1645年，大顺军到达湖北通城九宫山麓时，李自成率轻骑20余人登山探路，被当地民兵武装姜大眼杀死，尸首秘密埋葬。李自成战死后，农民军悲怒交集，立即扫荡九宫山区，对当地民众予以报复性打击。
由于，闯王死的十分仓促，临终前未对身后事做出安排，所以，东西两路大顺军瞬间陷入群龙无首的局面。随着大顺军中的大将刘宗敏战死沙场、牛金星叛变，大顺军的形势岌岌可危，李自成一死，农民军树倒猢狲散。
此后，明、清双方对大顺残党开展怀柔政策，开始收编这些无主的军队。
东路农民军的去向：当李自成战死的消息传到东路大顺军时，将士们立即变成了无头苍蝇，士气大衰。当时东路军中的首领田见秀、郝摇旗、王进才、张鼎等人水火不容，每个人都有属于自己的党羽，各自手握两三万的人马。
虽说，东路军的总人数多达二十一万，但是，他们缺乏主将的指挥，将领之间又互不心服。为了逃过清军的围剿，东路将领们达成共识，集结所有军队转向湖南地区。当时，明朝担任湖广总督的是位于长沙的何腾蛟，而清朝担任湖广总督的佟养则远在武昌。
东路大顺军撤到河南后，何腾蛟将他们当做一伙流寇处理，草率出兵剿杀，结果，却败在农民军手上，侥幸逃脱的明军，对何腾蛟如此形容到：“我们看到了闯贼的旗帜，而且，他们的人漫山遍野，铺天盖地。”
经此一战，何腾蛟手中可用的兵力已不足两万，若要与农民军决战无疑是螳臂当车。何腾蛟十分惊恐，谁知此时农民军竟主动与何腾蛟示好，想要与明军联手解决掉盘踞在湖广地区的清军。同年七月，双方达成共识，缔结盟约，准备联手抗清。但可惜的是，明朝遗臣始终抱着传统的偏见，何腾蛟对大顺军缺乏信任，始终未能如约为农民军提供军饷和补给。就在此时，清军已将中原的八旗军队撤回北方，湖广地区的英亲王也回到北京避暑，此时，驻扎在湖广地区的清军只有佟养一支。
这支军队虽有三万人，但是，其中大部分是明朝降军，里面只有七千名清军。这时光复湖广地区的绝佳良机，可惜，何腾蛟并未看透这一点，反而让清廷占据了先手。佟养以不需剃发作为诱饵，将湖南地区的大顺军骗到湖北。
结果就是，除了王进才和郝摇旗这两支大顺军仍然进行抗清活动外，其余将领带走了一半的农民军转投清廷，十万名大顺军就这样沦为满清的走狗。至此，东路大顺军已名存实亡，明清双方在南方的实力对比立即发生了翻天覆地的扭转。
西路农民军的去向：李自成去世后，驻扎在陕北和宁夏地区的大顺军失去了主心骨，为了与敌人周旋只能选择南撤，这支南撤的大顺军就是西路军。为了避免被明清剿杀，西路军选择前往两湖地区与东路军汇合，谁知，西路军在前往两湖地区的过程中，先后迎来六批清廷的使者。
清廷对西路军伸出橄榄枝，希望他们为满清效力。西路军的将领李锦和高一功严守底线，坚决不与满人合作，他们拒绝向清廷投降，反而，选择与南明联手抗清。虽说，西军的兵力不如东军，但也有十五万之众，还是一支战斗力非常可观的队伍。面对西路大顺军的投效，位于福建的南明朝廷吵翻了天，两派大臣执不同意见争得不可开交，许多迂腐的文臣说道：“李贼破北京，罪不可赦，其同党岂可封拜?”此时，正值国家危亡之际，这些文臣只看到贼兵作乱，丝毫不考虑盘踞在北方的外虏。
所幸，隆武帝目光如炬，及时在内忧与外患中做出取舍，下令将西军统帅李锦为兴国侯，并赐名李赤心，副将高一功改名为高必正。在隆武帝的英明神武下，这支西路大顺军成功转化为南明忠贞营，保家卫国。既然选择了南明，自然要与满清势不两立。1646年初，南明朝廷决定兵分两路收复湖北，由何腾蛟率领明军进攻武昌，另一位明朝大臣堵胤锡率领刚刚成立的忠贞营奇袭荆州，按照约定双方在打下城池后前往长江北岸会师。可惜的是，虽然，何腾蛟对南明忠心耿耿，但他带兵打仗的水平非常糟糕。
他在行军过程中遇到一伙逃兵，听闻“满洲大军已到”，何腾蛟当即下令全军撤退。可笑的是，这支“满洲大军”仅有两千人，他们未遭遇任何明军抵抗，顺利接管了军事重地岳州。随着何腾蛟的撤退，忠贞营独木难支，毫不知情的忠贞营将士被身后出现的清军偷袭死伤惨重。虽然，何腾蛟被俘后坚贞不屈，保持了民族气节，但纵观他的一生却是成事不足，败事有余。弘光时期他受制于左良玉，无所作为。隆武时期，他伙同湖北巡抚章旷排挤大顺军余部，收罗一批散兵游勇充当嫡系，又无将将之能，造成刘承胤、曹志建、黄朝宣等割据跋扈的局面。
甚至，连隆武帝遇难他也负有不可推卸的责任。反攻湖南胜利之际，他作为全军统帅的他却私心自用，唆使郝永忠偷袭反正来归的陈友龙部，挑起明军自相残杀给清军以喘息之机;又调走围攻长沙的忠贞营，一手断送了复湘援赣的战略大局，卒至以身予敌。
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