1、自焚说
据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，建文帝继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。
领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役”，不到四年，燕王即挥师渡过长江，兵临南京城下，建文帝求和不允，只好死守，但是他的主帅李景隆却打开金川门迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。建文帝眼看大势已去，不得已下令焚宫，顿时火光熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落，宫内侍人都说建文帝已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之，燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹，其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝”。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝儒传》均持此说。
2、削发为僧说
清代名人吕安世和近人蔡东藩等则认为燕军破城后，建文帝无可奈何，遂想一死了之。此时少监王钺告诉他：你祖父临死时，给你留下一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你，我一直把它秘密收藏在奉先殿内，群臣急忙把箱子抬来，打开一看，里边有三张度牒，就是做僧人的身份证，上面写好了建文帝等三个人的名字，还放着三件僧衣、一把剃头刀、白金十锭、遗书一封，书中写明：“建文帝从鬼门出，其它人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。”据此，建文帝三人剃了头，换上了憎衣，只带了九个人来到鬼门。
鬼门在太平门内，是内城一扇小矮门，仅容一人出入，外通水道，建文帝弯着身子出了鬼门，其他八人随之出了鬼门后，就看见水道上停放着一只小船，船上站着一位僧人，僧人招呼他们上船，并向建文帝叩首称万岁，建文帝问他怎么知道我有难，僧人答道：“我叫王升，是神乐观住持，昨夜梦见你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入观为僧。”至此，建文帝似削发为僧，继承了祖业。
此外，在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对建文帝自焚而死，也产生过怀疑，也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，建文帝削发为僧外逃了。
他就把建文帝的主录僧溥洽抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出建文帝下落。并派郑和下西洋“欲寻踪迹”，派户科都给事中胡濙遍行郡、乡、邑长达16年，搜寻建文帝下落，一直到朱棣死前一年的一个晚上，他已睡下了，但听说胡濙回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。
胡濙访得建文帝离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江苏吴县普洛寺内，此后一心为僧，无复国之意。
近年徐作生也通过查阅大量文献和实地考察后，指出：永乐二十一年(1423)，建文帝死于江苏吴县穹窿山，终年46岁，葬于皇驾庵后的小山坡上。
也有人指出，建文帝自焚身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，建文帝想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。
建文帝也深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里决无好下场，不如以死了之为上策，燕王朱棣也绝不会让建文帝活下去，否则，他就不能当皇帝。
朱棣为了不留下“杀侄夺位”之臭名，故意苦心寻找建文帝下落，留下了历史疑案，这可能是朱棣的用心之机。
综上，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实，但他的真实用心及建文帝的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜，各类词书字典，也只好注明：“建文帝不知所终”。
虽然朱棣宣称在宫中找到建文帝的尸体，并为他举行葬礼，但朱棣对建文未死的传言不敢掉以轻心。
溥洽是建文帝主录僧，《明史·姚广孝传》记载“初，帝入南京，有言建文帝为僧遁去，溥洽知状，或言匿溥洽所。帝乃以他事禁溥洽。而命给事中胡濴等遍物色建文帝，久之不可得。溥洽坐系十余年。”直到姚广孝病危时请求朱棣释放溥洽，溥洽才获释。
有野史记载，建文帝离宫后出家为僧，云游四方，有诗云：“阅罢楞言磐懒敲，笑看黄屋寄团瓢。南来嶂岭千层迥，北望天门万里遥。款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍，百官此日知何处。唯有群鸟早晚朝。”传言此诗作者是建文帝，但未证实。
另有一说建文帝逃到东南亚，野史传闻郑和下西洋其中任务之一便是寻找建文帝。
2006年6月，有学者发现怀疑是建文帝的踪迹，新华网引述江西省学者官涛称，建文帝在“靖难之变”后与随从在江西三清山隐居，并化名为“詹碧云”的全真道人，死后葬于其兴建的三清宫内。
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