尽管西班牙的竞争对葡萄牙的垄断造成了威胁，但葡萄牙的探索与殖民依然在继续进行着。葡萄牙人是第一批抵达日本并与该国展开贸易的欧洲人。在曼努埃尔一世国王的统治下，葡萄牙王国为继续控制其宣称拥有的土地和贸易路线制定了详细的计划，他们的策略是在通往东方的主要航道上修建一系列的要塞。这样的要塞与殖民地有黄金海岸、罗安达、莫桑比克、桑给巴尔、蒙巴萨、索科特拉、霍尔木兹、加尔各答、果阿、孟买、马六甲、澳门与帝汶。此外，葡萄牙人还统治着巴西，这片土地于1500年由葡萄牙人佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔发现。根据1494年的《托尔德西里亚斯条约》，巴西被“划分”在了葡萄牙的一侧。
葡萄牙的本土位于伊比利亚半岛沿海地区，难以向内陆扩张。随着时间的过去，过于窄小的本土极大地限制了它的扩张能力，令它无论在财政还是人力上都显得越来越力不从心。此外，分布于全世界的葡萄牙要塞长期面临着人力与装备缺乏的处境。因此，葡萄牙无法与其他更加强大的势力竞争，其殖民地与贸易注定要被他国蚕食，它在东方贸易中的垄断地位已不再长久。葡萄牙在东方霸权的衰落肇因于荷兰、法国和英国的探索的展开：这三个国家在教皇划分世界的时候并未参与其中，因此它们没有遵守葡西间条约的必要。1580年，西班牙国王腓力二世以葡萄牙前国王塞巴斯蒂昂的合法继承人的身份兼任了葡萄牙的国王(腓力二世是葡萄牙国王曼努埃尔一世的外孙)。合并后的帝国又因为过于庞大而失掉了它的绝对优势，无法应对来自新兴势力的竞争。
在西非、中东与远东地区，英国与荷兰逐渐蚕食掉了葡萄牙的一部分殖民地。孟买在后来被作为结婚礼物赠送给了英国。只有澳门、东帝汶、果阿、安哥拉、莫桑比克与巴西还在葡萄牙的实际控制之下。荷兰人曾经夺取了巴西将近一半的土地，但最终还是被葡萄牙人夺回了。
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