒是讲究起了什么是实心为国和敷衍塞责了。想当初，鲍承先在熊廷弼麾下，除了每经战阵，不逃则降，毫无原则。如果当时熊廷弼因此勒令鲍承先退伍，遣还原籍，鲍氏也不能参与“设间诛袁崇焕”(昭梿《啸亭杂录》卷一)、助力皇太极攻明了。
往事如烟，崇焕已矣，而鲍氏在敌国殚精竭虑，忠诚得连皇太极一度也有些生气了。
天聪七年五月，原明皮岛总兵毛文龙麾下的干将孔有德、耿仲明跳出明军的围追堵截，前来归降。他们的船停留在镇江。
孔有德是在登州发动了吴桥兵变起家的，那些跟随孔有德的登州军人称为登州水军，曾让追剿的明军吃尽了大亏。如今，孔有德带来的正是这一支英勇善战的部队。
鲍承先脑洞大开，赶紧上疏：我们应该快点以此为基础创建用水军攻打明朝，否则，明朝再用水军来抵御我们，那就不能有效攻打他们了。
毛文龙有“海上长城”之誉。袁崇焕连败努尔哈赤、皇太极，也是因为毛氏牵制有功。但因能力超强，不听使唤，且索饷过重，被忌其军功见大、脾气见长的袁崇焕，背着崇祯和朝廷捏造了十二款斩罪，斩杀了这个战功卓著、影响巨大的大军阀。
孔有德、耿仲明率部来降，给皇太极带来了毛文龙留下的明朝辽东精锐。
皇太极狂喜，亲率众贝勒大臣出迎十里，行女真人最隆重的抱见礼，封孔有德为都元帅、耿仲明为总兵官，命统率旧部，各成一军，一曰天佑军，一曰天助军。
太祖年号天命，太宗改元天聪，两降将的部队被冠以天佑、天助之名，俨然天子之师。而且不仅是皇太极盛情款待孔有德、耿仲明，就连诸贝勒也是逐次邀约宴请，视若上宾。
此等顶级待遇，鲍承先是不曾有过的。他患了红眼病，于天命九年正月上疏皇太极：我私下里看见都元帅孔有德、总兵官耿仲明为他们的老部下请求敕命，大汗允许他们自己决定。如果大汗维护自己的绝对权威，就应该注重自己的名号与仪制：“臣闻帝王开国承家，首重名器，滥则匪人倖进，豪杰灰心，而国之丧乱，因之如昔唐明皇、近明天启崇祯是也。臣见都元帅孔有德、总兵官耿仲明为其属员请敕，我皇上圣明，谕令随便给劄。夫上下之分，自有定礼。今待以诸侯之爵，隆宠极矣。然都元帅乃不识国体，未谙书史，要请无已，甚失人臣礼。我皇上圣德优容，原不深较。然臣观古者齐桓公之臣管仲有大功于天子，方授上卿，况都元帅之部将非管仲可比。元帅之功，爵亦非桓公可比。凡为国者，有大臣，有陪臣，自古及今，皆有一定之规。若任情滥予敕书，是窃名器也。名器一紊，贤者退，小人进矣。”(《清太宗实录》卷二十二)
鲍承先引经据典，谏阻皇太极以最高规格优宠孔有德及其部众，不惜抬出乱国的唐明皇、明天启崇祯，希望喜好读史的皇太极引以为戒。
他以齐桓公与管仲之喻，潜在劝诫皇太极莫学虚有其表的周天子，而让孔有德有机可乘地成为了齐霸王。
鲍承先大胆奏言，有做帝王师之心，要给皇太极定百世之规，但，皇太极的帝王心术，不是鲍承先所能理解的。
所以，皇太极对鲍氏报怨，很不以为然，直接说，你所说的不是辽东汉人相继而逃，而是孔有德等人率众航海远来，他们的功劳不小。任用贤人要说一不二。我诚心对待部下，之前已经有旨意了，怎么能随便更改?
皇太极话锋一转：你鲍承先当初来降有什么功劳，都不过是临阵被擒而已，我不是也让你列诸功臣，受到朝廷的恩养吗?
皇太极厚遇孔有德，有自己想法，但心腹还是心腹，责骂一番后，又委婉地开导鲍承先：我不是责备你，我也深知你是诚心进谏，但我希望你不要纠结于前来归顺的将领被重用是否有功劳。
鲍承先不傻，自然洞察到皇太极的别有用意。半年后，多尔衮征战察哈尔，得到元朝流落到漠北的传国玉玺，上有“制诰之宝”四字。此乃天子之印，鲍承先率先准备精美的盒子，马上召集文馆儒臣集思广益——他们要极力颂扬皇太极顺天意，合人心，受尊号，定国政，可以称皇帝了。
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