在时间上，王之仁是南明历史上叛清反正较早的一位级别较高的大臣。
一、反正始末
弘光元年(1645)五月，弘光皇帝被叛将田雄、马得功等人胁迫，向清王朝屈膝投降。建立仅仅一年的弘光朝廷宣告覆灭，南明王朝再次到了择立新君的关键时期。
不甘心失败的南明官绅，于六月初八日，在杭州城拥立潞王朱常淓监国。但是，潞王这厮却是个扶不起的阿斗，仅仅监国六天，清军兵临城下，贪生怕死的他就赶紧主动向清王朝投降了。
尽管君王无能，可明朝的官绅却不甘心做亡国奴。郑遵谦发动绍兴府官绅起来造反，杀死清朝委任的知府等官吏，宁波府生员董志宁等人也发起了反抗清朝民族压迫的斗争。董志宁等人发动的抗清斗争热潮，损害了一心降清的明朝原太仆寺卿谢三宾的利益，他派人到定海，找到已经降清的原明朝防倭总兵王之仁，希望借助他的兵力剿灭董志宁等抗清民众，许诺以千金相酬。
在宁波府的原明朝刑部员外郎钱肃乐支持抗清复明，也派人来争取王之仁的支持，希望他叛清反正，重新回到明朝这边，坚持抗清。
王之仁对双方的邀请均答应下来，让他们的使者先回去。
王之仁如约按期来到宁波府，参加抗清复明的集会。
谢三宾见王之仁驾到，一颗悬着的心总算落地了，幻想着王之仁带来的军队将抗清民众剿杀时的情形，不由得喜上心头。
王之仁一落座，便从靴子里抽出一封信。
众人疑惑地看着他，不知道是什么意思。
只见王之仁当众将信里的内容读了出来。众人大惊，原来读的是谢三宾写给他的，想借助他的兵力剿灭宁波府反清复明民众的信。
谢三宾又惊又怕，奔上前去，想夺回自己写的那封信。
王之仁下令将谢三宾抓住，问钱肃乐：“杀他祭旗，如何?”
谢三宾听此，吓得瘫了，一边痛哭，一边跪下求饶，并说愿意出一万两白银充作军饷。众人考虑到谢三宾好歹也曾是同僚，就把他放走了。
此后，王之仁就算是公开叛清反正了，重新回到了明朝抗清阵营中。曾经追随潞王监国却不愿随潞王降清的明朝总兵方国安率部一万多人赶到钱塘江东岸，与王之仁的队伍联合抗清，抗清阵营实力得以增强。
二、拥戴鲁王
潞王朱常淓降清后，南明又面临着无国君的尴尬境地。当时，许多明朝的宗室王爷都跟着福王、潞王降清了，浙江一带只有台州的鲁王并未降清，最后被残明势力选中。
这年闰六月十八日，原明朝兵部尚书张国维等人劝鲁王就任监国，十日后再次劝进。
鲁王朱以海于七月十八日到达绍兴，宣布就任明朝的监国，改明年为监国元年，算是建立了南明的又一个小朝廷。
王之仁因为拥立有功，赐封为武宁侯，不久晋升为兴国公。
可是，这边鲁王才就任监国，南边传来唐王在福建称帝，建立隆武政府的消息。监国小朝廷内一片纷乱，有的大臣主张以和为贵，接受这既成的事实，承认隆武皇帝，与之一起抗清;但是，王之仁等人认为不能承认隆武皇帝，因为一旦承认，就要接受其领导，还是自主作战为好，以保住现有的地位。
后来，隆武朝廷与监国朝廷发生了矛盾，甚至兵戎相见，直接导致了抗清团体内部分裂，抗清实力被削减，王之仁等人是要负责任的。
为了与隆武朝廷争正统，王之仁督兵主动出击，相继收复了浙江一些府县，扩大了监国政权的领地和影响力。
这年八月，王之仁率部进攻省会杭州。之前，他就派人联络上了杭州附近的几股抗清义军，约定共同进攻省城。到这一天，王之仁迟迟不见义军来会合，有些疑惑，但是又不肯放弃这个机会，就指挥军队进攻。
省城里的清军大多是明朝投降过去的军队。王之仁派人到城下谩骂守军，希望激怒他们开城交战。不料，守军不为所动，只用红衣大炮轰炸明军。明军不敌，只好撤退。
十二月，王之仁等人派兵渡过钱塘江，再次进攻杭州。清朝总督张存仁督军迎战，将明军打败。此战，明军损失副将十一人，副将以下四十八人，被杀士卒六千多人。
经此大败后，王之仁建议固守钱塘江，不要轻易再渡江作战，等待时机。
三、杀身成仁
鲁王监国元年(1646)二月，清朝多罗贝勒博洛以征南大将军职衔领兵南下，进攻浙江。
五月，博洛带领的八旗军渡过钱塘江，击败扼守钱塘江的方国安部军队，明军惨败。鲁王被迫乘船航行海上，一如当年南宋的赵构故事。
六月初一，博洛占领鲁王监国的大本营绍兴，鲁王的宫眷、世子被俘虏。方国安等人见此，认为大势已去，慌忙降清。
王之仁不甘心失败，带领兵船数百艘，欲去舟山群岛，想联合隆武帝治下的黄斌卿，一同抗清。黄斌卿知道王之仁的部众超过自己，怕他来后反客为主占领了自己的地盘，就开炮轰炸王之仁部的兵船，炸沉近百艘，未被炸沉的尽为黄斌卿所夺。
王之仁对黄斌卿做下这令亲者痛仇者快的罪过之事十分愤恨，知道事已不可为，就把家属乘坐的船凿漏而沉，残兵遣散，监国颁发的大印抛入海中，自己驾驶一艘船，去南京见洪承畴。
洪承畴很高兴，劝王之仁降清，许以高官厚禄，被他拒绝。王之仁正色道：“我乃明朝大帅，国亡当殉国，恐葬于大海，身死而不为后世所知，特来投见，欲死于明处耳!”
洪承畴还不泄气，一心劝王之仁剃发降清，被他大骂一顿：“当年先帝以为你殉国了，追赠你高官，为你立庙祭拜，照顾你的妻子，你却忘恩负义，认贼作父，引狼入室，毁我宗庙，杀我民众，如此通天之罪，你可比李陵、卫律还伟大啊!”
洪承畴听此，简直无地自容，登时羞恼成怒，下令将其杀害。
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