哈马斯成立后，多次制造针对以色列目标的自杀式爆炸事件。1989年，以色列宣布哈马斯为非法组织，并将其精神领袖亚辛逮捕入狱。
1993年，巴以双方在华盛顿签署了巴勒斯坦自治《原则宣言》，允许巴勒斯坦人在加沙-杰里科地区先行自治。哈马斯对此持反对态度，依然坚持对以色列的武装斗争。
随着巴以和平进程的发展，哈马斯曾一度改变斗争策略。1996年3月，哈马斯宣布将放弃暴力活动，在自治区内进行政治斗争。同年5月，内塔尼亚胡出任以色列总理后，在巴以和谈问题上采取强硬政策，致使巴以最后阶段谈判停滞。哈马斯宣布恢复武装斗争。
2000年9月底巴以大规模流血冲突爆发后，哈马斯制造了一系列针对以色列的自杀式爆炸事件。作为报复，以色列对哈马斯实施了“定点清除”和大规模的军事行动，使哈马斯遭受重创。亚辛以及他的接班人兰提西等哈马斯领导人先后被以色列“定点清除”。
2008年12月27日，以色列战机和武装直升机对哈马斯控制的加沙地带发动了大规模空袭，哈马斯发言人巴尔胡姆当日要求其下属武装派别对以色列发射远程火箭弹，以报复以军空袭加沙。
这次空袭是自1967年中东战争以来，以军袭击所造成的巴勒斯坦人单日死亡人数最多的一次。加沙地区应急机构负责人29日表示，以色列对哈马斯发动的空袭已造成310人死亡，另有1400余人受伤。巴勒斯坦27日宣布未来三天为哀悼日。
空袭原因
以色列外长利夫尼表示，选在这个时候痛击哈马斯的原因很简单，因为哈马斯违反半年前的停火协议，几乎每天以火箭、迫击炮攻击以色列平民。更变本加厉，上次曾有一天发射80枚火箭的纪录。因此以色列无法再忍受。
2014年7月9日，以色列国防军宣布击毙4名试图闯入以色列犹太社区的袭击者。巴勒斯坦激进组织哈马斯称试图渗透至以色列基布兹Zikim的武装分子来自其所属的海军突击队(蛙人)。这4人从上岸就被以军观察哨发现，随后以军召唤武装直升机迅速结束了战斗。
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