最新史料表明，日本军方至少隐瞒了两项二战秘密：苏联将宣战，美国将投原子弹。
日本军方大约在1945年5月就已知道苏联即将要向日本宣战。这个情报是由日本当时驻欧洲各国大使馆武官获悉，并向日本国内报告。现在监听记录还保存在英国皇家档案馆中。
苏联正式向英美两国表明要对日本宣战的时间，是在1945年2月的雅尔塔会议。在此秘密会议上，美、英、苏对战后世界格局进行了激烈的讨价还价，包括决定蒙古保持独立等内容。为了防止同盟国的动摇，这些内容都被规定严禁外泄。
但天下没有不透风的墙，在同年5月，雅尔塔会议的内容已经逐步在欧洲各国外交圈中流传，正是这个时候，日本驻欧洲的武官也从各个渠道获得这个情报。当时德国已经失败，意大利已经加入盟国阵营，日本一个国家正在与除苏联以外的所有强国对抗。如果日本能够在这个时间点结束战争，既可以不让苏联参战，保存在东亚的影响，而且美国的原子弹也不会投到广岛与长崎。如此明白的事态，为何日本最高领导人不设法终结战争？
据战后日本军部将校及重臣们的片段式回忆，日本高层真正讨论结束战争是在1945年5月，也就是纳粹德国投降后的一周内。当时的日本《最高战争指导会议》，现在知道参加人员的名单：铃木首相，东乡外相，阿南陆相，寺内海相，梅津参谋总长，丰田联合舰队司令官。
这个决定日本未来命运的会议，日本军方的最高领导人，日本首相、外相都没有向天皇报告真实的情况，使日本最高层不能作出正确的判断，使日本陷入更加深的国家危机中。
随着战争状况向越来越不利于日本的方向发展， 6月22日，天皇裕仁亲自参加了《最高战争指导会议》，与重臣们一起讨论结束战争的可能性。此会议上，天皇震怒，当场怒斥了所谓本土决战，对美一击的计划。但是就算遭到天皇怒斥，阿南陆相还是没有在会上谈到有关苏联要出兵的情报，反而是在这个场合提出了要委托苏联向盟国斡旋的令后世震惊的方针。
即使日本方面失去了5、6月份提前结束战争的机会，但还是能避免遭受来自美军原子弹打击的劫难。到目前为止，日本教科书或者日本历史学者都这样认为，美军向广岛、长崎投下原子弹日本方面事先是没有想到，是被美军打了一个措手不及。但是最新资料发现事情并不是这样，日本陆军一直就对美国的原子弹开发密切关注。
在日本陆军参谋本部中有一个秘密部门叫特殊情报部。当太平洋战争爆发后，特殊情报部就关注在关岛、天宁岛(美军轰炸广岛飞机的起飞地点)以及塞班岛等群岛的美军动向。在解读美军发出的密码中，特殊情报部发现了这支美军的特殊轰炸部队，也就是之后在广岛、长崎投下原子弹的美国轰炸部队。
换句话说，日本陆军对美军的原子弹开发动向非常清楚，但是事实就是没有告诉日本国民。因为如果让国民知道了对日本方面的士气将有巨大的打击。
资料发现，当时特殊情报部特别关注天宁岛特殊部队的动静，确信这个部队肯定是有特殊任务。因为一般的美军有几百架轰炸机，每天都有轰炸日本各个城市的任务，而这个部队只有十几架飞机，作为特殊情报部觉得非常可疑。
1945年8月6日清晨，这支特殊部队向广岛飞去，日本特殊情报部已经在投下原子弹前1个小时获知这个情报，并且用最快的速度向参谋本部报告。接到报告后如果参谋本部马上通知广岛防空司令部，如果当时拉响了空袭警报的话，或者原子弹带来的灾害可以减轻。但参谋本部什么也没有做，广岛就像一个不设防的城市，任凭美军投下原子弹。
时间又到了8月9日，日本特殊情报部又一次在原子弹投下5个小时前，掌握到了美军特殊部队的动向。马上又向参谋本部报告了这个情报，这次日本参谋本部还是什么都没有做，不幸的长崎市又在毫无防备情况下被原子弹炸中。一位幸存者这样说：如果当时拉了防空警报，让大家避难会挽救更多人的生命。
日本无条件接受同盟国提出的投降条件后，特殊情报部是销毁内部档案与资料最严重的部门。日本陆军领导人为了逃避战后的责任，下令销毁的秘密档案。现在几乎没有人知道日本历史上存在过这个部门。日本战后，陆相阿南、前首相近卫都畏罪自杀了，这也是为了逃避战后的审判，他们一死很多事情都死无对证。历史终将会对某些人的做法作出公正审判。
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