明朝末年，大学士徐光启奏请开设历局，表示愿在德国传教士汤若望的帮助下编修《崇祯历书》。汤若望抓住机会，凭借对月食的准确测算及对望远镜的推广，赢得朝堂上下的信任。
1644年，清军入京，多尔衮命城内居民全部搬出，汤若望因要保护教堂及天文仪器、图书资料而得以住在原处。随后他数次奉诏入宫，向顺治科普全新的天文知识，很快又成为御前红人。顺治为他新建了一个教堂，并让他主管国家的天文台，还称他为“玛法”(满语对亲近长者的敬称)。
后来顺治赐给汤若望“通玄教师”的荣誉称号，但在诏令中只字未提宗教，只是肯定他编修历法之功，因为大臣一致认为治国还得靠儒教。即使如此，还是有人对汤若望不满，吴明烜曾在钦天监任职，但因被汤若望指出学术错误而丢官，所以一直怀恨在心，屡次上疏说汤若望的历法根本不管用。
在他的煽动下，一批大臣纷纷向汤若望开炮，借口也从学术错误发展到“邪说惑众，潜谋造反”，甚至有鼻子有眼地说他在澳门屯兵。顺治当然不会轻信他们，但他来不及为汤若望撑腰就死了。
接下来，八岁的康熙登基，大权掌握在保守的辅政四大臣手中，于是曾攻击汤若望的大臣再次奏请朝廷铲除这个“妖人”，并抓住一个“把柄”—相关官员为荣亲王择定葬期时曾向汤若望请教，结果他照搬西方历法，选的葬期很不吉利，以致荣亲王之母和顺治先后去世。这招实在“稳准狠”，直接点到封建统治者的死穴—诅咒皇室还了得!
四大臣对顺治生前的政策早有不满，乐得顺水推舟，命礼部和吏部会审汤若望。结果，不仅新历被废，已中风瘫痪的汤若望还在饱经折磨后被判凌迟。但就在判决当天，地震、大火、彗星齐发，臣民议论纷纷，认为这是上天的警告，于是汤若望被无罪释放，而徐光启在崇祯年间培养的一批汉人天文专家则被斩杀干净，相关官员也被罢黜，这就是史上有名的“康熙历狱”。
汤若望的身体状况越来越糟，出狱两个多月后就去世了，尸体因没地方安葬而不知所终。
以吴明烜为首的“幕后推手”重新接管天文事务，但他们没得意多久，朝局再次发生变化。
1667年，14岁的康熙亲政，与曾被多尔衮压制的顺治一样，他也对四大臣的专断早有不满，而且向来对汤若望颇有好感，所以为汤若望平反成了他夺权的切入点。
康熙命吴明烜与西方传教士南怀仁分别用东西方的历法测算日影，吴明烜试了几次都错漏百出，而南怀仁的测算结果准确无误。吴明烜辩称是自己的仪器出了问题，但意识到这个借口太蠢，立刻将靶心转向意识形态，说：“‘尧舜之历’是老祖宗传下来的，怎能被‘天主教历’取而代之?陛下如此行事，必将有损国祚、不利子孙。”这下正撞在康熙的枪口上，他下令将吴明烜革职查办，其他人或处死或流放。
这年，康熙制服鳌拜并掌握朝局，南怀仁上了几道奏折为汤若望喊冤。康熙很快回应，不仅亲自为汤若望重办隆重的葬礼，当年在冤案中受害的官员也都相继复职，“兵不血刃”地为朝堂洗了次牌。
面对满朝“自己人”，康熙深感欣慰，为汤若望写悼词时甚至掉了眼泪，使南怀仁等西方传教士感激涕零。他们以为自家学术思想终于得到认可，却不知皇帝更看重的是“你的学术思想能否为我所用”。
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