自明太祖朱元璋废除了丞相制以后，内阁成为了国家的中枢机构，内阁大学士成为了“无相名，而有相权”的实权人物。这种制度在清入关后被沿袭，不过清初时满洲王公依然有着很高的权力，形成议政王大臣会议和内阁两个中枢机构。
可到了雍正时期，自雍正八年创建了军机处以后，军机处则实际上成为了清代掌权机构，军机大臣成为了名义上的宰相。不过军机大臣并非是正式的官职，而是一个兼职，照例有满汉大学士、各部尚书、侍郎、京堂等升任。
军机大臣又称“枢臣”，俗称“大军机”。军机大臣的任用，因其资历的深浅也有所不同，《清史稿》中是这个说法：“军机大臣，无定员，由大学士，尚书、侍郎内特旨召入。区其名曰大臣、大臣上行走。其初入者加学习二字。”
由此可见，军机大臣只是个大概的说法，具体可分为“办理军机事务”、“在办理军机处行走”、“在军机处行走”、“在军机大臣上行走”以及“在军机处学习行走”、“在军机大臣上学习行走”等诸多名目。
由于军机大臣有着兼职的特征且不是正式的官职，因此皇帝对军机大臣的提拔程序就很简单，完全不用走吏部的程序。不过，能成为军机大臣之人必定有过人之处。根据史料记载，朝中大臣想要成为军机大臣必须符合两个条件，缺一不可。
第一，于满汉大学士尚书侍郎京堂内特简。
这个条件是硬性规定，尽管对军机大臣入值的官职、品级没有明确的界定，但从历代军机大臣的任命中可以发现这些人基本上都是正二品以上的官员，其中也有一些三品、四品甚至五品的，但占到的比例极低。
第二，被宠眷尤异者或皆亲臣重臣。
通俗地讲就是入值军机处的大臣必须是受皇帝宠信的，在京二品以上官员少说也有数十人之多，但军机处人员多时也就七、八人，因此只有那些被皇帝看中且十分信任之人，才能进入军机处。
雍正建立军机处时，各项制度尚不明确，到了乾隆时期逐渐成熟。鉴于康熙晚年皇子介入政务太深，位高权重，乾隆帝对宗室王公进行了很大的限制，并规定“亲王不假事权”，也就是说亲王、郡王等皇室贵胄被排挤在军机处之外。
这种不以亲王为军机大臣的制度一直沿袭到了清末，但是也不是绝对的。如嘉庆时期成亲王永瑆就曾入军机处办理政务，咸丰时又有恭亲王奕䜣为首席军机，不过这些都是特例，类似的例子不多。
乾隆之后不仅对亲王进入军机处有所限制，嘉庆帝还作出规定，御前大臣不得兼任军机大臣。嘉庆帝此举主要是为防止军机大臣权势过重而威胁皇权。御前大臣是清宫内廷的核心人物，是皇帝身边的近臣，该官职在朝中的地位及其显赫。如果御前大臣兼任军机大臣，就可获得蒙蔽皇帝的机会。
其中最典型的就是和珅，他以御前大臣兼任军机大臣，大权独揽，以至于各省的奏报被他压下到不了乾隆的手中。为了避免被人弹劾，和珅还将一些重要奏折抄写副本并擅自改动其内容，由此隔断了朝臣与乾隆之间的沟通渠道。
军机处虽称是中枢核心机构，但说的到底也是皇帝的秘书班子。他们主要的工作还是替皇帝上传下达谕旨、圣旨。在很多影视作品中我们经常可以看到皇帝的圣旨，不过真能将“圣旨”、“上谕”等这些专业术语区分的估计并不多。
“圣旨”是指大臣经过商议得到皇帝首肯，并以书面文字的形式颁布天下的称作圣旨，圣旨下发至内阁传抄，最终交给各部院执行。
“上谕”也称“谕旨”是皇帝特降的，也就是说这是皇帝个人单方面的意思，谕旨钦定下发后，也经过内阁交于相关机构执行。无论是圣旨还是谕旨，这两种旨方式都是公开透明的。
除了圣旨和谕旨之外，军机处所负责的密旨即廷寄则是保密的，它不经过内阁，而是直接发往各省。并根据其紧急程度交由兵部，分六百里、四百里、三百里加急等。廷寄的发明者是雍正重臣张廷玉，自从廷寄出现后，内阁的权力基本被架空了，军机处也就成为了实际的中枢机构。
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