美国海军情报局在与英国以及荷兰相关单位紧密的合作下，开始成功的解读日本海军主要通讯系统JN-25的部分密码。到了五月上旬，联军在破解JN-25上取得了重大的突破，也因此得到了窥探日本海军计划的能力。JN-25让联军得悉‘AF方位’将会是日本海军的下一个攻击目标，然而联军就偏偏破解不到‘AF方位’的位置。一些美军的高层将领认为‘AF方位’便是中途岛，另外一些则认为是阿留申群岛。然而任凭联军解码科技多么的先进，也仍然无法破解‘AF方位’的正确位置。正当美军高层在伤脑筋的同时，一名年轻军官却想到了一个能够确认‘AF方位’是不是中途岛的妙计。他要求中途岛海军基地的司令官以无线电向珍珠港求救，说中途岛上的食水供应站出现了问题，导致整个中途岛面临缺水的危机。不久后，美国海军情报局便截夺到一则JN-25信息，内容果然提到了‘AF方位’出现缺水问题。结果‘AF方位’便证实为中途岛，也就是日本海军的下一个攻击目标。
由于要从JN-25得到情报非常费时，美国太平洋舰队司令海军上将切斯特·尼米兹到了最后一刻才掌握了能够用来埋伏日本舰队的可靠情报。他立即召回了在太平洋西南方的航空母舰企业号(CV-6 USS Enterprise)、大黄蜂号(CV-8 USS Hornet)以及因为参与珊瑚海海战而正在珍珠港进行重大维修的约克城号(CV-5 USS Yorktown)。任命雷蒙德·斯普鲁恩斯少将代替患病的哈尔西中将指挥第16特混编队。尼米兹就准备以三艘约克城级航空母舰为主力，再加上约五十艘支持舰艇，埋伏在中途岛东北方向，攻击前往中途岛的日本舰队。
在珊瑚海海战受重伤的约克城号返回珍珠港时，她看上去需要进行几个月的重大维修工程。经过七十二小时(根据《国家地理：战争风云》提供的资料为二十四小时)不眠不休的抢修，她的飞行甲板已重新铺平，内部也装上新的钢条支撑架，舰载机组成新的舰载机队。尼米兹上将不惜一切地违反了许多海军条例，就为了达成让约克城号随行的目标。在约克城号入港的仅仅三天后，她奇迹般的随着美军舰队(第17特混编队)奔向中途岛，展开她的最后一次作战任务。与此同时，日本海军参加珊瑚海海战的航空母舰瑞鹤号在位于特鲁克(Truk)的基地等待一批新的舰载机;受伤的翔鹤号则在基地进行维修。如果日本海军没有大意，以为美军只会派遣两艘航母企业号及大黄蜂号迎击苍龙号，飞龙号，赤城号以及加贺号的话，那么中途岛海战，将可能会有迥然不同的结局。
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