吴三桂杀害永历帝后，清顺治帝给他很重的奖赏，封他做平西王，让他镇守云南、贵州，给他许多特权，管辖两省的文武官员，可以随意任免官员;处理军民一切事务，还可以开矿山，煮井盐，铸造钱币，清廷每年还要拨给他饷银九百多万两，占了国库的很大一部分。吴三桂自恃功高，在云南称王称霸。
公元1662年，顺治帝去世，才八岁的康熙帝即位。顺治帝临死前有遗诏，命鳌拜等四个满洲大臣做康熙的辅政大臣，帮助处理国家大事。鳌拜立过战功，手握兵权，根本不将小皇帝放在眼里，更不愿意与其他三个辅政大臣商量，什么事情都独断专行。甚至到康熙帝年满十四岁亲自执政以后，他还把持朝政，敢在朝堂上诬陷辅政大臣苏克萨哈，逼迫康熙帝违心地将苏克萨哈处死。
鳌拜成了康熙帝头一个心腹大患，成为康熙帝要清除的一个目标。但宫中卫士多是鳌拜挑选的亲信，不能信任。康熙帝就借口要练习摔跤，从贵族子弟中，挑选十多个棒小伙进宫，陪他摔跤。暗地里却给这些小伙伴作了布置。一天，鳌拜大摇大摆地走进内宫时，宫门突然关上，他自己的卫士被隔离在宫门外，十多个身强力壮的少年，突然跳出来，将他团团围住，拽手的拽手，扳脚的扳脚，将他摔倒在地，捆绑起来。接着，康熙帝下诏宣布鳌拜的罪行，将他投入监狱。
清除鳌拜后，就该解决吴三桂的问题了。当时，骄横跋扈的藩王，不止吴三桂一个。广东有平南王尚可喜，福建有靖南王耿仲明、耿精忠。他们都是早期投降清廷的原明朝官员。因为跟随清军入关打农民军，打明朝军队，打反清义军卖力，立了“大功”，受到清朝的奖赏，都有许多特权，因而非常骄横起来，不再肯服从清朝的指挥，妨碍清廷政令的统一，成为潜伏着的新国家的特大祸害。这三个藩王，被称为“三藩”。
康熙帝深感三藩危害的严重性，他将“三藩”与治理黄河、办理漕运作为三件最重要的国家大事，写成字条，悬挂在宫殿的柱子上，天天念叨。他一直在苦苦思索，找个什么办法，削弱并消灭“三藩”。
“三藩”也深知清廷对他们的不信任，迟早会对付他们，但一时还吃不准会采取什么措施，严厉到什么程度。他们心怀鬼胎，要试探一下朝廷的态度。平南王尚可喜老了，就上了一道奏章，请求告老还乡，但要求将王爵传给儿子，继续带兵镇守广东。康熙帝也想借此机会试探“三藩”对撤藩的承受程度，就顺水推舟，批准尚可喜告老还乡，但要撤销靖南王府，王爵不能继承。理由是广东安定，不必再设藩王镇守。
这个答复，深深震撼三家藩王。吴三桂一面加紧准备造反，一面邀靖南王耿精忠一道再上奏章，请求康熙帝同时将“三藩”都撤掉。接到奏章，康熙帝冷笑说：“他们竟想威胁我!”就交给议政王大臣会议讨论，大臣们意见不统一，有主张撤的，有主张不撤的。最后康熙帝决定，这些藩王掌握兵权太久，拖得越久，越不容易解决，索性一次解决，三藩都撤，将全部人员、兵马迁到关外去。
吴三桂本意是希望康熙帝会作出些挽留的姿态，他们就顺水推舟留下来。谁知康熙帝会这样决断，他又惊又恨，决定起兵造反。公元1673年农历十一月，吴三桂杀掉云南巡抚朱国治，发布讨伐清廷的檄文，自称“总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”，并写信与平南王、靖南王及各地老部下，还有台湾的郑经，要他们共同起兵造反。
吴三桂宣布恢复明朝的发饰、服装，革除满洲的习俗，要替明朝报仇雪恨。但是，他引清兵入关、绞死永历帝的斑斑劣迹如在眼前，人们怎能相信他“兴明讨虏”的宣传?他的造反，完全是个人野心所致。不过，对清王朝高压政策长久感到愤怒的人们，还是找到了一次抒发胸中闷气的机会，所以，头几年内，许多地方都起兵响应，大半个中国都沸腾起来，清廷的统治岌岌可危。吴三桂的兵马打到了湖南、江西。
康熙帝临危不惧，停止执行耿精忠、尚可喜两藩的撤藩命令，将他们从造反行列中暂时分化出来，孤立吴三桂;同时迅速调兵遣将，阻挡吴三桂的进攻。由于吴三桂在军事上犯了错误，他的军事攻势持续了几年就停止了。双方在西北、西南、中南、华南相持了八年。公元1678年，吴三桂七十八岁，等不及了，在湖南衡阳匆匆忙忙地登上皇帝宝座，国号大周。可是到这年秋天，他就病死了。
此后，形势大变，清军的进攻越来越猛烈。到公元1681年，清军攻下昆明，吴三桂的孙子吴世自杀，“三藩”的叛乱终于彻底平定。
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