1645年五月，南明弘光政权被清军灭亡后，消息传到唐王朱聿键耳朵里，唐王胸怀报国大志，一心想恢复、振兴太祖朱元璋创下的基业，于是在郑鸿逵等人的支持下在福建监国，随后称帝，史称隆武政权。然而支持隆武帝的臣子大多各怀鬼胎，私心自用，真正愿意为国效力且能够掌控局面的人并不多。即便隆武帝朱聿键少年时吃过苦，当时所推行的政策也算是比较正确的，然而由于周围环境形势所迫，政策也多受手下重臣的阳奉阴违，几乎全部流产，最主要阻碍者是福建的郑芝龙、郑鸿逵兄弟，湖广总督何腾蛟和广西巡抚瞿式耜。
军队实力派郑芝龙——保存实力，无意进取
郑芝龙出身于海盗，后来在明朝的招安下成为福建的武将，利用明朝官员的身份称霸东南沿海的走私贸易，他的儿子就是明末著名的民族英雄郑成功。郑芝龙的如意算盘是利用自己的拥立首功，巩固自身在福建的领导地位，唯我独尊，实现军阀割据统治。隆武帝以恢复明室统治为己任，自然希望郑芝龙能够出兵收复失地，并且还制定出具体的作战计划，试图先恢复以南京为中心的江南地区，然后再全力收复北方失地。
然而郑芝龙却有着不同的想法，他担心出兵与清军作战会损害自身的实力，从而削弱自己对福建的控制，君臣二人战略上的分歧直接导致南明隆武政权毫无作为。据记载，隆武帝指责郑鸿逵“始则境内坐糜，今复信讹撤转，不但天下何观，抑或万世遗耻。”大致意思是，郑芝龙、郑鸿逵兄弟从一开始就在福建境内享受奢侈的生活，现在反信传言，全然撤兵不进攻，这让天下收复无望，而且还会背负万世骂名。所以，终隆武一朝，郑芝龙从来没有发兵出福建抗击清军，使得隆武政权的形势不断恶化，最终坐以待毙。
隆武朝的另外一位大员——湖广总督何腾蛟则是隆武帝的故人，唐王封地在南阳，而何腾蛟曾经在当时担任南阳知县，因为这层关系，没有自己班底的隆武帝对何腾蛟备加信赖，并寄予厚望，隆武帝提拔他为湖广等七省军务都督。然而何腾蛟却有着自己的小算盘，他利用隆武帝的信任，寻机提升自身的威望，丝毫没有想替隆武帝出力的打算。
隆武帝被福建的郑芝龙、郑鸿逵兄弟控制，曾经想逃到湖广境内依靠何腾蛟，然而身为湖广总督的何腾蛟害怕隆武帝的到来会影响自己在湖广地区的影响力，便玩起两面手法。一面对众人和隆武帝的使臣说，将会派遣手下郝永忠、张先壁二将率军去迎接圣驾，另一面却私下里对二人叮嘱，切不可假戏真做，将圣驾迎回，不可使其进入江西地界。于是郝永忠带着部队从长沙出发，一路慢吞吞，经过衡州，花了将近四个月才到达湖南郴洲，随后就驻扎在此，再也不往前行进一步。最终隆武帝也未能实现摆脱郑芝龙的目标，而最终江西等地也被清军占领，隆武帝和南明失去了连接湖南、福建的最后机会。
第三个影响力量是广西巡抚瞿式耜，在弘光政权被消灭后，他想拥立桂藩朱由榔，从正统继承顺序来说，桂王是当时最恰当的皇位继承人，但是未料到唐王朱聿键率先在福建称帝，建立除浙江以外明朝残余领土都公认的南明隆武政权。无奈之下，瞿式耜只好表面上臣服，实际上还与后来的永历帝朱由榔(明神宗的孙子)有联系，不肯将军权和管辖权上交，而瞿式耜与隆武帝之间心存芥蒂，导致二人也不能互相信任，而广西也不能全力配合福建方面进行抗清。
这三股明争暗斗的阻碍势力，造成南明隆武帝的想法落空，后来直接导致南明隆武政权加速垮台，而南明最具恢复想法和实力的隆武帝只能含恨而终。
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