光绪皇帝的妻子隆裕皇后是慈禧太后的内侄女(慈禧太后亲弟弟的女儿)。慈禧太后自己是咸丰皇帝的妃子出身，因此一定要自己娘家的人成为光绪皇帝的皇后。
在此之前，光绪皇帝一直都是很宠爱珍妃，并不喜欢这位隆裕皇后，但由于慈禧太后强迫进行指定的，光绪皇帝再不喜欢也只好勉强遵从。
光绪皇帝一直未能讨得慈禧太后的欢心，戊戌变法失败以后，被囚禁在瀛台，其实就是变成俘虏。
一天，在盛怒之中，光绪皇帝亲手把隆裕皇后的发簪摔得粉碎。那根簪子是乾隆时代的东西，很是珍贵，隆裕皇后十分伤心，跑到慈禧太后那里又诉又哭。慈禧太后没有说什么，只是命她移居到了别处。
从此以后，隆裕皇后和光绪皇帝分居，直到光绪皇帝去世。确切的时间已不可考，大概有十年之久。
隆裕皇后入宫以后，与光绪皇帝形同离异，而当时慈禧太后的权威又遮盖了一切，所以有关隆裕皇后的宫廷秘事，外间很少能打听到。
只有光绪皇帝被虐待的惨状，经常传闻于外。
其中有两件事，据说是宫中的一名电工偷偷传出来的，可谓骇人听闻。
一天，北京城内一家牙医诊所里来了一个人，拿着一枚刚刚落下的牙齿要牙医镶配。医生回答，不面见落齿之人，根本无法镶配。此人便带着牙医入宫，走到宫中一个极深极远的处所。只见一个男子穿着蓝布袍，独自坐在椅上，面色惨黑，脸上的痛苦之状，令人不堪卒睹。他的嘴唇和牙齿上还浸着血。牙医为他镶好牙，出宫而去。开始，牙医以为那人不过是一名太监。
第二天，那个引他入宫的人又来到诊所，对他说：“昨天镶的牙很好，今天已经不感觉痛苦。命我给您一个荷包和四两银子。”
牙医道谢后收下。
又过了一天，另外一人慌慌张张地来到诊所，问牙医说：“几天前你是否入宫为人镶牙?带你进宫的就是我的哥哥。今天已经为此事遭了大祸，被打杀了!尸体就扔在那里，连买棺材的钱都没有。怎么办，怎么办?"
说完，痛哭失声。
牙医这才知道，那天的病人就是当今皇上。
他的牙齿，自然是被慈禧太后打落的。后来慈禧太后又迁怒那个私自带医生进宫为光绪皇帝止痛的太监，一怒之下，将其处死。
还有一次，光绪皇帝到慈禧太后宫中请安。
慈禧太后正在吃汤圆，便问光绪皇帝吃过饭没有。光绪皇帝不敢说已经吃过，只好跪下回答还没有。慈禧太后随即赏给光绪皇帝汤圆若干枚。光绪皇帝勉强吃完了，慈禧太后又问他吃饱没有，光绪皇帝不敢说已经吃饱，又回答没有。慈禧又赏他再吃。如此四次。光绪皇帝腹中鼓胀，再也吃不下了，只好把汤圆藏在衣袖里。回来以后，袖中满是汤圆，汤水淋漓，流得满身都是，便命小太监找一件衣服为他更换。可是，光绪皇帝的其他衣服全都被慈禧搜走了，此时根本无衣可换。只好忍受龌龊之苦。后来，太监设法在外面找了一件衣服，才把身上的脏衣服换了下来。
溥伦有一次入宫晋见慈禧太后，遇到她正在用膳，也遭遇了同光绪皇帝一模一样的窘况。回家以后，腹胀气塞，大病一场，躺了四十多天才好。因为慈禧太后食量极大，如果她赏赐臣子吃饭而遭到谢绝，必定雷霆震怒，后果可想而知。
光绪皇帝受到慈禧太后的虐待，不能同臣下交谈，即使是近支王公也无人胆敢私自谒见。极度寂寞中的光绪皇帝渴望与人交流，便秘密置办了一个小箱子放在南书房中，私下与他的弟弟醇亲王通信，彼此在书面交谈，小箱子的钥匙一人一把，外人不能打开。书信的内容都是外面的琐碎消息。后来此事被慈禧太后得知，也遭禁止。
从此之后，光绪皇帝连“笔谈”的自由也被剥夺了。
光绪皇帝去世以后，有人看到过他病室中极其简陋的陈设：只有一张大床，室内安放着一只北京常见的泥火炉，板壁上裱糊的墙纸已经破碎霉烂，同北京下等老百姓的居室没有什么两样。
其实到了1900年，慈禧太后已经有了要换光绪皇帝的打算。
1900年，八国联军攻打北京城的时候，慈禧太后就害怕得不得了，心急如焚，生怕西洋大兵打到她的老窝，把自己这位大清国太后给活抓了。
想来想去，慈禧太后还是命人先整理准备好逃跑的行装，听旨再动身。
这一天，一个宫中小太监急急忙忙报告慈禧太后：西洋大兵已打进城区了。慈禧太后一听，慌忙回到寝宫，脱下旗人的装束，并叫李莲英帮她梳上汉妇的头型，穿上汉妇的蓝色布衫，同时又叫光绪皇帝、大阿哥，还有隆裕皇后、瑾妃，全部改换行头，装扮成村民村姑模样，又命人找来三辆老百姓平常用的骡子车，牵来宫中，这就动身逃难去了。
接着慈禧太后对众妃嫔说：“你们就不必随去，管住宫内要紧!”
又命令崔玉贵到冷宫，把珍妃带过来。珍妃被带到慈禧太后前，磕头请安。慈禧太后说自己与光绪皇帝就要离开京城了，本想带上珍妃，但现在国家到了危急存亡之际，兵荒马乱的，万一出了什么事，丢了皇家的体面，对不住列祖列宗，所以让珍妃还是自裁吧。
珍妃到这里来，自知自己必然被害，便说：“陛下应该留京。”
慈禧太后压根就不想听珍妃说话，直接大声喊道：“你眼前已是要死的人，还说什么?"
便喝令大太监崔玉贵快把她撵出去，立马让珍妃自裁。光绪皇帝见这情形，心中如刀割一般，急忙跪下哀求。
慈禧太后却道：“起来，现在西洋大兵就要打过来了，不是讲情面的时候，让她就地自裁吧，这样才能惩戒那些不孝的孩子们，并叫那鸱枭看看，羽毛还没有丰满，就想啄他母亲的眼睛。”
光绪皇帝转头一看，见珍妃还是向光绪皇帝还顾，泪眼莹莹，他跪下哀求，惨不忍睹。珍妃明白皇帝救不了她，便转过头来央求李莲英救她。
这时慈禧太后急了，直接对大太监崔玉贵说：“你愣着干啥，还不赶紧下手?赶快把她扔到井里面去!”
崔玉贵便牵出珍妃，狠命地把她推到井里，下井前她挣扎了一番，最后头冲下，倒栽了下去。
不到一刻，崔玉贵回报，已将珍妃推入井中。光绪皇帝吓得浑身乱抖。
当马车徐徐西行的时候，他不由得潸然泪下。
珍妃的死对光绪皇帝的打击是巨大的，从此他对一切都失去信心，活着不过等死罢了。
那是1874年，19岁的同治皇帝病死，慈禧太后再度垂帘听政，把持朝政，并立年龄只有4岁的载湉(醇亲王之子)为新皇帝(载湉就是光绪帝)。
光绪皇帝虽然5岁就当上了皇帝，但是很显然，朝堂实权并不在光绪皇帝手上，而是仍掌控在慈禧太后手里。
幼小的光绪皇帝自进宫之日起就失去了童年的欢乐。醉心于弄权施政的慈禧西太后根本就不顾及年幼的光绪皇帝。长期饮食失调，缺乏悉心照料，造成光绪皇帝从小就心情抑郁，精神不快，身体积弱，难以抵御疾病的侵袭。
相关史料中曾有这样的记述：“载湉自十余龄，虽为天子，曾不及一孤儿，后之患痼疾，而由少时衣食不节使然。"
光绪皇帝登基长达十五年后，慈禧太后虽然假托“撤帘归政“，却仍然握着政令，掌握着对大臣的任免权。
1898年，光绪皇帝大婚，迫于“祖制”，慈禧撤帘归政，自己名义上退居颐和园去“颐养天年”。
这时虽然说还在所谓“同治中兴"时代的尾巴里，但已经又一次进入了多事之秋，那时的中国在甲午战争中被日本打败，饱受列强欺凌。
年轻的光绪皇帝面对内忧外患，毅然采取了康有为和梁启超的维新变法主张，满腔热枕地去接受改良思想，力求富国强兵，振兴朝政，大力推行变法。
从1898年6月11日起，光绪皇帝宣布变法，颁布“定国事”诏书等数百道改革诏令。这就是历史上著名的“百日维新”。
除去亲政，更使光绪皇帝高兴的是得到一位红颜知己。
根据宫廷中现存的照片来看，珍妃虽然长得不是很漂亮，但是五官清秀，神态端庄，远比隆裕皇后好看的多。另外根据相关史料记载，珍妃性格开朗，善解人意，敢作敢为，而且才华横溢，擅长书画、下棋，还能双手写出梅花篆字。
珍妃13岁入宫后，见光绪皇帝一直在慈禧太后疾言厉色下生活，思想上受压抑，政治上被歧视，行动不得自由，内心是极度的苦闷与烦恼。于是，便千方百计地宽慰他。这对于心情一直阴郁的光绪皇帝，无疑是吹来一股清新的风。
久而久之，光绪皇帝便将她视为红颜知己。珍妃穿帝服扮光绪皇帝在宫中行走，也时常穿太监服玩闹，常陪光绪皇帝在养心殿办公，对宫廷内规很是藐视，并支持光绪皇帝亲掌政权，却遭慈禧太后嫉恨。
但此时的慈禧太后年已五十有三，掌权已有二十年，权欲之心与日俱增，哪肯甘心退休赋闲。
戊戌年间，光绪皇帝裁撤了一些无用衙门和昏庸老臣。慈禧太后径调荣禄任直隶总督，于是双方矛盾趋于激化。
慈禧太后在宫廷内外布满心腹，以牵制光绪皇帝的行动，并密谋在九月初五那天挟持光绪皇都去天津阅兵，企图废帝，将维新派一网打尽。
光绪皇帝随即密召大臣袁世凯，委以重托，派他去天津刺杀荣禄，并准备将慈禧太后囚禁。
结果袁世凯到天津后随即向荣禄告密，投靠慈禧太后，并与荣禄回师入京。
慈禧太后重新开始垂帘听政，她利用强大的保守势力发动“戊戌政变”，下令捉拿所有维新派领军人物。
推行百日的戊戌变法最终在顽固派的疯狂镇压下宣告失败，谭嗣同等六位维新志士在菜市口被斩杀示众，康有为和梁启超被通缉，光绪皇帝囚禁于四面环水的瀛台。珍妃也被打入冷宫，吃的是下人的饭，平常不能与人说话，逢年过节，慈禧太后还要打发太监来训斥她，就这样，珍妃在此生活了三年。
从此，光绪皇帝失去了政治权力，也失去了人身自由，过起了以泪洗面的日子，他曾长叹：“吾连汉献帝也不如也!”
政治上的失意，精神上的孤寂无助，使光绪皇帝在急怒惊心的处境下，终于精神崩溃，旧病复发，就此再也未能康复。
为了防止光绪皇帝与外界联络，慈禧太后命令将围墙加修成双层。
光绪皇帝所在的水中岛屿瀛台通往勤政殿的桥都被铺设为活动式拱桥，随时可以用，随时可以拆，桥端还专门设有慈禧太后亲信太监的监视房。在这样严密的监视下，光绪皇帝只能偶尔靠着一只小船前往珍妃的冷宫进行短时间的探视。两人相见后也只能相对无言，执手呜咽。
珍妃一直都在劝勉光绪皇帝保重身体，隐忍养晦，来日再展宏图。
光绪皇帝被多方凌辱折磨。起初慈禧太后有加以谋害之意。尔后又想进行废立之举。
光绪皇帝也知其险恶用心，日夜惊扰而又无可奈何，只能提心吊胆，任人处置，坐以待毙。光绪虽然贵为皇帝，为了与珍妃短暂的见上一面，有时候不得不在深更半夜由自己的心腹太监冒死拉着小船偷渡到宫廷其他地方。
光绪皇帝就在这样的囚禁岛屿上度过了整整十年。
他在凄凉中度日如年，导致他的健康每况愈下，最后心力交瘁，终于在1906年病情恶化。
其实精神上的原因——尤其与珍妃从两情相悦到天人殊途——使光绪皇帝失去了生活的兴趣。
光绪三十四年春，光绪皇帝已病入膏肓，御医曹元恒就在医案中这样写道：“肝肾阴虚，脾阳不足，气血亏损，治疗上已寒凉及温燥药均不能用。”
此时的光绪皇帝已患有严重的神经官能症、关节炎，甚至血液中也出现了大毛病。
为此，光绪皇帝本人也十分焦躁，十分绝望，多次斥责御医不学无术，无能，处方草率。
到了光绪三十四年十月十七日，光绪皇帝的病情进一步恶化，进入最危急的阶段，先后出现心肺衰竭的无解症状。
十月二十一日子刻，光绪皇帝四肢发冷，双目上翻，牙齿紧闭，气息微弱，进入到了弥留状态;
午刻十分，光绪皇帝的脉博和气息已经变得若有若无;
酉刻，带着满腔抱负、身体上饱受病痛折磨、带着对世间的爱与怨，年仅38岁的光绪皇帝走完了他短暂凄惨的一生，“崩于瀛台之涵元殿"。
就在他死去的第二天下午，他的母后兼政敌——操纵清朝政权多达半个世纪之久的慈禧太后，也病死于中南海的仪銮殿内，年终74岁。
光绪皇帝与慈禧太后在不到二十四小时之内相继谢世，鉴于他们二人生前的关系又是如此对立和微妙。消息传出，中外惊愕。
顿时成为当时中外的要闻，各种评论和猜测，也随之而起。
由于光绪皇帝生前的悲惨遭遇，世人对光绪皇帝的悲惨一生寄予了无限同情，许多人都怀疑他是被谋害而死的。
至于光绪帝究竟是被谁所害，以及如何被谋害而死的具体情节，则又传说各异，莫衷一是。
历史的秘密就这样留给了后人;难道真是慈禧太后害死了光绪皇帝?
舆论认为，慈禧太后自知将不久于人世，为避免光绪皇帝他日再掌朝政，于是命人将光绪皇帝先行谋毙。
年纪轻轻的光绪皇帝反而死在年迈体衰的慈禧太后前面，而且只差一天，这不是巧合，而是处心积虑的谋害。
于是，光绪被人谋害致死的种种说法便传开了。
徐坷所编的《清稗类钞》等书中认为，慈禧太后在临死之前，自知即将不行了，不愿她的政敌——光绪皇帝在她死后再掌朝政，于是令人将光绪皇帝先行谋毙。
持这种说法的，还有恽毓鼎所撰的《崇陵传信录》。《崇陵传信录》中写道：西太后病重时，有人告诉她，说光绪帝很高兴，于是慈禧大怒曰：“我不能先尔死”，光绪于是被害死。
还有一种说法认为，清宫大太监李太后莲英等人平日里仗着主子慈禧的权势，经常中伤和愚弄光绪皇帝，他们深恐慈禧太后死后光绪皇帝重新主政对自己不利，所以先下手为强，在慈禧太后将死之前，先将光绪皇帝害死。比如《清室外记》中曾谓：“皇帝殡天之情形及其得病之由，外人无由详知，惟藏于李莲英辈之心中。”
持这种说法的，还有英国人普兰德·白克豪斯的《慈禧外记》及德龄的《瀛台泣血记》，传播也十分广泛。
清朝末年曾在宫中担任过两年女官的德龄女士，在所著的《瀛台泣血记》一书中，更十分肯定是“万恶的李莲英眼看太后寿命已经不久，自己的靠山快要发生问题了，便暗自着急起来。”据德龄的记载，光绪帝之死，是李莲英下毒手所为。
还有人认为，光绪帝之死与袁世凯有关。末代皇帝溥仪在《我的前半生》一书中提到，袁世凯在戊戌变法中背信弃义，导致光绪帝被囚，袁担心一旦慈禧死去，光绪决不会轻饶了他，所以叫李长安的老太监说起光绪之死的疑案。照他说，光绪在死的前借进药的机会暗中下毒，将光绪毒死。
还有的人，虽不能肯定是谁害死光绪皇帝的，但却肯定地说光绪皇帝确是被害而死的。曾经是清宫御医的屈桂庭，曾在《逸经》杂志第二十九期上发表文章说，他过去曾亲自为光绪皇帝治过病。他说在光绪皇帝临死的前三天，他最后一次进宫为光绪皇帝看病，发现光绪皇帝突然腹部剧痛，他认为“此系与前病绝少关系”。三天之后，光绪皇帝就去世了。他的这篇文章，在当时影响很大。
由于有了上述种种传闻，就使光绪皇帝之死成为晚清历史上的一大奇案。
因为这一奇案是发生在皇宫内廷，人们无法知道它的真实内幕，所以数十年来这一秘案始终悬而不决。正如《清室外纪》一书所说：“皇帝殡天之情形及其得病之由，外人无由详知......关于太后、皇帝同时而崩，北京城中，人言人殊，然欲查其原因，则实毫无线索。”
光绪皇帝到底是怎么死的，1980年，清西陵文物管理处在清理崇陵地宫时，发现光绪遗体完整，体长一点六四米，无刀器伤痕;通过化验颈椎和头发，也没发现有中毒迹象。
这也与原来很多的清史档案专家的分析判断相吻合。那时候就认为：光绪帝确实是由于长期多系统的慢性消耗疾病，最后体力衰竭而死，并不是他人所毒死。
在中国第一历史档案馆所藏的清宫档案中，已发现了大量的光绪皇帝的病案。既有当年御医为光绪皇帝诊病用药的原始病历、也有光绪皇帝本人口述或亲书病史病状的“病原"，尤其是光绪皇帝临死前半年的“脉案”保存得相当完整。
光绪皇帝成人后又遭受慈禧太后严酷的政治打击，特别是看到心爱的珍妃被慈禧太后下令推入井中害死而自己无法能挽救后，精神彻底崩溃，旧病复发，日趋严重，再也无法康复。
但在2008年，北京法医鉴定中心、清西陵文物管理处等相关专家重新对光绪皇帝死因进行鉴定，历时五年，用先进的仪器和技术对光绪皇帝的头发、衣物表面附着物及墓内外环境样品进行反复的检验和研究，最终得出光绪皇帝系死于急性肠胃型砒霜中毒，而最大的嫌疑对象便是慈禧太后。
光绪皇帝之案从此再次被翻案。
但十几年过去了，很多学者和专家依然不同意以上的光绪皇帝被害身亡的说法，因为里面依然是迷雾重重，因为还有很多内幕没有被揭破。
总之，光绪皇帝猝死已成中国历史一大奇案。
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