保安族自称“保安”。由于宗教信仰、风俗习惯与当地回族相近，历史上被称为“保安回”或“回回”。1950年，根据本民族人民的意愿定名为“保安族”。这一名称系源自几百年前保安族居住地今青海同仁县境内的“保安城”之名。
关于保安族的族源问题，较有代表性说法有两种：
1.蒙古人说。保安族是元明时，一支信仰伊斯兰教的蒙古人随西域亲军东来，最先在今青海同仁地方驻军垦牧，与周围的藏、汉、土、回等民族长期交往、融合而形成。其主要根据是：
(1)从语言看，保安语与蒙古语族诸语言有着许多共同之处，并有45%的词汇和蒙古语为同源语词。
(2)从史籍记载看，元明时就有一部分信仰伊斯兰教的蒙古军在今青海省同仁县一带驻军屯田放牧。
(3)从习俗看，保安族善骑术、好枪械和摔跤，以及部分保安族人忌大年初一早晨酒扫、孩子哭闹等习俗，都与蒙古族有一定关系。
2.色目人说。保安族是以信仰伊斯兰教的色目人为主，与蒙、藏、回、土等族，从十三世纪起，逐渐融合而形成。其主要根据是：
(1)从宗教信仰看，元初驻扎在今青海同仁地区的西域亲军，包括被征调的青壮年男子、被俘的妇孺、随军的工匠、商人等都是信仰伊斯兰教的。
(2)从经济看，保安族善于经商，这与当年信仰伊教兰教的色目人中的商人传统有关，而保安族人民所擅长的打刀工艺，则与元朝蒙古军中有西域回回工匠有很大的关系。
(3)从体质看，保安族人体格健壮，多胡须，性格强悍，与色目人相似。
(4)从饮食习俗看，保安族精于制作的油香、馓子、凉面等面食，正是西域民族的传统美食。
保安族历史
自元代起，蒙古人开始进入西北藏区。13世纪中叶，随着“西域亲军”的东来，保安族人原来居住的青海同仁地区，始成为人们过往的交通要道。明万历年间(1573—1620年)，在同仁原隆务镇附近设置“保安站”，修建保安城。并设守备驻防，置都指挥管理同仁的十二族。
明末清初，保安地区已形成为一个多民族大杂居、各个民族小聚居的“四寨子”，即尕撒尔、年都乎、吴屯和保安。保安族人主要聚居在隆务河畔的保安城、下庄和尕撒尔，时称“保安三庄”，隶河州卫。当时的保安族社会有所发展，人口增加。
雍正七年(1729年)，因土千户王喇夫抗清，川陕总督岳钟琪调河州副将镇压，保安堡番兵被遣散，改设把总，属西宁镇统辖。乾隆二十七年(1762年)隶属循化营，由兰州府统辖。
咸丰、同治初年，由于保安城内清朝地方官员在保安与土、藏、汉等民族之间，利用水利灌溉的争抢，从中挑拨离间，加之当地隆务寺主及封建主的欺压，保安族被迫举族东迁。先是迁至青海循化居住三载，后又东迁到今甘肃积石山下大河家、刘集一带定居下来。尕撒尔人居大墩，保安城的妥加人居梅坡，下庄的保安人居甘河滩，尕马家的保安人最后定居高李村。他们迁到该地后，仍继续沿用原住地名称，称大墩、梅坡、甘河滩为“保安三庄”。从清末至民国，保安族地区处在地方军阀马安良、马步芳等的统治之下。1930年时行保甲制，该地区被划为两保，每保十甲。
新中国成立后，保安族发生了深刻变化。1981年，与东乡族、撒拉族在临夏回族自治州境内小积石山东麓成立积石保安族东乡族撒拉族自治县。
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