明治6年11月、回到鹿儿岛的桐野、过著在鹿儿岛郡吉田乡本城村字宇都谷的久部山原野开垦的日子。明治7年(1874年)、因为辞职军人的意见，于是为了鹿儿岛青少年的教育而建立私学校、由筱原国干负责枪队学校、村田新八负责炮队学校?赏典学校(幼儿学校)、桐野在隔年负责指导吉野开垦社并且努力于开垦事业。同年牡丹社事件后，石川县士族石川九郎?中村俊次郎拜访桐野并且寻问他关于明治六年政变及牡丹社事件的内情，而集结桐野回答的“桐阴仙谭”则留存在新闻‘日本’以及‘西南记传’上巻。
明治10年(1877年)、2月6日、在听到火药库袭击事件?中原尚雄的西乡刺杀计划后，于私学校本校召开大会并且由桐野主导整场会议，最后则作出率领大军北上的决定。为了出兵，而由池上四郎募兵、筱原国干负责部队编制、村田新八负责兵器的调度、永山弥一郎为新兵教练、桐野则是负责各种军需品的收集调达。1877年2月13日、进行大队编制、一号大队指挥长为筱原国干、二号大队指挥长为村田新八、三号大队指挥长为永山弥一郎、五号大队指挥长为池上四郎、六号?七行大队连合指挥长则选任由别府晋介担任、桐野则是为四号大队指挥长兼总司令。
1877年2月20日、先发的别府晋介的部队到达川尻并且和熊本镇台的侦察队发生冲突、这也是西南战争的开始。1877年2月22日，相继到达的萨军大队对熊本镇台进行包围攻击。桐野则与池上一起指挥正面军、但因为熊本城相当坚固而无法快速攻下。因此本营军议中，桐野?筱原的全军攻城主张，与池上四郎?野村忍介?西乡小兵卫提出的各种分别攻击主张发生冲突而且双方互不退让、在军议还在开会的期间、政府军的第一旅团(野津镇雄)?第二旅团(三好重臣)开始南下。为了应付这个行动、由池上负责包围熊本城、永山控制海岸线、筱原(六个小队)前往田原、村田?别府(五个小队)前往木留、桐野自己带领三个小队前往山鹿、对政府军进行挟击并且占领了高瀬、但因为后来双方互有胜败而使战线陷入胶着。
1877年3月20日的田原之战、4月8日的安政桥口之战遇败后、4月14日、萨军(包含党萨各派)只好解除对熊本城的包围并且退到木山、桐野则负责殿后并且指挥撤退军到二本木。1877年4月21日、萨军撤退到矢部滨町、西乡?桐野?村田?池展开军议并且决定观察时机来改变攻势。1877年4月27日、西乡退到人吉、桐野则退到江代并且再次召开军议来决定各方面的部署、然后派遣新编制的中队到各地去。以后暂时由桐野在人吉本営指挥、但在看到战况不利后、立刻率军到宫崎、5月28日、将宫崎支厅改称为军务所并以此为根据地。人吉眼见即将陥落、于是由池上护卫西乡并将他迎来这里。在这里作为桐野命脉的军票(西乡札)被发行、要来尝试填补窘困的军队财政。
1877年6月、桐野在宫崎本営指挥诸军。1877年7月24日村田指挥部队在都城大败、7月25日开始的[宫崎]]之战到31日遇败、桐野追随西乡到达高锅。1877年8月1日、桐野在佐土原遇败、政府军占领宫崎。1867年8月2日在高锅遇败。1877年8月3日、桐野在平岩、村田在富高新町、池上在延冈指挥诸军、但在美美津之战战败。1877年8月13日、14日、桐野?村田?池上部署延冈进击并且在本道指挥、在延冈之战中被第二旅团?第三旅团?第四旅团?新撰旅团?第一旅団所败、于是只好总撤退到和田峠。
1877年8月15日、以和田峠为中心布阵、并且尝试与政府军进行西南之战中最后的大战。早上、西乡隆盛自己和桐野?村田?池上?别府一起到和田峠顶上指挥、但又大败而无法收复延冈、因而退到长井村。追击的政府军也在此设下了长井包围网。1877年8月17日夜12时时、跟随西乡、要从可爱岳(えのたけ)加以突围。突围军拥有精兵300～500名、前军为河野主一郎?边见十郎太、中军为桐野?村田新八、后军为中岛健彦?贵岛清率领、池上和别府则率领约60名士兵保护西乡。之后、从宫崎?鹿児岛的山岳走上十多天、经由三田井回到鹿儿岛。
1877年9月1日、突围的萨军进入鹿儿岛并且占领城山。一时、萨军控制了鹿儿岛城下的大部分、但后被上陆的政府军在9月3日抢回城下的大部分、1877年9月6日包围了整个城山。1877年9月19日、山野田一辅?河野主一郎瞒着桐也以西乡救命的军使身分前往参军川村纯义那边、据说因此激怒了桐野。1877年 9月24日、政府军对城山进行总攻击时、西乡隆盛?桐野?桂久武?村田新八?池上四郎?别府晋介?边见十郎太等40多名士兵在洞前排队、向岩崎口进击。途中西乡中弹、而在岛津应吉久能邸门前由别府介错来自杀、看到西乡自杀样子的桐野再次进击、并且与岩崎口的军队交战、但是身旁的人一个一个倒下，但桐野依然奋战着、最后因为额头中弹而战死。享年40岁。
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