后因为他的经历与收获，使他获取了很大的荣誉。于是他决定进行一次更大规模的考察活动，目的地仍是敦煌，主要是为了更多更好地揭取壁画和搬走彩塑。于是着手组建第二次考察团，考察团成员由6人组成：华尔纳、杰恩、丹尼尔·汤普森(负责剥离壁画)、阿兰·普列斯特、霍拉斯·史汀生(负责测绘)、查理德·斯达尔(负责摄影)，组成了一个相当专业的名为考察团的偷盗团伙，主要是针对莫高窟285窟，准备将此洞窟全部搬到美国。由于华尔纳第二次考察还有一个任务，就是在中国寻找一所与哈佛大学合作共同研究中国文化的学校，选中了北京大学，虽然这种合作由于中国人民的反帝高潮和排外情绪而搁浅，但是北京大学的陈万里先生作为中国专家随队西行。陈先生的西行虽然表面上是为考察队解决一些古文和语言困难，实际上主要是阻止华尔纳盗劫我国文物，给考察团活动带来极大的不便，有效地保护了祖国的文物，也捍卫了中国人民的利益。沿途所发生的事均记于他后来的个人日记《西行日记》中。
是1925年2月16日离开北京的，5月19日到达敦煌，在和县政府接洽的过程中被拒绝了考察千佛洞的要求，因为华尔纳第一次的破坏行为已使当地老百姓十分气愤，他们也向王道士责问此事，并使得王道士不得不靠装疯卖傻地过日子。经过一翻商讨，最后给考察团一系限制与规定：
1、考察团成员不准住宿千佛洞;
2、考察团的成员参观千佛洞要由当地派出的人监视，并必须当日返回县城;
3、不准破坏壁画及其它一切文物。
不仅如此，当地老百姓组织了一队人专门监视考察团的行动，时时有发生武力的可能性，在如此严密的监视下，考察团一行也不得不草草结束考察活动，只活动了3天便于5月23日离开敦煌。之后又去了安西榆林窟，在那里偷拍了一些照片，1938年发表专著《万佛峡一所九世纪石窟佛教壁画研究》。
当时由于全国各地爆发了反帝爱国运动“五卅”运动，北京大学最终决定不与哈佛大学合作，并电令陈万里与考察团决裂，提前返校。美国一方也考虑到中国国内的形势，电报要求华尔纳一行结束活动回国，于是华乐纳不得不解散考察团，中止考察活动，于同年8月返回哈佛大学。
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