梁末侯景之乱，陈霸先率兵去增援京都健康，蔡路养发兵去阻止，萧摩诃当时只有13岁，但武艺超群，单枪匹马出战，军中没有人敢阻挡。蔡路养战败后，萧摩诃归附了陈将侯安都，且经常随之征战，侯安都待他很好。北齐任约、徐嗣徽率大军进攻陈时，陈武帝派侯安都率军在钟山和北郊坛抗击齐军。在作战中侯安都坠马被齐军围困，萧摩诃单人独骑，大声呼号着直冲齐军，齐军敌不过他的勇猛，慌忙退却，终于将侯安都救出重围。由于战功卓著他被任命为巴山太守。573年陈军北伐中原，萧摩诃跟随都督吴明彻渡过长江向秦郡进攻。此时，北齐派大将尉破胡等将领率10万大军增援，前队有“苍头”、“犀角”、“大力”等名号，身高八尺开外，锋芒锐利；又有西域少数民族将领善于使用弓箭，能达到弦无虚发的程度，陈军很害怕。准备交战的时候，吴明彻对他说：“如果能将胡人致于死地，他们的军队就失去了锐气；您有关公、张飞的勇名，可以像关公斩颜良那样大显身手。”萧摩诃说：“愿意先认识一下他。”吴明彻就派人打听那西域将领的特征，得认后萧摩诃直冲齐军阵地，当那个西域将领正要挽弓发箭时，他从很远地方投掷标枪之类的兵器，正好击中前额那人倒地而死。北齐军“大力”队中10余人出战，都被萧摩诃斩杀，齐军失败而逃走。因为这次军功，摩诃被封为廉平县侯，又转任太仆卿等职。以后他又跟随吴明彻进攻宿预，打败齐将王康德，以军功升任晋熙太守。
公元577年，吴明彻进军吕梁地区和齐军大战，摩诃带领7骑首先冲入齐军阵地，夺取齐军大旗，北齐军溃散，此次战役后他被任命为谯州刺史。周武帝灭齐后，派将领宇文忻争夺吕梁地区，宇文忻拥有精骑兵数千，而萧摩诃只带领12名骑兵冲进周军阵营，纵横奋击杀死多人，周大将王轨来增援时，集结军队长围连锁在吕梁河下游来断陈军后退之路。萧摩诃对吴明彻说：“听说王轨开始封锁吕梁河下游，并在两头修筑城堡，现在城堡还没有修好，您若同意出兵，周军一定不敢和我们交战；如果等城堡修好后，我们就要当俘虏了。”吴明彻没有同意他的意见，他大惊失色非常意外地退了出去。大约经过十天左右的时间，陈军水路被周军切断，周军排兵布阵基本就绪。萧摩诃又请示吴明彻赶快突围，他带领80名精骑兵，夜间率先冲出重围，天亮时陈大军都退到淮南，宣帝任命他为右卫将军。
当隋总将贺若弼镇守扬州时，陈后主叔宝派萧摩诃前去抵御，并授给徐州刺史一职；公元589年后主诏萧摩诃还朝，贺若弼乘虚渡过长江，攻击京口(今江苏镇江市)。萧摩诃请求率兵征战，后主不同意，等到贺若弼进攻到钟山时，他又要求出兵后主还是不同意，直到隋军兵临城下，陈后主才命令萧摩诃决一死战，结果失去战机陈军大败，死伤5000余人，陈后主被捉，萧摩诃身负重伤被隋军捕获，贺若弼用刀架在他的脖子上，他面不改色心不跳，泰然自若，后被以隆重礼节释放。隋文帝杨坚听说了萧摩诃的为人后说：“真是壮士啊！”
入隋朝后，他被任命为开府仪同三司，不久跟随汉王杨谅守并州。隋炀帝杨广即位后，汉王杨谅起兵反杨广，因事情败露，受牵连和杨谅一起被杀，时年73岁。
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