总督在清朝时，等同于“封疆大吏”的代名词，它执掌军政大权，有非常重要的地位。这个官职并非清朝首创，而是沿袭明朝。但因现实的变化，清朝对总督制度，既有继承，更有变化。到光绪年间，清朝有常见的“九大总督”，它们是直隶总督、陕甘总督、四川总督、云贵总督、湖广总督、两广总督、闽浙总督、两江总督和东三省总督。
不过，在清朝历史中，实际存在过许多总督职位。它们大多因为职权或辖区调整被裁撤。这些总督职位虽被掩盖，却可以借此看出历史脉络的变化。
这些总督有两类，一类以职权划分。一类是确立九大总督过程中的变化。以职权划分的总督，主要有河道总督和漕运总督两种。
清朝时，京城粮食主要由地方提供。它们大多需要走水路运输。这种以水路方式的运输，被称为漕运。除了运粮，从全国征收的赋税，也大多需要从水路运输。保证水路的通畅，在当时有非常重要的意义。
漕运总督专门负责漕运，河道总督负责京杭大运河、永定河、黄河的治理。仔细区分下，河道总督又有南河总督和东河总督。南河总督负责江南水系，东河总督负责山东、河南水系。
这类总督在清朝前中期有非常重要的作用。但随着漕运衰落，内部腐败等原因，漕运总督、河道总督在晚清时，都被裁撤，所管辖事务，并入各地督抚负责。
相比漕运总督、河道总督这类职位，九大总督的演变，会更为复杂。我们以九大总督的演变过程，分别讲述。先说直隶总督。
直隶总督确立后的辖区，包括现在天津全部，河北大部分，以及山东、河南小部分地区。清朝统一的过程中，这些地区都是较早被纳入辖区的疆域。
清朝也较早在这些地方，确定总督的职权。直隶在京城周围，情况复杂。它也经历较多变化。顺治五年，当时在这里设立了直隶河南山东三省总督。
过十年，将总督降为直隶巡抚。直到又过三年，才重新设立直隶总督。此后多次在总督、巡抚之间变动，直到雍正元年才正式确立。
两江总督在清朝的地位，仅次直隶总督。两江地区是清朝最富裕的地区，管辖现在江西、安徽、江苏、上海，财政赋税可占全国三分之一以上。
所以，当地官员的设立，同样是一个大问题。清朝占领后，设立江南江西河南三省总督。但是，这个总督的辖区面积太大，不好管辖。清朝就把这个总督拆成江南总督和江西总督。
拆完后，朝廷发现很多事情还是不好办。从军事而言，两江地区构成一个完整的防御区，且经济、文化上也互有关联。如果拆分，对清朝而言，麻烦较多。
康熙二十一年时，江南总督、江西总督重新合并，成为两江总督。两江总督也是清朝总督中，最早沿袭为定制的总督职位。
陕甘总督是清朝变动最大的一个总督职位。它分别经历过陕西三边总督、川陕三边总督、陕西总督、山陕总督、陕西总督、川陕甘总督、陕西总督、陕西总督、川陕总督的变化。中间有些总督，都是裁撤以后又设立。像陕西总督就曾设立过三次，但最后仍被裁撤。
这个职位所变动的辖区，主要是甘肃、陕西、山西、四川几个地区。这些地区互相连接，构成西部疆域的重要板块。对于它们的设立，务必小心，且极为困难。
因为陕甘总督的变迁，涉及到四川总督的设立。所以，这两个职位，一直有很多复杂的关系。清朝在没有占领四川以前，就设立巡抚等地方官，名义上接管了这片地区。四川总督除了跟陕甘总督有很多复杂的关系，跟湖广总督也是如此。
在康熙七年，清朝设立川湖总督，管辖四川、湖南、湖北地区。湖南、湖北地区，便是后来湖广总督的辖区。而四川总督要到雍正年间才被剥离，乾隆时才成为定制。
闽浙总督在顺治二年设立，当时被称为福建总督，驻地福州。当时清朝其实并没有真正占领福州。这个做法跟最初设立四川总督相似，更多是一种政治上的需要，显示清朝占领天下的决心。
又过三年，清朝将福建总督改为浙江总督，兼辖福建。再过十年，分别设立浙江总督和福建总督。如此频繁的变动，也可以看出当时形势波动极大。
康熙二十三年，又令福建总督兼辖浙江。雍正时期，为处理浙江盐务走私等问题，李卫出任浙江总督。时过不久，重新恢复闽浙总督。
乾隆时虽曾短暂效仿雍正设立浙江总督，处理特殊事务的做法，但并不长久，闽浙总督从此成为定制。
云贵总督正式定制于雍正十二年，在此之前，它经历过云南总督和贵州总督。跟云贵总督相似，两广总督也曾分别设立广东总督、广西总督的设立。
云贵、两广是明朝末期抵抗清朝的重要根据地，情况复杂。清朝在各省设立总督，有利于更好处理公务。
清朝还把广西事务短暂交给云贵总督处理，用来处理叛变。但属于短期设立，事情结束后，云贵总督便不再兼任。这也是古代官制演变的重要特点，更多是出于实际情况的调整、且是长期的演变。
东三省总督是在光绪年间才设立的，当时主要为了增加东北地区的力量，更好抵御外敌入侵。在此以前，当地设立将军管辖军政事务。以上种种，便是清朝总督职位的演变。
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