他一生著述颇丰，辑有《本事方》(又名《类证普济本事方》)10卷、《续本事方》10卷(均收入《四库全书》)。著有《伤寒百证歌》5卷、《伤寒发微论》2卷、《伤寒九十论》(合称《许氏伤寒论著三种》)、《治法》、《辨证》、《翼伤寒论》、《仲景脉法三十六图》等书。
许叔微是宋代研究《伤寒论》的大家之一，对辨证施治理论多有阐述和补充。他说：“伤寒治法，先要明表里虚实。能明此四字，则仲景三百九十七法，可坐而定也。”在其学术思想中较突出的是对脾肾关系的理解，认为肾是一身之根抵，脾胃乃生死之所系，二者之中又当以肾为主，补脾“常须暖补肾气”。这一见解对后世进一步研究脾肾关系和临床座用，很有启发。《伤寒百证歌》，是以歌诀体裁将仲景方论编成100证，以便后学记习，遇有“有证无方”者，就以《千金》等所载之方补上;有议论不足者，多取《巢氏病源》及朱弘、孙尚、孙用和等人言论加以发挥。《伤寒发微论》共22论。第一论列举伤寒72证，详加阐释。第二论以下多为作者心得的零散札记。《伤寒九十论》，每论首记病例症状及治疗经过，加以评论，颇似今日之病案讨论。《普济本事方》是“漫集已试之方及所得心意，录以传远”的著作，按病分为23门，收录300余方;每方首列主治、方名及药味分量，次录治法、服法，后附一二个病例，并加评述。其中关于言气撅不可作中风候、益肾宜用滋补之品以及区别肠风、脏毒、血痔的不同等论点都颇有见地。
1143年，64岁的许叔微，将“已试之方，及所得新意，录以传远，题为《普济本事方》”，全书10卷，为23门，包括中风肝胆筋骨诸风，心小肠脾胃病，肺肾病等脏脏常见病，及其他内科杂病，外科、妇科、儿科、五官科、伤寒时疫，旁及针灸，靡不悉备，每门分列数证，证下系方若干，共收录330余方，每方均简述主证、病因、病机、用药、炮制及服法，或载医论、病案、灸治、煨治法等内容。是书文字简明，辑方切于临床，为许氏多年“刻意方书”所积累的验方汇编，书中用医案医话形式写就论证73则，见解精辟，如认为惊悸多魇，通夕不寐症属肝不藏魄，不治心而治肝;对阴毒证由浅入深分为始得、渐深、沉困三候，以正元散、玉女散、灼艾脐中等方药分治;言气厥不可作中风候;益肾宜用滋补之品;治积以所恶者攻之，以所喜者诱之，对积证依病情分为酒、肉、血、气、水、涎、食七类，分别治疗;鉴别肠风、脏毒、血痔之不同的论点皆颇有见地。取名“本事”，意其所记皆为亲身体验的事实。此书是历史上第一部比较完备的方剂专书，在当时的医药界起到了振衰继微的作用，对后世影响深远，该书许多方为后世医家吸取或借鉴，如治疗中风的豨莶丸被《寿世保元》、《兰台轨范》、《成方切用》等书收录;治疗肠风的槐花散流传至今，已成为治疗痔疾的名方。
1149年。许叔微70岁，已是桑榆之年，仍手不释卷，不废耕耘，将平生运用经方的案例整理编撰成书，定名《伤寒九十论》，书中选择了九十个不同的伤寒病案，记载详细而真实，包括了十一例死亡病案，每例之后以《内经》、《难经》、《伤寒论》、《诸病源候论》等医籍为基础，结合个人的见解加以剖析;案案皆用仲景法，又灵活变通，遇《伤寒论》中有论无方时，选《千金要方》、《活人书》等书补入，如治热入血室用小柴胡加地黄汤;用大柴胡汤治二阳合病;主张大黄为伤寒之要药，生用有力，不需酒洗;论伤寒慎用丸药;桂枝汤中的赤芍白芍辨等论皆高出前人，反映了许氏较高的理论水平与治疗技艺。书中提出“十剂”的方剂理论，对后世影响深远。此书是许氏研读《伤寒论》并实践于临床的经验总结，既裨补仲景，又启迪后学。后世的《经方实验录》即仿此例。它不仅仅最早的伤寒医案专集，也是我国第一部医案专著，是书在医案学发展史上以及仲景学术临床应用方面均有不容忽视的开创意义。
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