缺乏周密的分析
首先，对进军路线的地形和敌情，缺乏周密的侦察和认真的分析。选择大圣伯纳德山口进军，出敌不意地袭击奥军，无疑是正确的。但这并不意味着可以草率行事，忽视对地形、敌情的侦察和研究。战役开始前，拿破仑并非没有时间和条件，但他只派一名不懂炮兵的参谋军官前去侦察地形，结果没有发观大圣伯纳山口附近这段道路根本不能通行火炮的情况。可以肯定的说，如果没有当地村民帮助，法军炮兵很可能永远无法通过。要是没有炮兵支援，拿破仑在北意大利平原作战，肯定是不能取胜的。法军对于进军道路上的敌情也缺乏必要的侦察，他们只注意了大圣伯纳德山口，但忘记了在多腊巴尔特亚河河谷中，还有一个著名的巴尔德堡。后来，正是这个巴尔德堡给拿破仑造成了很大的困难，它使法军炮兵受阻达十四天之久。
一定程度上坐失战机
其次，在米兰停留时间过久，在一定程度上坐失了战机。法军进占米兰，达到了切断敌人退路的目的以后，本应迅速南下，尽快减轻奥军对马塞纳部队的压力，可是，拿破仑没有这样做，他在米兰停留了七天之久，这样就使得奥军有足够的时间猛攻热那亚，致使被围困的马塞纳部队在弹尽粮绝的情况下被迫向奥军投降，因而也就失去了一支可以从南面牵制梅拉斯的重要力量。后来，有人指责拿破仑见死不救，这句话也许说得有些过分，但拿破仑错过了援救马塞纳部队的有利时机应该说是一个确凿的事实。
战术上失误
第三，在没有确切弄清奥军的企图以前，错误地分散了兵力，险些使法军遭到惨败。马伦哥交战前两天，拿破仑曾经作出估计，认为很快就要发生一场会战。这本来是一个有头脑的统帅的正确预感，是按近实际情况的客观判断，可是，拿破仑并没备维护这个判断，思想上产生了犹疑。因此在交战前夕，他却从预备队中抽走了两个师，将一个师派住亚历山大里亚的以南，将另一个师派到波河北岸。这样就使得兵力较弱的法军分散了兵力，特别是使得本来薄弱的预备队起不到预备队应有的作用，以至于差一点就输掉了整个战役。如果不是德赛将军在千钧一发的关键时刻率领援军起到战场，那么，后果将是不堪设想的。尽管法军最后胜利了，但是这个教训，无论对当时的拿破仑来说，还是对今天的军事统帅来说，都是十分重要的。
虽然拿破仑在指挥上有着若干失误，但这并不损害马伦哥战役本身的价值。马伦哥战役，无论在战略计划上，还是在作战指挥上，都称得上一个卓越的典范。
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