秦始皇陵建于秦王政元年(前247年)至秦二世二年(前208年)，历时39年，是中国历史上第一座规模庞大，设计完善的帝王陵寝。 丞相李斯为陵墓的设计者，少府令章邯监工，共征集了72万人力，动用修陵人数最多时近于80万，几乎相当于修建胡夫金字塔人数的8倍。 陵园工程修造了39年，一直至秦始皇临死之际尚未竣工，二世皇帝胡亥继位，接着又修建了一年多才基本完工。
秦子婴元年(前206年)，秦始皇陵遭遇了第一次也可能是最大一次的劫难。据《史记·高祖本纪》 、《汉书·卷一·高帝纪第一上》 、《汉书·卷三十六·楚元王传第六》 记载，项羽攻入关中后，大规模破坏秦始皇陵，地面建筑毁于一旦，并挖掘了帝陵。
当项羽这支江东大军进入咸阳后，竟在一天之内就将秦国皇亲国戚八百余人，连同4000名文武官员全部斩首示众。秦王子婴也被项羽亲自用方天画戟扎胸腹，扔到街心而气绝毙命。随后，8000江东子弟兵潮水般涌入秦宫,将财宝、美女抢劫一空，紧接着又一把大火将包括阿房宫在内的宫殿、楼阁烧成一片废墟。这支以复仇为目的的军队，在东返路过秦始皇陵园时，项羽又下令挖掘陵墓、抢劫财宝，捣毁一切可能捣毁的建筑。大火在陵园升起,数日不灭。72万人费尽39年心血建筑的陵园，在大火中变为一片焦土瓦砾。这是有史可查的秦始皇陵园遭到的第一次也是最为致命的一次劫难。
刘邦击败项羽后，定都长安，建立西汉。为了笼络天下人心，于汉高祖十二年(前195年)，下令对秦始皇陵妥为保护，着令20户人家住在秦陵附近，作为守陵人看管秦始皇陵。此后，各朝各代的统治者对秦代帝王陵墓，都下令保护。
但即使如此，秦始皇陵也未得安稳。《汉书·刘向传》记载，有一小孩在秦陵附近放羊，结果有一只羊掉入地洞中，小孩子打着火把到地洞中去寻找，不料竟然走进了秦陵地宫，引发大火，将秦始皇的棺椁烧掉了 。对《汉书》所记，《水经注·渭水》也作了补充:"牧羊人寻羊烧之，火延九十日不灭。"
后赵时，曾割据为王的关中人石勒和石季龙两兄弟派人来到河南，用探铲探到了战国时期赵简子墓的确切位置后，趁夜深人静偷偷地挖掘起来，很快进入墓穴隧道。此时赵简子墓已渗入数尺积水无法行进，他们便以盗墓人特有的方法制作了用牛皮囊向外排水。时值秋天，当他们刚刚将墓道中的积水时，外面的雨水又沿着挖开的通道灌了进来，反而积水更多。一个月过去了，积水始终没有排除，盗墓者不得不先堵死通弃赵简子墓而来到秦始皇陵，并在封土以外不远处挖掘起来。他们的苦心没有白费，终于打通了地宫隧道，盗走了隧道门旁装的铜柱数根。正在他们进一步向地宫深处挖凿时，被守陵人发并迅速报官，才不得不含恨忍痛弃陵而逃。
唐末黄巢起义军攻克长安后，作为起义军首领的黄巢本人亲自派兵公开盗掘秦始皇陵园，以补充军费和兵器的不足。这次盗掘是继项羽之后对秦始皇陵园的第二次大规模洗劫。也就在这次劫之后不久，黄巢军兵败长安，帝国皇帝之梦也从此破碎。
清道光年间，秦始皇陵封土遭到了暴雨流水的冲击，陵墓北面的半腰间，也在暴雨冲击中塌陷出一个很深的洞窟。这个洞窟被附近村一个老汉发现，并立即传播开来。消息被一个外号叫“白狼”的当地土匪头子知道后，立即率人以探测陵园为由进入洞窟，所有入洞者大吃一惊的是，这个洞窟竟通入陵墓地宫。“白狼”命人取了大批的珍宝带出洞外，溜之大吉。守陵人得知后立即报告了官府，洞窟由此被堵死，随之加紧了陵园的看管，洞窟再未被掘。
据推测，这个洞窟很可能是当年黄巢大军掘陵时所打开的通道之一，掘陵部队在离开时，草草地将洞掩饰起来，以备将来再盗时能顺利打开。但随着黄巢的兵败，这些当年封洞的将军再也有回来。随着岁月的流逝，洞窟也就成了不被人知的秘密。只是偶然的一场大雨又使它重见天日，从而使陵墓再一次遭到洗劫。
清朝灭亡后，随之而起的是天下纷争、军阀混战的局面。陕西军阀派兵挖掘了秦始皇陵，并取走了大批珠宝。这是项羽、黄巢之后又一次对秦陵的大规模兵燹。解放战争时期，国民党驻西北军队为抵抗解放军的攻击，以秦陵为制高点，在封土四周挖掘出数条战壕，致使面目全非的秦始皇陵园雪上蒙霜，千疮百孔风雨剥蚀，战争使后人已无法得知当年的形状。
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