《清史稿》在刻印过程中，出现了版本问题。袁金铠因忙于他事，转托金梁协助校刻此书。金梁遂趁时局纷扰之际，利用职权，擅改原稿，并将印成的一千一百部书中的四百部运往东北发行，这就是所谓“关外本”(又称关外一次本)。当原编纂人员发现金梁私自篡改原稿，便决定将留在北京的原印本更正重印。如删去《张勋传》(附张彪传)，《康有为传》及金梁所写的“校刻记”;改订了“清史馆职名”;删去了“易类”书目六十四种;抽换了《艺文志·序》;修改了个别传记，这就成了所谓“关内本”。以后，金梁坚持以“关外本”为基础，并根据当时学者对《清史稿》提出的批评和关内本所作的一些重要更正，再作删改、增补，删去了《张彪附传》、《公主表·序》和数学工具书“八线对数表”，增加或压缩了个别传略，较前两个版本均少了七卷，仅有五百二十九卷，这就是所谓“重印本”(又称关外二次本)。版本的不同造成了混乱，后来，市场上又有所谓“联合书店影印本”和“日本人铅印本”两种流传。南京国民政府曾两次组织人力。要修改《清史稿》，但因种种原因，毫无结果。《清史稿》的版本比较多，主要有关外本、关内本、金梁重印本、上海联合书店影印本、日本印本等，其中以关外本与关内本最早流传，影响颇大。

　　冯尔康《清史史料学初稿》列举了以下几种：

　　关外本(或曰“关外一次本”)《清史稿》纂定以后，共计536 卷，于1928年在北京印刷。当时资助清史馆的黑龙江方面的金梁担任“校对”，他利用负责刊印之便，私下给自己加了“总阅”的名义，附刻了他自己的《清史稿校刻记》，又修改了某些文字，然后将印成的一千一百部中的四百部运往东北。运到东北的这四百部《清史稿》就被称为“关外本”。后来这个版本经过修改重印，故又称作“关外一次本”。

　　关内本1928年印刷的一千一百部《清史稿》留在关内的七百部，被清史馆的一些人发现了金梁的篡改，又将它改回来，并取消了金梁的“校刻记”和《张勋传》《张彪附传》《康有为传》，就是所谓的“关内本”。实际上，关内本与关外本是同一次印刷的，只是关内本在局部上作了一点抽调。关内本与关外两次本之版本异同，大致如下：关内本删去关外一次本原有的《张勋传附张彪传》中的《张彪传》、《康有为传附康广仁传》中的《康广仁传》以及金梁所撰《校刻记》。而关外二次本只删去关外一次本的《张彪附传》，并抽掉《公主表·序》和《时宪志》末附的《八线对数表》七卷，增加了陈黉举、朱筠、翁方纲三传。按关内本此卷原是《劳乃宣传》《沈曾植传》，无《张勋传》《康有为传》。传后有论，其文为“论曰：乃宣、曾植皆学有远识，本其所学，使获竞其所施，其治绩当更有远到者。乃朝局迁移，挂冠神武，虽皆侨居海滨，而平居故国之思，无时敢或忘者。卒至憔悴忧伤，赍志以没。悲夫!”清史馆对张勋、康有为原定暂不立传，是金梁将二传底稿私自付刻。今关外一次本于《张勋传》后附有《张彪传》。

　　又关内本抽换了关外一次本的《艺文志·序》，因增入的《序》过长，以致脱夺自《易》类《易经通注》、《日讲易经解义》、《周易折中》、《周易述义》、《易图解》、《周易补注》、《易翼》、《读易大旨》、《周易裨疏》、《考异》、《周易内传》、《发例》、《周易大象解》、《周易外传》、《易学象数论》、《周易象辞》、《寻门馀论》、《图书辨惑》、《读易笔记》、《周易说略》、《易酌》、《易闻》、《田间易学》、《大易则通》、《闰》、《易史》、《周易疏略》、《易学阐》、《读易绪言》、《易经衷论》、《读易日钞》、《周易通论》、《周易观彖大指》、《周易观彖》、《周易浅述》、《周易定本》、《易经识解》、《易经筮贞》、《周易明善录》、《易原就正》、《周易通》、《周易辨正》、《合订删补大易集义粹言》、《周易筮述》、《周易应氏集解》、《仲氏易》、《推易始末》、《春秋占筮书》、《易小帖》、《太极图说遗议》、《河图洛书原舛编》、《乔氏易俟》、《大易通解》、《周易本义蕴》、《周易传注》、《周易筮考》、《学易初津》、《易翼宗》、《易翼说》、《周易刳记》、《易经详说》、《易经辨疑》、《周易传义合订》、《易宫》、《读易管窥》、《读易观象惺惺录》、《读易观象图说》、《太极图说》、《周易原始》、《天水答问》、《羲皇易象》、《羲皇易象新补》、《孔门易绪》、《易图明辨》、《身易实义》、《先天易贯》、《易互》、《周易玩辞集解》、《易说》、《易说》、《周易函书约存》、《约注》、《别集》、《易笺》、《周易观象补义略》、《索易肊说》、《周易孔义集说》、《陆堂易学》、《易经揆》、《易学启蒙补》、《易经诠义》、《易经如话》、《周易本义爻征》、《周易图说正编》、《易翼述信》、《周易原始》、《周易浅释》、《易学大象要参》等八十八种之多。关内本有《赵尔丰传》的传文长达二千四百字，而关外二次本压缩至九百二十字，不啻减去了一半以上。关内本《赵尔丰传》作者以赵尔丰为清史馆馆长赵尔巽之亲弟，作此长传，不免有迎合讨好馆长之嫌，故以删削为是。

　　金梁重印本(关外二次本)。1934年，金梁在东北刊行，绝大部分依关外本，只是去掉了志卷29-34的《时宪志》六卷，《公主表·序》等部分，增加了朱筠等三传，总卷数为529卷。

　　上海联合书店影印本。1942年出版，对关内、关外两本的不同处加以选择，多处采用了关内本。它同二十四史《新元史》合为“二十六史”，故亦称为“廿六史本”。

　　日本印本。据说有两个本子，一为大本两册，一为小本二册，从“关外一次本”翻印而来。

　　香港文学研究社印本。1960年出版，依关外一次本付梓。

　　中华书局本。中华书局组织史学工作者，依关外二次本为工作本，将《清史稿》作了标点、分段， 他们审查了关内本、关外一次本、关外二次本三种本子的篇目，内容上的不同，作了附注，录出异文，以尽量反映各种本子的优点，对史文的脱、误、衍、倒和异体、古体字作了校改;清朝的避讳字，尽量改回，对已发现的由于行、段错排造成事理不合的地方，进行了查核校正，对于史实错误及同音异译的人名、地点、官名、部落名称等，一般不予改动，但大也作了一定的统一工作。于1977年出版，这是此书问世50 年来最好的版本。(《中国通史第十一卷-近代前编(上册)》)

　　台北新文丰出版公司印本。1981年印行，两大册。系据关外二次本刻印而成，计529卷，有金梁的校刊记。

　　此外，张其昀、萧一山、彭国栋等人在台湾将《清史稿》略加修改和补充，将其列传分类予以调整而成，名曰《清史》，于六十年代出版，计550卷。

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