《我的巴比伦恋人》大结局陈美如穿着白色裙子很开心赴约，她想好了愿意献祭自己让慕容杰伦、欧阳文山、九天龙女回到自己的国度，他们在巫山许下了一夫一妻白首不离的誓言，陈美如闭上眼迎接属于自己的命运，然而慕容王子却将利刃刺向了自己，原来如果慕容王子够爱陈美如，那么他的血也可以打开通道，他选择牺牲自己，而欧阳文山选择背叛Sin和慕容合作，因为姜蕙真很在乎陈美如，他宁愿他们消失回不去故乡也不想让姜蕙真难过。
之后慕容王子的血带着他们回到了巴比伦，慕容成为新一代的王，欧阳文山决定跟随，两人真正成为挚友(鳏夫思念恋人的共同语言)，九天龙女被放出水牢浪迹天涯犹如行尸走肉，现代的时间线转到一年后，陈美如巴黎散心找到了慕容王子的痕迹。原来慕容王子便是古巴比伦的汉谟拉比，就像周杰伦的歌词一样“我给你的爱写在西元前”，慕容王子将他们白首不离的誓言刻在黑色的玄武岩，如今依旧清晰可见，而陈美如也遇见了和慕容长得一样的人。
看到这样的剧情，很多观众猜测这可能是慕容王子回来了，就像很多穿越剧那样，在现代重逢，《我的巴比伦恋人》这部剧的结局会是HE，但面馆发生的一切告诉观众不是这样的。在面馆中陈美如又遇见了和慕容长得一样的机长，但是机长没有认出陈美如态度还很差，陈美如卑微求问笔记本，对方直接走了，说到底这对还是BE了。不过也有人说是开放性结局，可能之后陈美如还是会和机长在一起，在番外篇中机长想要租居委会大妈的房子，两人看起来有机会。
同样be的还有欧阳文山和姜蕙真，二舅寄给她的一个快递，是他们恋爱时一起看星星图案打造的面具，只有他们知道的信号，欧阳文山跋山涉水来中国埋下只为姜蕙真可以看到。姜蕙真之前一副早就走出伤痛开启新生活的样子，但还是因为这个面具破防了，带着陈美如来到星空下，说自己不让她提起慕容是因为自己不敢想起欧阳文山。不过就和机长出现一样，也有一个像欧阳文山的人出现了，居委会大妈的儿子妈宝男，似乎和姜蕙真会成为欢喜冤家。
所以看了番外后不少人觉得这部剧是He了，但更多的人觉得还是BE了，毕竟没有记忆的机长也不是那个慕容了，欧阳文山连性格都变了，不过就是长得一样的人，不过是替身而已，他们再也不是那个人，真正HE的是段水流和九天龙女。在段水流被Sin干掉之后，独自回到巴比伦的九天龙女哀莫大于心死，一个人行走，还以为九天龙女的结局就像小说一样“终失所爱孤苦余生”同样BE了，但最后段水流出现了，原来他跟着法杖一起穿越了，找到了九天龙女。
段水流和九天龙女的HE，很好，但也很不好，因为九天龙女值得，而段水流不值得，同时有一种讽刺感。陈美如因为日记的事情被折磨了12年，因为遇到慕容才开始慢慢和小时候的自己和解，结果一朝回到解放前，痛失所爱的她又要如何走出伤痛，遇见一个长得像的机长就可以吗?透过一个人想着另外一个人?还有姜蕙真，看似潇洒敢爱敢恨，但失去欧阳文山也是她走不出的伤痛，认识一个截然不同的妈宝男就可以吗?而段水流又凭什么幸福呢?
12岁的陈美如因为日记本被嘲笑，姜蕙真被说带坏陈美如，而段水流呢?小时候校园霸凌的参与者，长大后因为封号跑到陈美如公司责骂陈美如，戳陈美如的伤疤，还把气撒在陈美如身上，因为小说日记九天龙女的结局不好，因为当时以为九天龙女是纸片人，但没有陈美如，他也遇不到九天龙女。所以这部剧结局还挺讽刺的，两个小女孩写出的小说日记，被折磨了12年后又有了别的伤痛，只为成全一个男人追到他的梦中情人。
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