在小说中，于万亭虽然已经去世，但他几乎贯穿了整部小说。书一开始就说陈家洛接任红花会的总舵主，这是于万亭的遗命。在书的前半部分，主要写红花会是四当家文泰来怎样被朝廷追捕，以及红花会怎样去营救他。可朝廷之所以花大力气去追捕文泰来，是因为他与于万亭一起闯入皇宫见了乾隆，而红花会之所以不惜代价去营救文泰来，也是要知道他与于万亭进皇宫到底干了什么、于万亭有什么交代。到了书的最后，红花会要与乾隆摊牌，也要到福建莆田少林寺去找到于万亭的请罪书，以弄清楚这里面的来龙去脉。
存放在莆田少林寺的于万亭的请罪书告诉了我们一个真正的于万亭，那现在我们就来看看他请罪书到底都告诉了我们什么。
整篇请罪书中于万亭给自己定了三大罪。
第一，“仗师门所授武艺，为一己私情而擅闯民居”。但在罪名的前面，他告诉了我们他与陈家洛的母亲从小就认识，“两人年长后甚相亲爱”，后来还私定了终生，一个非女不娶，一个非君不嫁。可当他因为生计离开家乡进入少林寺学艺，还没有完全学成就赶回家，却发现心爱的人已经被逼嫁人了。如果他没有能力也就罢了，可对一个身怀武艺的人，换成谁都没有办法压制自己去探视一番的，这应该大家都能够理解。
第二，“预闻皇室机密，显露少林武功，为师门惹祸”。他想吗?他只是在自己心爱的人生孩子时去探视一下，却一不小心知道了一个天大的秘密，他才是真冤啊!至于为师门惹祸就完全不知道如何说起了，因为知道他已经知晓秘密的人都已经被他杀光了，死人是不会说话告发他的。
第三，“以名门弟子，大胆妄为，若为人知，不免宜羞师门，败坏少林清誉”。这个倒很靠谱，毕竟作为一个名门大派的弟子，居然在别人的府上当杂役，而且一当就是5年，被人知道了的确是有伤面子。可我们想一想，书中已经交代，那时候他已经武功很高了(雍正在死的时候派去杀陈家洛父母灭口的血滴子被他很轻松地解决了)，应该在江湖上也有了一定的地位，却愿意在“陈府操作贱役、劈柴担水”，他只是为了保护自己的爱人的生命安全，这难道不值得人们敬佩吗?
请罪书的最后有他师父的批语，也就是说如果他肯出家，就可以不加追究。可他放弃了，原因一定也是为了陈家洛的母亲，因为一旦出家当了和尚，估计就没有什么见面的机会了。不出家即使今生不能和相爱的人结为夫妻，至少凭他的能力不时见见面还是可以的。为此，他被少林寺逐出师门，这在武林人物来说是一个很大的耻辱，但他默默地承受下来，就算是陈家洛的师傅要找人去帮他到少林寺打抱不平也被他拒绝了。
书里还有个问题，于万亭到底是不是陈家洛的亲生父亲?这个问题是陈家洛自己提出来的，他的怀疑也不是没有道理，一个相府的少爷，却被母亲要求认一个江湖人物做义父，在考取了功名后却不和家里说明就离家去学武艺。不过这个问题肯定永远不会有答案的。
总的来说，于万亭就是一个痴心汉。为了自己深爱的人，他付出了自己的全部，做了自己所能做的一切，坚守当年的承诺，终生不娶，这样的人在现在世界里是越来越少了!
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