沈恪，字子恭，吴兴武康人。生性深刻沉着而富有办事的才能气度。梁朝新渝侯萧映担任郡守时，征召他为主簿。萧映调北徐州，沈恪跟随萧映到镇所。萧映调任广州，用沈恪兼府中兵参军，常常领兵讨伐俚洞。卢子略反叛，沈恪抗御有功，被任命为中兵参军。高祖与沈恪是同郡人，感情好很亲近，萧映去世后，高祖向南征讨李贲，于是让妻子儿女随附沈恪还乡。不久委任他为东宫直后，以岭南的功劳任命为员外散骑侍郎，随后派他招集同姓叔伯兄弟的子弟。
侯景围困台城，沈恪率领所部人员进入朝廷禁省守御，依随条文惯例加任右军将军。贼兵在东西方向垒起两座土山攻城，城内也堆土成山相应对峙，沈恪为东面土山的主将，昼夜抗击。因有战功被封为束兴县侯，食邑五百户。升任员外散骑常侍。京城陷落后，沈恪从小路悄悄地回到故乡。高祖讨伐侯景时，派人告知沈恪，沈恪就在东方起兵响应。平定侯景后，沈恪到京口拜见高祖，当天被任命为都军副。随即又担任帅府中的司马。
当高祖定计诛讨王僧辩时，沈恪参与了策划。造时王僧辩的女婿杜宠镇守吴兴，高祖就派世祖回到长城，设立栅栏防备杜宠，又派沈恪回到武康，招集兵员。到王僧辩受诛后，杜宠果然派副将杜泰领兵到长城袭击世祖。沈恪这时已经带兵到县城之外捕杀杜宠党羽，高祖也迅速派周文育援救长城，周文育到了，杜泰才逃走。世祖于是与周文言一道杀出郡城，沈恪的军队也到了，驻扎在郡南。到平定杜宠后，世祖袭击东扬州刺史张彪，派沈恪监理吴兴郡。
太平元年，沈恪被任命为宣猛将军、交州刺史。这年又调任永嘉太守。沈恪还没有接受这一任命，又被派去监理吴兴郡。后来从沈恪入朝任职。高祖受禅时，派中书舍人刘师知召调沈恪，命令他带兵进入宫中，保护梁敬帝离开正宫去别宫。沈恪就推门进去见高祖，叩头请罪说：“我沈恪曾经为萧家王朝服务过，今天不忍心目睹它的灭亡，我甘愿受死，也不接受这道命令。”高祖嘉许他的心志，就不再强迫他，另外调跳荡军的主帅王僧志代替他。
高祖登上帝位后，任命他为吴兴太守。永定二年，调他监理会稽郡。适逢余孝顷阴谋接应王继，从堡叫出兵攻打且迪，于是直担任命选监为壮武将军，率兵越过东兴岭救援周迪。余孝顷听知挝到了，就退走了。三年，升任为使持节、通直散骑常侍、智武将军、吴州刺史，从近便的小路去壁匮。不久有圣旨把他追回，调他代理会擅飨政务。这年，被任命为散骑常侍、忠武将军、会稽太守。
世祖继承了帝位，提升选恪担任都督会稽、东阳、新安、临海、永嘉、建安、晋安、新宁、信安九郡诸军事，将军、太守二职仍旧。
天嘉元年，增赐食邑五百户。
二年，天子征召他入朝为左卫将军。不久又调出京城担任都督郢武巴定四州诸军事、军师将军、郢州刺史。
六年，天子征召他入朝担任中护军。随后升任护军将军。
光大二年，调任使持节、都督荆武佑三州诸军事、平西将军、郢州刺史。还没有赴任，改任护军将军。
高宗即位，这坦加任散骑常侍、都督广衡塞堕交越盛定面金墨爱擅宣董到室互双总共十八州诸军事、镇南将军、平越中郎将、广州刺史。沈恪赴任还没有到互岭，前刺史欧阳纥发兵在险要之地拒守，受阻前进不了，朝廷派遣司空章昭达统率各军讨伐欧阳纥。欧阳纥被平定之后，沈恪才得以进入广州。州内遭遇战火和灾荒，处处都残缺破损，沈恪收集安置流民并加以安抚关切，广施恩惠，岭表地区依靠他才得以平安稳定。
太建四年，天子征召他入朝担任领军将军。等到新老刺史交接完毕后他才返回朝廷，却因为路程太远没能按时到达，被有关官员奏劾而免任。
十一年，复职担任散骑常侍、卫尉卿。这年被任命为平北将军、假节，监理南兖州。
十二年，调任散骑常侍、翊右将军，监理南徐州。朝廷又派遣电威将军裴子烈率领五百匹马，帮助沈恪沿着江岸防守。
十三年，沈恪被调入朝廷担任卫尉卿，常侍、将军二职仍旧担任。不久加任侍中，升任护军将军。
后主即位，沈恪因患疾病调任散骑常侍、特进、金紫光禄大夫。逭年去世，时年七十四岁。追赠为翊左将军，天子下旨赏给皇家棺木，接着又出宫前往举哀，丧事所需财物，全部由国库资助供应。谥号是元。
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