许行的思想主要是君民并耕之说和"市贾不二"的价格论。
关于君民并耕之说，许行说："贤者与民并耕而食，饔飧而治。"他认为，贤良的国君要老百姓一起参加耕种才能吃饭，自己做饭吃，还得为老百姓办事。《吕氏春秋·爱类》说："神农之教曰：士有当年而不耕者，则天下或受其饥矣。女有当年而不绩者，则天下或受其寒矣。
故男亲耕，妻亲织，所以见致民利也。"清人焦循《孟子正义》就认为上述"神农之教"，即是"神农之言"，与孟子说"有为神农之言者许行"相合，其内容与许行君民并耕之说也是相符的。因此，可以认为《吕氏春秋·爱类》这条材料，应该就是许行的思想。
许行还认为，如果国君不与民并耕，而是像滕文公那样，拥有储藏粮食的仓廪和存放钱财的府库，那就是损害民众来供养自己，这样的国君就不配说得上贤。这是许行对当时统治者的尖锐批评和控诉。许行君民并耕之说的提出，是由于战国时代战争频繁，严重影响农业生产，因此他强调国君必须重视农业并亲自耕作，以救时弊。
尸子说，神农氏"并耕而王，以劝农也"。尸子即尸佼，据说是商鞅的老师，鲁人(也说是晋人)。许行君民并耕之说与尸佼相同，很可能在学术渊源上有关系。前面所说《汉书·艺文志》的《神农》二十篇，颜师古注认为，"刘向《别录》云，疑李悝及商君所说"。但此说恐不可信。李悝、商鞅是法家。他们主张耕战，其重视农业是同战争紧密相连的，与许行君民并耕之说有所区别。商鞅虽然以尸佼为师，但是他把尸佼的学说发展为耕战政策，而许行则忠实于尸佼的君民并耕之说。因此，我们认为，《神农》二十篇，很可能就是许行的著作。
"市贾不二"的价格论是许行提出的又一个重要主张。这是在他主张社会分工互助的基础上，提出从事农业劳动的人可以用农产品直接去交换手工业品，如帽子、锅甑和铁制农具等等。这是一种以物易物的交换办法。交换时的价格是如何规定的呢?许行认为："布帛长短同，则贾相若;麻缕丝絮轻重同，则贾相若;五谷多寡同，则贾相若;屦大小同，则贾相若。"即市场上布帛的长度相同，则出售的价格相等;麻缕与丝絮的重量相同，则出售的价格相等;粮食容量相同，则出售的价格相等;鞋的尺码相同，则出售的价格相等。总之，同种商品数量相同，则价格相等，市场上的各种物品的价格都有了统一的规定。这样，在市场上的同种商品只有一种价格，没有第二种价格。这就是"市贾不二"。许行认为，这样一来就不会再有弄虚作假的现象，即使小孩子到市场上去买东西，也不会受欺骗。
许行的主张反映了战国时期贫苦农民的利益和要求。君民并耕之说反映了当时贫苦农民的平均主义和共同劳动的思想，要求人人都成为自食其力的劳动者。孟子认为这种主张只能是一种幻想，根本不可能实现。许行的这种主张与孟子所主张的"劳心者治人，劳力者治于人;治于人者食人，治人者食于人"的思想是针锋相对的。许行的价格论反映了当时贫苦农民对商人利用市场高利盘剥，要求调整物价的愿望。这种主张要比杨朱的"为我"、"贵己"而又不"纵欲"、"侵物"的观点更激进一些，因为杨朱是小土地私有者的代表，他们只要求保护其小私有者的财产;而许行则代表贫苦农民的利益，他们一无所有或者有也不多，仅靠双手劳动维持生活。
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