秦始皇虽然功绩显赫，却也落下了一个暴君的名号，他确实在某些方面是一个暴君的标准做派，焚书坑儒就是后世主要抨击他的地方。
秦始皇建政，视天下为刍狗，荒淫暴虐，民不聊生。特别是“焚书”事件，引起了读书人的强烈不满。有两个儒生，一个姓侯，一个姓卢，《史记》称之为侯生、卢生。这两个人私下议论说：“始皇为人，天性刚戾自用，灭诸侯，并天下，意得欲从，于是便自以为自古以来的圣贤谁也比不上他。
他高高在上，听不到批评之声，日益骄横;官员们为了讨好他，只能战战兢兢地说谎欺瞒。法律规定，方士之术不灵就要被处死。如今方士三百人，都是因为畏惧而献谀，谁也不敢指出始皇之过，天下之事无论大小皆取决于皇帝，他竟以秤来称量大臣们的上疏，大臣们呈上的疏奏(竹简)每天不足一百二十斤，谁也不能休息。像这样贪揽权势的人，我们不能为他求长生不死之药。”于是，二人相约而逃。
秦始皇听说侯生和卢生逃跑了，勃然大怒，说：“我对待卢生这些人不薄，赏赐甚厚，而他们居然在背后诽谤我，说我缺德。我曾派人去问这些在咸阳的儒生，有人告诉我，他们中有人妖言惑众，扰乱老百姓的思想。”于是，始皇命有关部门逮捕了一些散布“妖言”的读书人。这些人在严刑拷打之下，互相检举揭发，共“咬”出了四百六十多个诽谤过秦始皇的儒生。秦始皇一声令下，这四百六十多个儒生遂被活埋于咸阳。
这就是发生于公元前212年的“坑儒”事件。侯生与卢生本是受秦始皇之命寻仙求药的方术之士，还不能算是纯粹的儒生。他们的逃跑，可能是怕自己找不到仙药被追究，而他们评论秦始皇的话，却无不中的。嬴政由他二人的逃跑，而迁怒于咸阳的读书人，竟一口气活埋了四百六十多人。
关于坑儒之事还有一说：由于秦始皇把文字统一为大篆和隶字，“国人多诽谤怨恨”，秦始皇怕天下不从，于是广召儒士书生到咸阳，共召到七百余人，全拜之为郎官。然后，秦始皇密令亲信在骊山硎谷的温暖向阳之处种瓜，等瓜成熟后，正值冬天，乃使人上奏：“骊山竟然冬天长出瓜来了!”秦始皇令诸生前去察看，诸生到谷中之后，正在辩论不已，忽然上面土石俱下，遂皆被压死。骊山硎谷后来又叫“坑儒谷”，在汉代，这里叫“愍儒乡”。有人考证，坑儒谷在今陕西省临潼西南部五里处，是一个狭长幽深的山谷，实地很符合这个记载。
也有人认为，秦始皇骊山坑儒一事，其实就是咸阳坑儒的误记。因为“骊山坑儒”说仅见于东汉初年卫宏作的《诏定古文尚书序》，而且也没有注明出处。其余古籍，均无此记载。但是，卫宏是汉光武帝时的著名学者，是治学严谨的史学家、训诂学家。他在这篇序言中披露此事，以他的治学态度，应该不是信口开河。况且，《史记》记载的秦始皇咸阳坑儒与卫宏所记骊山坑儒在地点、人数、坑埋方式上都不同。如此说来，秦始皇之坑儒，至少有两次。
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