公元1644年，闯王李自成率军队攻破了北京城的大门，北京城内的硝烟四起也宣告了那个存在了276年的大明王朝的覆灭。国破家亡之际，明思宗崇祯帝留下了一句“天子守国门，君王死社稷”的遗言，随后在煤山上吊自缢，大明朝最后一位正统皇帝就此陨落。
据《明史.诸王传》记载，崇祯帝一生共有七子，其中除了皇太子朱慈烺、定王朱慈炯、永王朱慈炤(朱慈焕)三人外，其余四个儿子全部早夭。
闯王军队破城之日，绝望的崇祯帝亲手杀了自己的两个女儿，但是他为了能给朱氏宗族留下一丝香火，便没有对自己的儿子们痛下杀手。他将三个儿子叫到自己跟前，嘱咐他们换上平民百姓的衣服，由贴身太监小毛子护送至北京城外。就在三子临行之际，崇祯望着他们说道：“一旦来日有了机会，你们定要承担复国大业。”
可惜崇祯帝美好的愿望终究化作了泡沫，他三个逃出生天的儿子并没有承担复国雪耻的重任，而是在甲申之变后从此销声匿迹，人间蒸发了。崇祯十七年四月，清军入关。强烈的民族归属感与民族自豪感让不少中原汉人生出了“反清复明”的野心。
此时人们想起了当年在甲申之变后便销声匿迹的三个前朝皇子，这三个皇子虽然多年来不知踪迹，但是可以肯定的是，崇祯帝的这三个儿子的确都还活着。于是在康熙年间，全国各地发生了数十起以“朱三太子”为旗号的反清叛乱。
康熙十二年，平西王吴三桂举兵反清，并声称要“扶持朱三太子上位”，此言一出全国各地的“朱三太子”们再也压抑不住内心的狂热，纷纷起事响应号召。其中以北京城内的大混混杨起隆最为狂热。
康熙十二年十二月，杨起隆自称“朱三太子”，以“反清复明”的名义勾结了北京城内的游民与八旗叛奴，组成了近千人的队伍，这些“乌合之众”计划在京城内放火举事，可最终这次“恐怖袭击”因消息泄露而宣告破产，有数千人因此事而惨遭株连。
虽然这次恐怖袭击被扼杀在了摇篮之中，但其主犯杨起隆却逃出生天不知去向，于是大清朝廷将杨起隆定义为“首逆”，在全国范围内搜捕此人。
康熙十五年，虽搜捕了杨起隆三年之久，但是清朝政府却连杨起隆一丁点的蛛丝马迹也没有得到，就在众人一筹莫展之际，在帝国陕西汉中，又一个“朱三太子”横空出世了。
清朝迅速派兵将这股势力围剿，最终经过查证这个“朱三太子”是假冒的，此人是之前杨起隆的旧部，得知真相后康熙命令将其处死。
康熙十七年，在福建地区又有人以“朱三太子”的名号起兵造反了。这一次这个“朱三太子”还颇有实力，手下坐拥军队一万余人，并且与身在台湾的郑经有所勾结。康熙十七年三月十九日，清军以重兵将这股势力击败与天宝山一代，但假冒“朱三太子”的叛军首领蔡寅却逃回台湾，在此后的数年里，蔡寅配合台湾郑经的部队多次袭扰清朝军队，给大清王朝带来了不小的麻烦。
康熙四十八年，在浙江大岚山等地有多股力量宣称要拥立朱三太子起事。清廷迅速派兵将这股势力平叛，并且捉住了首犯张念一。根据张念一的供词，清政府在是年四月成功捉到了“真正的朱三太子”王士元。根据王士元本人供述，他是崇祯帝四子，本名朱慈焕，在甲申之乱后就四处流亡，后的王姓家主收留遂改姓王，被捕时王士元以75岁，与浙江谋反的势力并无关系。但是最终大清朝廷仍然以“伪冒明裔”的罪名将其凌迟处死。
在此后以“朱三太子”名义四处作乱的事情时有发生，一直延续到雍正时期才渐渐平息。(如果此时朱三太子还活着，应该已经超过百岁，不符合人类寿命的常识，所以才渐渐平息)
为什么一个普普通通的前朝皇子能够成为呢?
其主要原因还是因为大清王朝一直没有公开地承认过“朱三太子”的身份，根据史料记载，康熙四十八年被捕的王士元极有可能是真正的“朱三太子”，但是满清朝廷为了斩草除根将其以假冒前朝皇子的罪名处死了，这也导致了广大的人民群众仍然认为“朱三太子”依旧存活于世，所以假冒朱三太子造反的人才会“络绎不绝”、“前赴后继”，一直持续到雍正时期。
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