明朝在平定云南之后就根据云南少数民族的特点，在广大少数民族地区实行土司制度，并不断的使之完善。可是随着社会的不断发展和进步，土司制度的弊端越来越明显，已经不再适合边疆少数民族地区的发展和中央的统治了。它虽然在历史上起过有益的作用，但是本身这一制度就有不少的弊端。
土司统治下，土司世官其土，世有其民，对所属人民有生杀予夺的权力，“主仆之分，百世不移”。土司统治下，人民生活艰难，同时也严重的阻碍了社会经济的发展。土司之间，土司内部也时常斗争，相互抢劫村寨，滥杀无辜，使人民遭殃，影响了边疆的稳定。土司拥有自己的武装，他们利用自己的兵丁镇压当地人民，抗命朝廷，叛乱不绝。土司制度的长期存在，不利于国家的统一。随着历史的发展，土司制度的落后性与弊端日益突出。废除土司制度已成为历史发展的必然。
于是，在明朝末年的时候，在一些条件比较成熟的地方首先就废除了土司，改以流官取代土官，实行改土归流。
但是，有目的、有计划的大规模的改土归流主要是发生在清代雍正年间，主持西南改土归流的是云贵总督鄂尔泰。鄂尔泰认为土司制度是西南边疆的最大隐患，必须尽早尽快解决。只有将横暴桀骜的土司逐渐擒拿，在其统治地区逐渐改设流官，才是治本的方法。否则是不能解决西南边疆的稳定和安宁的。鄂尔泰的改土归流主要以政治手段即招抚为主，在一些地区也通过武力强制实行改土贵流。
经过雍正年间的改土归流后，云南境内的土司所剩已不多，剩余土司中的大部分一直延续到20世纪50年代。改土归流后，清政府在原土司领地分别设置府、州、厅、县，委派有任期、非世袭的流官进行直接统治，实行和内地一样的各项制度，如设立保甲、编制户口、丈量土地、厘定租税、清查钱粮、建立学校、推广儒学等。这不但促进了西南地区社会经济的发展和文化教育的进步，也大大加强了清王朝在云南的统治，使云南边疆与内地在政体上统一，进一步巩固了多民族国家的统一。
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