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林丹汗是漠南蒙古察哈尔部的首领。他自万历三十二年(1604年)即察哈尔汗位后，就竭力标榜自己属于成吉思汗的嫡系后裔，并宣称掌有大元传国玺，雄心勃勃要恢复其祖宗的伟业。自称“统四十万众蒙古国主巴图鲁成吉思汗”,嘲笑努尔哈赤为“水滨三万人满洲国主”。从蒙古皇室的血统来讲，林丹汗确实是蒙古汗位的正统继承人。但从黄教传入蒙古以后，“大元后裔”这一正统观念已失去号召力，蒙古族多少年来的这种传统信念已经改变。
当时蒙古各部很多汗位的称号都是从达赖喇嘛那里接受来的，如漠北的土谢图汗、车臣汗、札萨克图汗、赛音诺颜汗，漠南喀喇沁部的坤都伦汗等。当时察哈尔部还是花教掌握着宗教大权，这在黄教势力日盛的情况下，对林丹汗自然是不利的，因此，他也主动向黄教靠拢。
自从达赖四世进藏以后，漠南蒙古西部的土默特和鄂尔多斯等部失去了政治上和宗教上的领袖人物，原来松散的联合体很快分裂了。林丹汗便乘机向西部进军，击破了喀喇沁部，控制了土默特和鄂尔多斯部。察哈尔部势力得到了扩张，“东起辽西，西尽洮河，皆受插(察哈尔)要约，威行河套以西”。但林丹汗重振蒙古汗权的好景不长，不久就被后金努尔哈赤所征服。漠南蒙古处于后金与明朝之间，东界后金，西南与明朝相连，成为明朝与后金争夺的重点。如果蒙古与明朝联合起来，则后金就会腹背受敌;蒙古倒向后金，则明朝北面门户洞开，京师就会受到威胁。林丹汗选择了与明朝合作共同抵御后金的道路。明朝“思用东部插汗小王子(林丹汗)欲以敌大清”,便把原来给漠南蒙古诸部的岁币，转给了林丹汗，而林丹汗则每每扬言助中国，邀索无厌”。
察哈尔部在林丹汗的统治下，一度兵马强盛，在漠南蒙古中没有敢与之抗争的。但由于林丹汗在征服战争中“兴兵掠夺”,“服从者收之，拒敌者被杀”,又“昏于酒色”,因而激起漠南蒙古诸部对他的强烈不满。这时，后金势力日益强大，努尔哈赤及其后继者皇太极都清楚地看到，林丹汗是他们征服蒙古的主要对手，只有摧垮林丹汗的势力，才能使漠南蒙古听命。因此，后金便利用蒙古各部对林丹汗的不满情绪逐个争取，对率部来归的首领，厚给赏赐，并授以官爵。于是科尔沁、翁牛特、郭尔罗斯、杜尔伯特、札赉特以及克什克腾等部先后来归。
崇祯元年(天聪二年，1628年)七月喀喇沁等部派代表来沈阳“乞盟”,与后金结成了共同进攻林丹汗的军事同盟，皇太极亲率满蒙联军进攻林丹汗，一直追击到西喇木伦河流域。十月，皇太极返回沈阳。崇祯五年(天聪六年，1632年)三月，皇太极下令征集蒙古诸部兵，再次出征林丹汗，在昭乌达会齐后直趋林丹汗的巢穴到五月二十七日，攻下了归化城(今呼和浩特)。林丹汗狼狈逃到西土默特部，后又逃到青海大草滩，出痘病死。
崇祯八年(天聪九年，1635年),皇太极又派遣多尔衮、岳托、萨哈廉及豪格率兵西征，直到河套地区，招抚了林丹汗的残部。林丹汗的妻子囊囊太后率一千五百户投降，林丹汗的儿子额哲携带传国玉玺率部民一千户归降。皇太极三次用兵察哈尔，终于征服了整个漠南蒙古，使得漠南蒙古诸部在后金的管辖下统一起来漠北蒙古，当时主要有三个封建主集团统治着，他们是土谢图汗、札萨克图汗和车臣汗，称为喀尔喀三部后金征服了漠南蒙古以后，对漠北蒙古产生了巨大的影响。
皇太极乘这一有利形势，积极与漠北蒙古进行联系。崇祯九年(天聪十年，1636年)二月，皇太极派使臣去喀尔喀三部，劝他们前来归附。同年十一月，车臣汗首先派遣卫征喇嘛等“赍书来朝，贡驼马貂皮等物”。崇祯十一年(崇德三年，1638年)三月，喀尔喀三部遣使来朝，皇太极规定他们每年向清朝行“九白之贡”,即贡“白驼一、白马八”。
从此，喀尔喀三部表文贡使络绎不绝，正式与清朝建立了臣属关系，辽阔的外蒙古就归入清朝的版图。
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