骑士团中最为出名的三大骑士团皆为军事修士会，即医院骑士团，圣殿骑士团和条顿骑士团。他们为教宗组织的僧侣骑士团，其使命是镇压圣地周围的冲突，与毗邻的穆斯林国家作战，保卫并扩大十字军领地。这三个骑士团后发展为精锐的职业军，但在圣地失陷之后先后逐渐失去宗教意义。除了上述三大宗教骑士团之外，苏格兰地区的骑士，在前往圣地加入十字军行列的途中，往往选择假道伊比利亚，因为在伊比利亚半岛的军事行为也带有强烈的十字军色彩。
甚至于在伊比利亚还出现了三个骑士团，圣地亚哥骑士团、卡拉特瓦骑士团，阿尔坎特拉骑士团，与一个较小的蒙提沙骑士团。条顿骑士团，又译德意志骑士团，正式名称为耶路撒冷的德意志弟兄圣母骑士团，与圣殿骑士团，医院骑士团一起并称为三大骑士团。现时，条顿骑士团的口号是帮助，守卫，救治。第三次十字军东征期间，来自德意志地区的骑士多次获赠土地和城堡。
圣殿骑士团，或神庙骑士团，正式全名为基督和所罗门圣殿的贫苦骑士团，是存在于中世纪的天主教军事修士会，乃著名的三大骑士团之一。其成员称为圣殿骑士，而高级成员则获许穿着骑士团标志性的绘有红色十字之白色长袍。圣殿骑士团曾是欧洲历史上最富有和强大的天主教军事修士会之一，并且在其存在的近两百年中对中世纪的欧洲经济体系产生了巨大的影响。
圣殿骑士团和十字军的命运密切相关。1291年，圣地陷落，他们失去根据地，最终沦为法王腓力四世为解决财务问题的牺牲品。1307年，其众多成员在法国被捕，残酷审讯后以异端罪名处以火刑。1312年，身处亚维农教廷的教宗克雷芒五世被腓力四世施压，宣布解散圣殿骑士团。此一活跃将近两世纪的宗教军事组织，从此在欧洲主要地区销声匿迹，其悲剧性结局则催生许多相关的传说和文学作品。
医院骑士团全称是耶路撒冷圣约翰医院骑士团，又被称为圣约翰骑士团，成立于1099年，最初是由法国贵族几名同伴在耶路撒冷的施洗者圣约翰教堂附近的医院里成立，主要目的是照料伤患和朝圣者。由于朝圣者无私的付出让医院修会迅速发展，从1110年起修会同意将分散耶路撒冷的领土的财产，可以交给医院骑士团。1113年，教廷承认他们是独立的修会，并赐予他们一系列的经济，政治特权，如无需缴纳十一税，无需接受任何政权的领导，只受教宗节制。
医院骑士团的会规以奥思定会的会规为基础制定。骑士团的成员分为教士，骑士和士官，以及会友或受赠者。骑士团由一位大团长统治，并有教士会议和八位法官协助。其组织和圣殿骑士团十分相似，但对于慈善事业上表现更为显著。医院骑士团成立时只是单纯行善的组织，从1120年才开始作为一个军事修会进行活动，以武力保护朝圣者不受异教徒攻击，并发展成为耶路撒冷王国的一支重要的军事力量，对耶路撒冷的政局也有很大的影响力。
它在耶路撒冷王国拥有七座大要塞，还有其他140多座建筑。耶路撒冷王国国王鲍德温四世去世后，当时医院骑士团的大团长罗杰德穆兰反对居伊继任，可惜没有成功。后来在1187年哈丁战役中，医院骑士团也派出主力参战，由于指挥上的失误，包括医院骑士团及圣殿骑士团在内的基督教军队几乎全军覆没，医院骑士团大团长罗杰德穆兰战死。
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