1978年，日本政府将二次世界大战甲级战犯供奉在靖国神社。这一举动引起了国际社会的广泛争议。
二战后，日本天皇每年都要参拜靖国神社，自从战犯灵位进入神社被暴露后，天皇自1979年后再也没有正式参拜靖国神社。第一次因为日本首相参拜靖国而引来外交危机的，是中曾根康弘在1985年8月15日，用日本首相的身份参拜靖国神社。自此11年内再没有日本首相前往参拜，直到1996年的桥本龙太郎。2001年，小泉纯一郎参拜靖国神社。2001-2005年间，小泉纯一郎无视人们反对的声音，以首相身份共参拜靖国神社五次。
2011年，日本自民党总裁谷垣祯一等50名国会议员15日上午参拜了靖国神社。2012年，日本自民党总裁安倍晋三参拜靖国神社。2013年，日本首相安倍晋三无视国际社会、亚洲邻国和日本民众的反对，公然参拜了靖国神社，这是安倍2012年底就任首相以来的首次参拜。自2012年上台以来，安倍曾三次向靖国神社供奉祭品。2014年8月15日，日本内阁两名阁僚参拜了靖国神社，首相安倍晋三当天通过代理人以自民党总裁名义向靖国神社供奉了祭祀费。
政治人物参拜靖国神社有历史、文化及宗教等因素，但甲级战犯进入靖国神社之后，政治因素就成为其中的主要因素。参拜靖国神社也同时被外界——特别是中国、朝鲜及韩国等二战中被日本侵略的国家，认为是日本领导人对右翼观点的认同而不能对日本的侵略历史进行反省。
包括中国、韩国等曾受到侵略的国家认为，在当年联合国下决定之前，神社内并未供奉二次大战的战犯。这近2000位战犯，包括东条英机等14个甲级战犯的牌位，乃于1978年10月秋祭时秘密安放。从此，靖国神社的性质有了根本性的改变，它的地位也应该被重新审定。部分人士更认为：“把这两千多名战犯的牌位迁入神社，表明日本官方对历史并未有作充分的反省。”
日本国内也有不少人反对参拜靖国神社，他们认为“日本国民将会因自己的手，正式抹去第二次世界大战的战争责任和战争犯罪而遭到来自世界的谴责。”
不过，大部分日本人，无论对于首相参拜靖国神社持赞成或反对意见，都认为这是日本内政问题，其他国家不应以任何行动予以干涉或企图干预。小泉也自称参拜是基于个人信仰和日本的文化传统，别国不应该对此说三道四。这番话在日本国内也有很大共鸣。
无论如何，参拜供奉有二战甲级战犯的靖国神社是对历史的不尊重，也是对中日关系的挑战，会造成严重的政治后果
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