关于盘古神话流源及盘古与盘瓠的关系，历来是史家争论的问题。清初修《康熙字典》最初将盘古释为天地万物之祖，又引晋干宝《搜神记》释云：“犬名。高辛氏有犬，其文五彩，名盘瓠”。清末民初北京大学图书馆馆长夏曾佑在《古代史》一书中说：“今盘古之名，古籍不见，疑非汉族旧有之说，或盘古盘瓠音近。盘瓠为南蛮之祖”，认为是汉民族把南方少数民族神话人物盘瓠误为己有，造出盘古。但后来改变观点。他在《盘古考》一文中说：“盘古即盘瓠之说，始于夏穗卿(见所作《古代史》)。予昔以信之，今乃知其非也。”从吕思勉到近期的何新，认为盘古神话最可能的来源是印度。
其根据是，盘古神话的主题与佛教《吠陀经》尤其是《厄泰黎雅伏婆尼沙坛》记载的有关梵天(Brahma)的宇宙化生情节颇相似。国际瑶族研究协会1986年5月在香港召开第一届瑶族研究国际研讨会，次年又在香港召开盘古、盘瓠专题研讨会。香港国学大师饶宗颐在发言中指出一个重要事实，从某文献的略述中可以知道，还在154年(东汉永兴二年)四川成都壁画中已有盘古画像存在。在同一壁画中，盘古之旁为老子之像。
国际瑶族研究协会首任主席、法国人类学家雅克•勒穆瓦纳由此联想到法国汉学家马伯乐的一个比较。马伯乐曾谈到有一个老子身体化身的造世神话，颇与盘古神话相似：“老子化生，左眼为日，右眼为月，头为昆仑山，须为星辰，骨为龙，肉为诸兽，骨为蛇……”。
雅克认为，尽管不能说印度神话对中国神话毫无影响，但前者从其感官化生宇宙，后者从其肉身化生宇宙，倘若中国采用印度神话，在重述时亦曾与中国传说相结合，使盘古在很多地方似烛龙之处尤多于印度模子。
问题在于：假使盘古是采用了印度神话，他如何能崇祀他的众多华南民间广泛流传?答案是：这故事从道教传说多于从佛教传说而来。至少在勉瑶中，盘古传说完全融入道教活动中。他并且指出：“盘古神话在华南几个民族中流传，不能被当作是盘瓠故事——一个身份鉴别神话”。( 雅克•勒穆瓦纳：《盘瓠是否盘古》，载《中央民族学院学报》，1989-2)
关于盘古神话源流及与盘瓠的关系，各家看法对促进问题的思考都是有好处的，也许讨论还可以持续下去。但依据目前掌握的资料和多数人的看法，盘古神话产生于中国南方，即任昉所说“吴楚间”，目前也主要在江南、华南民间流传。
瑶族崇祀盘古，是把他当作开天辟地神和人类始祖神颂扬，与盘王(盘瓠)之被当作民族始祖神崇祀，在神性上是有区别的。
而且盘古见于载籍比盘瓠还早。在许多地方的瑶族民间，绝不会像某些神话学家一样，将盘古与盘瓠相混淆，师公、道公的经书一直保留着两个不同神话的歌唱文，即是例子。
至于有的地方将二者混而为一，可能是流传中文本(包括方志)记载出现错记，也可能是初期的盘瓠信仰变质为盘古信仰。不管怎样，瑶族尊盘古为人类远祖则是事实。盘古作为一个开天辟地的神话人物在瑶族等民族中传颂，反映的是人们对远古洪荒时代的朦胧回忆。
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