朱翊钧的老师、万历第一任内阁首辅兼万历新政的策划与执行人张居正过世后，万历十四年(1586年)十一月，朱翊钧开始沉湎于酒色之中(一说是染上鸦片烟瘾)，后因立太子之事与内阁争执长达十余年，最后索性三十年不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。
万历十七年(1589年)，朱翊钧不再接见朝臣，内阁出现了“人滞于官”和“曹署多空”的现象。
万历十年(1582年)的三月，朱翊钧就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民间大选嫔妃，一天就娶了“九嫔”，而且，神宗在玩弄女色的同时，还玩弄小太监，当时宫中有10个长得很俊的太监，就是专门“给事御前，或承恩与上同卧起”，号称“十俊”，所以，雒于仁的奏疏中有“幸十俊以开骗门”的批评，这与当初荒唐的武宗有一点类似。
至于贪财一事，神宗在明代诸帝中可谓最有名了，他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配，为了掠夺钱财，他派出宦官担任矿监税使，四处搜括民财。
万历二十五年(1597年)，右副都御史谢杰批评朱翊钧荒于政事，亲政后政不如初：“陛下孝顺父母、尊祖、好学、勤政、敬天、爱民、节约开支、听取意见、亲人和贤人，都不能够像当初一样。”
以至于朱翊钧在位中期以后，方入内阁的廷臣不知皇帝长相如何，于慎行、赵志皋、张位和沈一贯等四位国家重臣虽对政事忧心如焚，却无计可施，仅能以数太阳影子长短来打发值班的时间。
万历四十年(1612年)，南京各道御史上疏：“台省空虚，那些致力于废除掉，皇上深居二十多年，从来没有一个接见大臣，天下将要沦陷的忧虑。”首辅叶向高却说皇帝一日可接见福王两次，万历四十五年(1617年)十一月，“部、寺大官十缺六、七，风宪重地空署几年，六科只剩下四个人，十三道只剩下五人。”
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