胡亥继位之后，对先皇任命的官员展开了史无前例的残酷清洗，不仅中央大臣，甚至地方基层官员都难逃毒手，这样做的结果就是朝廷无人可用，国家的统治根基动摇，亡国也就是迟早的事情了。
对大臣痛下杀手一直是中国历史中一个颇具划时代意义的举动：一朝天子一朝臣，这种内部大清洗一方面是为了保证新皇权威不会被挑战，另一方面则是为提拔自己的亲信腾出空间。但胡亥时期的屠杀动摇了国之根本，是因为他不仅屠杀了身在权力中心的大臣，甚至连身在地方的小臣子们也进行了清洗——没有区别对待，没有高低贵贱之分，只要你是始皇时期的臣子，你就洗净脖子，乖乖等着项上一刀就是了。
在大清洗开始以前，赵高的阵前动员必然是免不了的：“皇上啊，这些大臣与地方官都是先帝提拔的，他们对你的感情不深厚，留着他们始终是个祸患——将他们全杀了，再扶植您自己的人，他们便会绝对效忠您。这样一来，您的威信就提高了，您的皇位坐得就更稳了!”你看他似苦口婆心，你看他似忠臣铮铮，实则是在大秦原本就羸弱的机器上，再卸下一颗颗螺丝钉。
但秦二世可意识不到这些，一道道圣旨下去，一个个臣子死去，一时间无数人头落地。经过这次大清洗以后，秦朝初建时期的官员被屠杀得不剩几个了。
接下来，便是培植亲信的时间。
赵高将自己的亲信一个个地安进了秦朝的心脏地带，他的兄弟赵成升至中车府令，他的女婿阎乐是都城咸阳的县令，其他朝中要职也全部是赵高的党羽——这些新被提拔的官员的确感恩，只不过，他们感恩的对象是赵高，而非秦二世胡亥——赵高实际上将年轻无为又无识的胡亥当成了扩张自我权势的工具而已。
大杀戮以后，大臣之中再无敢劝谏与愿劝谏者，胡亥的政治才能之低在这一时刻体现得淋漓尽致——除了赵高，他没有任何亲信，让臣子之间相互制约的基本道理他都不懂，而一个有庞大野心的臣子永远都是导致王朝动荡的关键性因素。
此时，赵高又出言相劝：“天子之所以称贵，就是因为他高高在上、深居九重，只让群臣听其声，但不见其面。从前先皇在位时间长，群臣无不敬畏，所以即使每天与群臣见面，他们也不敢胡作非为、妄进邪说。现在陛下年轻又刚即位，对各类事情未必精通，若当场处理朝政，万一处置有误，便会被臣子抓住把柄，有损您的圣明。所以，您大可不必临朝与臣子相见，只管深居宫禁，其他事情由我和侍中来处理就行了。”
胡亥原本就没有治国之才，更没有治国之心，赵高的建议深合其意。于是，他从此深居宫中，每日饮酒作乐，对国家大事不闻不问。各地风云四起、动乱不断，他也丝毫不知，只听赵高时时报平安。一年多以后，胡亥完全被架空，成了傀儡皇帝。
对于傀儡的存在，赵高依然不放过——他的梦想是建立赵家天下。为此，他上演了一场“指鹿为马”的丑剧——直到这一天，胡亥才发现，自己已是身在危难之中，他再愚钝，也已经嗅到了空气中弥漫的血腥之气。
最后时刻终于到来。赵高的女婿阎乐与另一官员一同进入望夷宫，以箭射胡亥的帷帐。胡亥怒不可遏，他大声呼喊近侍，但却没有人上前格斗——此时，陪伴他的只有一名宦官。胡亥此时竟然还怪罪对方：“事情到了这种地步，你为什么不早告诉我?”宦官惶恐地回答：“我怎么敢说?正因为我不敢说，才能保全性命，若我说了，早就被您杀掉了，哪里还能活到今天!”
此时，阎乐走到胡亥跟前，数落他道：“您骄横放纵，滥杀无辜，所有人都背叛了您，您还是自行了断吧!”二世说：“我能见丞相吗?”
“不行!”
“我只想得到一个郡称王就行了。”
“不行!”
“让我做万户侯也行!”
“不行!”
“那我愿与自己的妻子儿女一起做普通百姓!”
落魄君王尤其可怜，但阎乐却丝毫不为所动：“我奉丞相之令，代天下百姓杀您，您再多说也无益处!”
随后，阎乐命其下属进攻，秦二世胡亥自杀。
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