仔细研究历史，我们就会发现，不是忽必烈没能阻止蒙古的分裂，而恰恰是忽必烈造成了蒙古的分裂。为什么这么说呢?
早在蒙哥当大汗的时候，忽必烈就已经在蒙古内部制造了分裂的迹象。
那时候，蒙哥让忽必烈总理漠南。所谓总理漠南，其实就是打理已经占领的金国的土地，为继续侵略南宋做准备。
忽必烈为了实现这个目的，大肆招募汉人知识分子，包括姚枢、刘秉忠、廉希宪等人(当然了，也不能说这些汉人知识分子就是汉奸，因为他们都是金国人，是金国里面的汉人。那时候，金国已经被蒙古给灭了)。这些汉人知识分子当时给忽必烈提了一个建议：如果想要征服南宋，首先要征服南宋老百姓的心。而要征服南宋老百姓的心，最好的办法就是要汉化。
忽必烈认为这个办法非常好，于是从政治、经济、文化，包括日常生活各方面，都实施了一系列的汉化措施。这种汉化措施的效果非常好，不但经济得到了发展，税收得到了很大的增加，忽必烈也获得了开明王爷的名声，得到了极大的拥护，获得了很大一批人才。
但是，这件事在蒙古本土内部，却引起了极大的非议。蒙古本土很多贵族是非常保守的，他们固执地认为，应该恪守蒙古人的传统文化，维护蒙古人的纲常礼仪，所以他们对忽必烈的做法有很大意见。同时，忽必烈搞的这种“一个国家，两种制度”，让那些蒙古贵族们认为，忽必烈这是在另立中央，差不多也就是要造反的意思。于是他们纷纷在蒙哥面前弹劾忽必烈，让蒙哥收拾忽必烈。
蒙哥听了，也对忽必烈产生了怀疑，于是做了一件事儿：查忽必烈的账务。当时这个称为“钩考”。因为漠南收起来的税，很大一部分是要上交中央的，所以就看忽必烈有没有截留。
忽必烈当然有截留。为了帮忽必烈蒙混过关，避免忽必烈被蒙哥惩罚，忽必烈的手下都纷纷把责任揽在自己头下。蒙哥惩罚了忽必烈的手下人，同时剥夺了忽必烈的权利，不让他再总理漠南，让他当了一个在家赋闲的富家翁。
可以说，从那一刻起，忽必烈已经跟蒙古本土的很多贵族，结下了梁子。
后来蒙哥发动南侵南宋的行动。一开始，他并没有让忽必烈参加。但是，在攻打中原的中路进攻中，其他将领都打得不好。因此。蒙哥又让忽必烈重新统领兵权。
再后来，蒙哥在进攻南宋四川钓鱼城的时候，突然被打死。
大汗死了，议立新的大汗，就成了蒙古的一件大事。这时候，国内本土的蒙古贵族们，几乎一致认为，应该让蒙哥最小的兄弟阿里不哥当大汗。他们的理由有这几点：
一是阿里不哥是拖雷的幼子(嫡子中的幼子)，蒙古本来有“幼子守灶”的传统，也就是说，立作为幼子的阿里不哥是理所当然的。二是蒙哥、忽必烈，包括旭烈兀出征的时候，在国内主政的本来就是阿里不哥。阿里不哥继续主政，也是理所当然的。三是阿里不哥是恪守蒙古传统的人，这样的人当大汗，蒙古贵族们放心。
有这三点理由，阿里不哥理所当然被推起来，当了大汗。
不过这件事情却遭到了忽必烈的极大不满，忽必烈算得上是蒙哥兄弟中，势力最大的一个。于是他把军队从南宋撤回来，率军往北，攻打阿里不哥。
建元大都
当然了，光是这样打还不行，他必须要获得大家的拥护。但是，蒙古本土的贵族们都没有拥护他的，包括三大汗国(金帐汗国，窝阔台汗国，察合台汗国)都不拥护他。唯一态度模糊的，是正在西亚西征的他的三弟旭烈兀。于是忽必烈积极争取旭烈兀的支持，旭烈兀观望了一阵，最后选择支持忽必烈。
这场仗，忽必烈打赢了。但是他和蒙古本土贵族们也彻底决裂了。尤其是三大汗国，他们也趁机不再听从忽必烈的指挥。忽必烈在这种情况下，也只好听之任之。虽然表面上没有承认三大汗国的独立，但这三大汗国实际上已经独立出去了。
对于唯一支持他的三弟旭烈兀，他当然也不会干涉他，任他建立伊尔汗国。
如此一来，整个蒙古大帝国，就分成了蒙古本土(元)和四大汗国五部分了。
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