在位前期
嘉庆四年(1799年)正月，太上皇乾隆帝崩，颙琰开始亲政，二月，诛杀权臣和珅，罢黜、囚禁和坤亲信死党，诏求直言，广开言路，祛邪扶正，褒奖起复乾隆朝以言获罪的官员，诏罢贡献，黜奢崇俭，要求地方官员对民隐民情“纤悉无隐”，据实陈报，力戒欺隐、粉饰、怠惰之风，但其对内政的有限整顿，未能从根本上扭转清朝政局的颓败。
嘉庆五年(1800年)正月，颙琰命额勒登保办理剿灭陕西教匪的事务，命德楞泰、魁伦办理剿灭四川教匪的事务，七月，颙琰命右翼总兵长龄统率吉林、黑龙江的八旗兵到湖北协助剿灭教匪，贵州巡抚琅玕上奏青苗杨文泰作乱，率兵剿灭，马慧裕上奏擒获教匪首犯刘之协，押解到京诛杀，额勒登保擒获教匪头目陈杰。
嘉庆六年(1801年)正月，颙琰以傅森为户部尚书，明安为步军统领。
嘉庆六年(1801年)四月，立皇贵妃钮祜禄氏为皇后，晋莹嫔侯氏为华妃，晋贵人董氏为淳嫔，晋举人伊里布之女春贵人王氏为吉嫔。
嘉庆七年(1802年)七月，颙琰初次秋狝木兰。
嘉庆七年(1802年)十二月，川楚白莲教起义大部分已被镇压。
嘉庆八年(1803年)闰二月，颙琰由圆明园还宫，入贞顺门，陈德行刺，不成被俘，陈德及其二子伏诛，严申宫门之禁，十月，葬孝淑皇后于山陵。
嘉庆九年(1804年)五月，颙琰终于彻底镇压了白莲教起义余部，此战事迁延九年，清廷耗军费白银二亿两，六月，蔡牵于海上起义。
嘉庆十年(1805年)正月，颙琰诏内务府大臣严行约束太监的权利。
嘉庆十年(1805年)四月，颙琰查禁西洋人刻书传教。
嘉庆十年(1805年)五月，诏内务府大臣管理西洋堂，未能严加稽查，任令传教，下部议处，其经卷检查销毁，习教佟兰等获罪。
嘉庆十一年(1806年)九月，直隶查出假雕印信，串通银号，虚收冒支大案。
执政中期
嘉庆十三年(1808年)正月，皇二子绵宁释奠孔子，九月，英国兵船进泊香山洋面，派兵据澳门炮台，以防御法国保护贸易为借口，十二月，颙琰命皇二子绵宁诣大高玄殿祈雪，赐公舒明阿之女佟佳氏为绵宁继福晋。
嘉庆十四年(1809年)九月，蔡迁被福建水师提督王得禄围于定海渔山外洋，裂船自溺，十二月，发生工部书吏冒领户部、内务府官银案。
嘉庆十五年(1810年)，二月，颙琰下诏说吸食鸦片有害身体，敕令各督抚断其来源，镇压了爆发于东南海疆的蔡牵起义军。
嘉庆十六年(1811年)七月，颙琰禁西洋人在内地居住，并禁止人民人接触天主教。
嘉庆十七年(1812年)正月，颙琰命皇二子绵宁诣太庙行礼，六月，颙琰将闲散宗室迁移到关外盛京居住，给他们盖房屋并且给田、给银子。
嘉庆十八年(1813年)，北方爆发天理教起义，部分天理教徒，在太监接应下冲进皇宫，“酿成汉唐、宋明未有之事”，颙琰下诏罪已，同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮，无一幸免，并捕杀在城外的头目林清等，天理教起义被镇压。
嘉庆十九年(1814年)十一月，颙琰命开垦伊犁、吉林的荒地，十二月，批准两广总督蒋攸铦严禁农民为洋人服役，洋行不得私盖夷式房屋以及清查商欠等各项具体规定。
嘉庆二十年(1815年)正月，颙琰命智亲王绵宁至太庙行礼，三月，两广总督蒋攸铦疏陈查禁鸦片烟章程，十一月，理亲王昭梿削爵圈禁。
嘉庆二十一年(1816年)，拒绝了英国提出的建立外交关系、开辟通商口岸、割让浙江沿海岛屿的要求，而闭关锁国的传统观念，也使其对外来事物采取盲目排斥态度。
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